Câu lạc bộ được thành lập năm 1999. Sau sự sáp nhập của hai câu lạc bộ J. League, Yokohama Flügels và Yokohama Marinos năm trước đó, cổ động viên của Flügels từ chối việc phải bắt đầu cổ vũ cho Marinos, đối thủ của họ. Thay vào đó, cùng với số tiền quyên góp được và liên kết với IMG, một công ty quản lý tài năng, các cổ động viên cũ của Flügels thành lập Câu lạc bộ Thể thao Yokohama Fulie. Tiếp theo đó họ theo mô hình socio của FC Barcelona, Fulie Sports Club thành lập Yokohama F.C., câu lạc bộ thể thao chuyên nghiệp đầu tiên của Nhật Bản được sở hữu và điều hành bởi cổ động viên
Họ không thể sử dụng trực tiếp màu áo trắng với dải xanh dương của Flugels do gần tương tự với Marinos, Yokohama F.C. dùng áo màu xanh lơ, sau khi NKK F.C., một câu lạc bộ công ty đóng cửa năm 1994. NKK F.C. có trụ sở tại Kawasaki và chơi phần lớn các trận sân nhà tại Sân vận động điền kinh Todoroki, nhưng họ phải sử dụng sân Mitsuzawa vào những ngày diễn ra trận đấu nếu các câu lạc bộ ở Kawasaki khác như (Verdy Kawasaki, Toshiba hay Fujitsu) sử dụng nó.
Tính tới 31 tháng 1 năm 2023.
Ghi chú: Quốc kỳ chỉ đội tuyển quốc gia được xác định rõ trong điều lệ tư cách FIFA. Các cầu thủ có thể giữ hơn một quốc tịch ngoài FIFA.