Khu vực Nong Prue ban đầu là làng Ban Nong Prue, ''Tambon'' Nong Ri của [[huyện Bo Phloi|Bo Phloi]]. Sau đó đơn vị này đã được nâng lên thành phó huyện (''[[Tambon]]'') Nong Prue. Bộ nội vụ Thái Lan đã tách hai ''tambon'' Nong Prue và Nong Pla Lai từ huyện Bo Phloi để lập tiểu huyện (''[[King Amphoe]]'') Nong Prue on April 1st, 1992.<ref>{{chú thích tạp chí|journal=Royal Gazette|volume=109|issue=53 ง special<!--ฉบับพิเศษ-->|pages=2|title=ประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่อง แบ่งเขตท้องที่อำเภอบ่อพลอย จังหวัดกาญจนบุรี ตั้งเป็นกิ่งอำเภอหนองปรือ|url=http://www.ratchakitcha.soc.go.th/DATA/PDF/2535/D/053/2.PDF|date=Aprilngày 22 tháng 4 năm 1992|language=Thai}}</ref> Tambon thứ 3 Somdet Charoen sau đó đã được đưa vào huyện này.<ref>{{chú thích tạp chí|journal=Royal Gazette|volume=109|issue=67 ง|pages=5778|title=ประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่อง เปลี่ยนแปลงเขตพื้นที่การปกครองกิ่งอำเภอหนองปรือ ในท้องที่อำเภอบ่อพลอย จังหวัดกาญจนบุรี|url=http://www.ratchakitcha.soc.go.th/DATA/PDF/2535/D/067/5778.PDF|date=Mayngày 21 tháng 5 năm 1992|language=Thai}}</ref> Tiểu huyện được chính thức nâng thành huyện ngày 11 tháng 10 năm 1997.<ref>{{chú thích tạp chí|journal=Royal Gazette|volume=114|issue=50 ก|pages=24–27|title=พระราชกฤษฎีกาตั้งอำเภอหนองปรือ อำเภอห้วยกระเจา อำเภอทรายทองวัฒนา อำเภอปางศิลาทอง อำเภอเนินสง่า อำเภอนาทม อำเภอพระพรหม อำเภอแม่วงก์ อำเภอสองแคว อำเภอบ้านใหม่ไชยพจน์ อำเภอไทยเจริญ อำเภอกาบัง อำเภอพยุห์ อำเภอเมืองจันทร์ อำเภอภูพาน อำเภอคลองหอยโข่ง อำเภอเขาฉกรรจ์ อำเภอนาวัง อำเภอพิบูลย์รักษ์ และอำเภอทุ่งศรีอุดม พ.ศ. ๒๕๔๐|url=http://www.ratchakitcha.soc.go.th/DATA/PDF/2540/A/050/24.PDF|date=Septemberngày 26 tháng 9 năm 1997|language=Thai}}</ref>
