Ngày 26 tháng 11 năm 20012005, Rowling kết hôn với Neil Murray (sinh ngày 30 tháng 6 năm 1971), một bác sĩ người Scotland,<ref>{{chú thích báo|url=http://www.scotsman.com/news/jk-rowling-weds-doctor-lover-in-secret-boxing-day-ceremony-1-1358753|title=JK Rowling weds doctor lover in secret Boxing Day ceremony|date=ngày 30 tháng 12 năm 2011|work=The Scotsman|access-date=ngày 13 tháng 6 năm 2020|archive-url=https://web.archive.org/web/20170217144553/http://www.scotsman.com/news/jk-rowling-weds-doctor-lover-in-secret-boxing-day-ceremony-1-1358753|archive-date=ngày 17 tháng 2 năm 2017|url-access=registration|url-status=dead}}.</ref> trong một lễ cưới tại nhà riêng là [[Killiechassie House]] ở Scotland.<ref>[http://news.bbc.co.uk/1/hi/entertainment/arts/1733882.stm Christmas wedding for Rowling] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20070819213541/http://news.bbc.co.uk/1/hi/entertainment/arts/1733882.stm|date=ngày 19 tháng 8 năm 2007}}. BBC News. ngày 30 tháng 12 năm 2001. Truy cập ngày 25 tháng 10 năm 2007.</ref> Con trai của họ là David Gordon Rowling Murray, sinh ra vào ngày 24 tháng 3 năm 2003.<ref>{{chú thích báo|url=http://news.bbc.co.uk/1/hi/scotland/2883095.stm|title=Baby joy for JK Rowling|date=ngày 24 tháng 3 năm 2003|work=BBC News|access-date=ngày 24 tháng 3 năm 2010|archive-url=https://web.archive.org/web/20090201195555/http://news.bbc.co.uk/1/hi/scotland/2883095.stm|archive-date=ngày 1 tháng 2 năm 2009|location=London|url-status=live}}</ref> Không lâu sau khi Rowling bắt đầu viết ''Harry Potter và Hoàng tử lai'', bà phải ngưng công việc viết lách để chăm sóc David khi còn sơ sinh.<ref>J.K. Rowling's Official Site, [https://web.archive.org/web/20120107025239/http://www.jkrowling.com/textonly/en/news_view.cfm?id=62 "Progress on Book Six"]. ngày 15 tháng 3 năm 2004. Truy cập ngày 22 tháng 3 năm 2006. Archived at Wayback Machine.</ref>
Rowling là bạn của [[Sarah Jane Brown|Sarah Brown]], phu nhân của cựu thủ tướng [[Gordon Brown]]; hai người quen nhau khi hợp tác trong một dự án từ thiện. Khi con trai của Sarah Brown là Fraser sinh ra vào năm 2003, Rowling là một trong những người đầu tiên đến bệnh viện viếng thăm.<ref name="Morrison">{{chú thích báo|url=http://news.scotsman.com/gordonbrownsfamily/Chancellors-daughter-remembered-at-christening.2522714.jp|title=Chancellor's daughter remembered at christening service|last=Morrison|first=Jenny|date=ngày 23 tháng 4 năm 2004|work=The Scotsman|access-date=ngày 16 tháng 4 năm 2010|archive-url=https://archive.today/20120728201236/http://news.scotsman.com/gordonbrownsfamily/Chancellors-daughter-remembered-at-christening.2522714.jp|archive-date=ngày 28 tháng 7 năm 2012|location=Edinburgh|url-status=live}}</ref> Con gái út của Rowling là Mackenzie Jean Rowling Murray, người được bà đề tặng cuốn ''Harry Potter và Hoàng tử lai'', sinh ra vào ngày 23 tháng 1 năm 2005.<ref>J.K. Rowling's Official Site, [https://web.archive.org/web/20120112121859/http://www.jkrowling.com/textonly/en/news_view.cfm?id=83 "JKR gives Birth to Baby Girl"]. Truy cập ngày 25 tháng 1 năm 2005. Archived at Wayback Machine.</ref>
