Wikipedia

Khác biệt giữa bản sửa đổi của “Virus”

Duyệt lịch sử tương tác
← Thay đổi trướcThay đổi sau →
Nội dung được xóa Nội dung được thêm vào
Trực quanMã wiki
Không có tóm lược sửa đổi
Adia (thảo luận | đóng góp)
5.582 sửa đổi
Không có tóm lược sửa đổi
Dòng 1:
{{1000 bài cơ bản}}{{otheruses}}
{{Taxobox
| color = violet
| name = VirusesVirus
| image = Rotavirus Reconstruction.jpg
| image_caption = [[Rotavirus]]
| virus_group = I–VII
| subdivision_ranks = Phân nhómGroups
| subdivision = I: [[virus dsDNA virus]]<br />
II: [[ssDNA virus ssDNA]]<br />
III: [[dsRNA virus dsRNA]]<br />
IV: [[positive-sensevirus ssRNA virus|(+)ssRNA virus]]<br />
V: [[negative-sensevirus ssRNA virus|(−)ssRNA virus]]<br />
VI: [[virus ssRNA-RT virus]]<br />
VII: [[virus dsDNA-RT virus]]}}
{{otheruses}}
[[Tập tin:Virus-types-vi.png|nhỏ|350px|Ba loại virus: virus của vi khuẩn, còn gọi là thực khuẩn thể (trái); virus của động vật (phải trên); và retrovirus (virus phiên mã ngược, phải dưới)]]
'''Virus''', còn gọi là '''siêu vi khuẩn''' hay '''siêu vi trùng''', là một vật thể nhỏ xâm nhiễm vào cơ thể sống, thuộc loại [[ký sinh trùng]]. Virus có tính kí sinh nội bào bắt buộc; chúng chỉ có thể sinh sản bằng cách xâm chiếm tế bào khác vì chúng thiếu bộ máy ở mức tế bào để tự sinh sản. Thuật ngữ ''virus'' thường chỉ các vật thể xâm nhiễm [[sinh vật nhân chuẩn]] (sinh vật đa bào hay đơn bào), trong khi thuật ngữ ''[[thực khuẩn thể]]'' (''bacteriophage'' hay ''phage'') được dùng để chỉ các vật thể xâm nhiễm [[sinh vật nhân sơ]] ([[vi khuẩn]] hoặc [[vi khuẩn cổ]]).
 
'''Virus''', còn gọi là '''siêu vi khuẩn''' hay '''siêu vi trùng''', là một [[mầm bệnh|tác nhân truyền nhiễm]] chỉ nhân lên được khi ở bên trong [[tế bào]] sống của một sinh vật khác. Virus có thể xâm nhiễm vào tất cả các dạng sinh vật, từ [[động vật]], [[thực vật]] cho tới [[vi khuẩn]] và [[vi khuẩn cổ]].<ref name="pmid16984643"/> Kể từ bài viết đầu tiên của [[Dmitri Ivanovsky]] năm 1892 mô tả về một dạng mầm bệnh không thuộc vi khuẩn mà lây nhiễm vào cây [[thuốc lá]], và sự khám phá ra [[virus khảm thuốc lá]] của [[Martinus Beijerinck]] năm 1898,<ref name="Dimmock"/> đã có khoảng 5.000 loại virus được miêu tả chi tiết,<ref name="Dimmock tr. 49">Dimmock tr. 49</ref> mặc dù vẫn còn có tới hàng triệu dạng virus khác nhau.<ref name="Breitbart M, Rohwer F 2005 278–84">{{cite journal|author=Breitbart M, Rohwer F|title=Here a virus, there a virus, everywhere the same virus?|journal=Trends Microbiol |volume=13|issue=6|pages=278–84|year=2005|pmid=15936660|doi=10.1016/j.tim.2005.04.003}}</ref> Virus được tìm thấy ở hầu hết mọi [[hệ sinh thái]] trên Trái Đất và là dạng có số lượng nhiều nhất trong tất cả các thực thể sinh học.<ref name="Lawrence"/><ref>{{cite journal|author=Edwards RA, Rohwer F|title=Viral metagenomics|journal=Nat. Rev. Microbiol. |volume=3|issue=6|pages=504–10|year=2005|pmid=15886693|doi=10.1038/nrmicro1163}}</ref> Khoa học nghiên cứu virus được biết với tên [[virus học]] (''virology''), một chuyên ngành phụ của [[vi sinh vật học]].
Virus điển hình mang một lượng nhỏ axit nucleic ([[DNA]] hoặc [[RNA]]) bao quanh bởi lớp áo bảo vệ ([[vỏ capsid]]) cấu tạo bằng [[protein]], [[glicoprotein]].
 
Các phần tử (hay ''hạt'') virus (được gọi là ''virion'') được tạo thành từ hai hoặc ba bộ phận: i) phần [[vật chất di truyền]] được tạo nên từ [[ADN]] hoặc [[ARN]], là những [[phân tử]] dài có mang thông tin di truyền; ii) một lớp vỏ [[protein]] - được gọi với tên [[capsid]] - có chức năng bảo vệ hệ gen; trong một số trường hợp còn có iii) một lớp vỏ bọc bên ngoài làm từ [[lipid]] mà bao bọc bên ngoài lớp vỏ protein khi virus ở bên ngoài tế bào. Hình dạng của virus rất khác nhau, từ dạng [[xoắn ốc]] hay [[khối hai mươi mặt đều]] đơn giản cho tới những cấu trúc phức tạp hơn. Một virus có kích thước trung bình vào khoảng 1/100 kích cỡ trung bình của một vi khuẩn. Hầu hết virus đều quá nhỏ để có thể trực tiếp quan sát được dưới [[kính hiển vi quang học]].
Điều quan trọng là [[bộ gen]] của virus không chỉ mã hoá cho các protein cần để bao bọc vật liệu di truyền của nó mà còn mã hoá cho các protein cần cho virus sinh sản trong chu kì xâm nhiễm của nó.
 
Nguồn gốc của virus trong [[lịch sử tiến hóa]] của sự sống thì không rõ ràng: một số có thể đã [[tiến hóa]] từ những [[plasmid]]s&nbsp;– những đoạn ADN ngắn mà có thể di chuyển giữa các tế bàos&nbsp;– trong khi số khác có thể đã tiến hóa từ vi khuẩn. Trong tiến hóa, virus là một phương tiện [[chuyển gen ngang]] quan trọng, điều làm gia tăng sự [[đa dạng di truyền]].<ref name = "Canchaya"/> Virus được công nhận là một dạng sống bởi một số nhà khoa học, do chúng có mang vật chất di truyền, có thể sinh sản và tiến hóa thông qua quá trình [[chọn lọc tự nhiên]]. Tuy nhiên mặt khác chúng lại thiếu những đặc tính quan trọng (như cấu trúc tế bào) - những điều mà được công nhận rộng rãi là cần thiết của sinh vật sống. Bởi vì chỉ có một số chứ không tất cả các phẩm chất cần thiết như đã nêu, virus đã được mô tả là "những sinh vật ở bên lề của sự sống".<ref name="ReferenceA">{{cite journal|author = Rybicki, EP|year = 1990|title = The classification of organisms at the edge of life, or problems with virus systematics|journal = S Afr J Sci|volume = 86|pages = 182–186}}</ref>
== Từ nguyên ==
Chữ "virus" có xuất xứ cũng từ chữ ''virus'' trong [[tiếng Latin]] để chỉ [[chất độc]] (theo từ điển [[Websters]] [[1913]]: ''slimy liquid, poisonous liquid, poison, stench''). Chính vì vậy mà [[tiếng Hán]] ngày nay gọi nó là ''bệnh độc'' (病毒). Các tên gọi "siêu vi khuẩn" và "siêu vi trùng" có nguồn gốc từ sự tồn tại ở mức độ siêu vi thể (''ultramicroscopic'') của nó.
 
Virus lây lan theo nhiều cách; virus thực vật thường được truyền từ cây này sang cây khác qua những loài côn trùng hút nhựa cây như [[rệp vừng]]; trong khi virus động vật lại có thể được truyền đi nhờ những côn trùng [[động vật hút máu|hút máu]]. Những sinh vật mang mầm bệnh như vậy được gọi là những [[Vector (dịch tễ học)|vector]]. [[Cúm|Virus cúm]] được lan truyền thông qua ho và hắt hơi. [[Norovirus]] và [[rotavirus]], nguyên nhân chính của bệnh [[viêm dạ dày-ruột]] siêu vi, được lây lan qua [[đường phân-miệng]] và truyền từ người này sang người khác thông qua tiếp xúc, cũng như xâm nhập vào cơ thể qua thức ăn hay nước uống. [[HIV]] là một trong vài loại virus lây nhiễm thông qua [[quan hệ tình dục]] và tiếp xúc với máu bị nhiễm bệnh. Mỗi virus chỉ có thể xâm nhiễm vào một số dạng tế bào vật chủ nhất định, gọi là "[[biên độ vật chủ]]" (''host range''); biên độ này có thể rất hẹp hoặc rất rộng, tùy vào số lượng những sinh vật khác nhau mà virus có khả năng lây nhiễm.<ref>Shors tr. 49–50</ref>
Ngày nay bên cạnh nghĩa sinh học như trên, "virus" còn được dùng theo nghĩa ẩn dụ để chỉ các những gì sinh sản kí sinh, như [[Virus (máy tính)|virus máy tính]].
 
Sự xâm nhập của virus trong động vật đã kích hoạt một [[phản ứng miễn dịch]] nhằm loại bỏ virus xâm nhiễm. Những phản ứng miễn dịch cũng có thể được tạo ra bởi [[vắc-xin]], giúp sinh ra [[miễn dịch|miễn dịch thu được nhân tạo]] đối với một virus xâm nhiễm nhất định. Tuy nhiên, một số virus, bao gồm những loại gây ra [[AIDS]] và [[viêm gan siêu vi]], lại có thể trốn tránh những phản ứng trên và gây ra sự nhiễm bệnh [[mãn tính]]. Những chất [[kháng sinh]] không có hiệu quả đối với virus, tuy nhiên cũng đã có những loại [[thuốc kháng virus]] được phát triển.
Từng hạt virus được gọi là ''virion'' hay ''viron''.
 
== ĐặcTừ điểmnguyên của virushọc ==
''Virus'' là một từ có xuất xứ từ [[tiếng Latin]] dùng để chỉ [[chất độc]], được sử dụng lần đầu tại Anh vào năm 1392.<ref name="Etymology_Dictionary">{{cite web
Virus là những tác nhân gây nhiễm trùng có kích thước nhỏ nhất (đường kính 20-300&nbsp;nm)và trong bộ gen của chúng chỉ chứa một loại acid nucleic (RNA hoặc DNA). Lõi acid nucleic có thể là RNA đơn, RNA kép, DNA đơn hoặc DNA kép . Acid nucleic được bao bọc trong lớp vỏ protein và bên ngoài cùng có thể được bao quanh một màng lipid. Toàn bộ phân tử virus được gọi là virion.
|title=virus
|author=Harper D
|year=2011
|home=The Online Etymology Dictionary
|url=http://www.etymonline.com/index.php?term=virus
|accessdate=2011-12-23}}</ref> Tính từ ''Virulent'', bắt nguồn từ tiếng Latin ''virulentus'' (độc hại), xuất hiện từ 1400.<ref>{{cite web
|title=virulent
|author=Harper D
|year=2011
|home=The Online Etymology Dictionary
|url=http://www.etymonline.com/index.php?term=virulent
|accessdate=2011-12-23}}</ref> ''Virus'' được ghi nhận với nghĩa "tác nhân gây bệnh truyền nhiễm" lần đầu vào năm 1728,<ref name="Etymology_Dictionary"/> trước khi [[Dmitri Ivanovsky]] phát hiện ra virus vào năm 1892. Thuật ngữ ''virion'' bắt đầu có từ năm 1959,<ref name="Etymology_Dictionary2">{{cite web
|title=virion
|author=Harper D
|year=2011
|home=The Online Etymology Dictionary
|url=http://www.etymonline.com/index.php?term=virion
|accessdate=2011-12-24}}</ref> được dùng để chỉ một phần tử virus, đơn lẻ, ổn định, có khả năng lây nhiễm mà được giải phóng ra từ tế bào và hoàn toàn có thể xâm nhập các tế bào khác cùng loại.<ref name="isbn0-12-375146-2">{{cite book |author=Casjens S|editor=Mahy BWJ and Van Regenmortel MHV|title=Desk Encyclopedia of General Virology|publisher=Academic Press |location=Boston |year=2010|page=167|isbn=0-12-375146-2}}</ref>
 
Trong tiếng Việt, virus còn có tên gọi cũ là '''vi-rút''', '''siêu vi khuẩn''' hay '''siêu vi trùng'''.
Virus bị bất hoạt trong môi trường ngoại bào, chúng chỉ nhân lên trong các tế bào sống. Acid nucleic của virus chứa các thông tin cần thiết để lập trình cho tế bào ký chủ bị nhiễm bằng tổng hợp các đại phân tử đặc hiệu cần cho sự nhân lên của virus. Trong chu kỳ tăng trưởng, một số lượng lớn bản sao các acid nucleic của virus và protein vỏ (''coat protein'') được tạo thành. Các protein vỏ được tập hợp lại để tạo vỏ bao (''capsid''), vỏ bao này bao bọc acid nucleic giúp virus bền vững chống lại môi trường ngoại bào và dễ dàng xâm nhập các tế bào cảm thụ mới. Nhiễm virus có nhiều mức độ ảnh hưởng lên tế bào ký chủ, từ không ảnh hưởng đến ảnh hưởng nhẹ, hoặc có thể gây ra tổn thương làm chết tế bào.
 
==Lịch sử ==
Thế giới virus rất đa dạng. Virus thay đổi nhanh chóng về cấu trúc, biểu hiện cấu tạo di truyền, cách sao chép và lan truyền. Một virus có thể gây nhiễm cho nhiều ký chủ khác nhau, nhưng cũng có thể chỉ giới hạn trong 1 số rất ít ký chủ. Các loại virus đã được nhận dạng có thể gây nhiễm cho các sinh vật đơn bào như mycloplasma, vi khuẩn, tảo và tất cả các động thực vật cấp cao hơn.
[[File:Mwb in lab.JPG|thumb|[[Martinus Beijerinck]] trong phòng thí nghiệm vào năm 1921.]]
 
Vào những năm 1880, [[Louis Pasteur]] khi nghiên cứu về [[bệnh dại]] đã không thể tìm ra tác nhân gây ra bệnh này, và dự đoán về một mầm bệnh mà quá nhỏ để có thể phát hiện được dưới kính hiển vi.<ref>{{cite journal |author=Bordenave G |title=Louis Pasteur (1822–1895) |journal=Microbes and Infection / Institut Pasteur |volume=5 |issue=6 |pages=553–60 |year=2003 |pmid=12758285 |doi=10.1016/S1286-4579(03)00075-3}}</ref> Năm 1884, nhà vi sinh vật học người Pháp [[Charles Chamberland]] đã phát minh ra một bộ lọc (được biết tới ngày nay là bộ lọc Chamberland hay bộ lọc Chamberland-Pasteur) với các lỗ có kích thước còn nhỏ hơn cả vi khuẩn. Nhờ thế, ông có thể cho một dung dịch chứa vi khuẩn chảy qua bộ lọc và hoàn toàn loại bỏ chúng khỏi dung dịch.<ref>Shors tr. 76–77</ref> Năm 1892, nhà sinh vật học người Nga, Dmitri Ivanovsky đã sử dụng bộ lọc này để nghiên cứu về thứ mà hiện nay được biết với tên [[virus khảm thuốc lá]]. Thí nghiệm của ông cho thấy chiết xuất từ lá cây thuốc lá nhiễm bệnh được nghiền nát vẫn có thể lây nhiễm sau khi lọc. Ivanovsky đề xuất rằng sự nhiễm bệnh có thể là do một [[độc tố]] từ vi khuẩn gây ra, nhưng đã không theo đuổi ý tưởng đó.<ref name="Collier3"/> Lý do là vì vào thời điểm đó, người ta đã nghĩ rằng tất cả các tác nhân truyền nhiễm đều có thể bị các bộ lọc giữ lại và chỉ có thể phát triển trên một môi trường dinh dưỡng&nbsp;– đây là một phần của [[thuyết mầm bệnh]].<ref name="Dimmock">Dimmock tr. 4</ref> Năm 1898, nhà vi sinh người Hà Lan [[Martinus Beijerinck]] đã lặp lại thí nghiệm và trở nên tin rằng dung dịch đã lọc vẫn còn chứa một dạng tác nhân truyền nhiễm mới.<ref>Dimmock p.4–5</ref> Ông nhận thấy rằng tác nhân này chỉ có thể nhân lên trong tế bào mà đang phân chia, nhưng thí nghiệm của ông không chỉ ra là nó được làm từ các hạt; ông gọi tác nhân này là một ''[[contagium vivum fluidum]]'' (mầm sống có thể hòa tan) và sử dụng lại từ ''virus'' để gọi nó.<ref name="Collier3">Collier tr. 3</ref> Beijerinck giữ quan điểm rằng virus có bản chất là chất lỏng, tuy nhiên về sau thuyết này đã bị bác bỏ bởi [[Wendell Stanley]], người chứng minh được chúng có dạng hạt.<ref name="Collier3"/> Trong cùng năm đó, [[Friedrich Loeffler]] và Frosch đã cho chảy lần đầu tiên dung dịch chứa virus động vật&nbsp;– tác nhân gây bệnh [[lở mồm long móng]] ([[aphthovirus]])&nbsp;– qua một bộ lọc tương tự.<ref name="isbn0-12-375146-2">{{cite book |author=Fenner F. |editor=Mahy B. W. J. and Van Regenmortal M. H. V.|title=Desk Encyclopedia of General Virology |edition= 1|publisher=Academic Press |location=Oxford, Anh|year=2009 |pages= 15|isbn=0-12-375146-2}}</ref>
* là một kết cấu đại phân tử vô bào, không có hệ thống sinh sản năng lượng, không có [[ribosome]], không sinh trưởng cá thể, không [[phân cắt]] và không mẫn cảm với các chất kháng sinh, chỉ chứa 1 trong 2 loại axit nucleic (ADN hoặc ARN)
* có sự giao tế tương hỗ giữa trạng thái kí sinh trong tế bào vật chủ và trạng thái phi sinh vật (trạng thái không sống).
 
Vào đầu của thế kỷ 20, [[Frederick Twort]] - một nhà vi khuẩn học người Anh - đã khám phá ra một nhóm những virus mà xâm nhiễm vào vi khuẩn, mà nay gọi là ''[[bacteriophage]]'' (hay phổ biến hơn, ''phage''),<ref>Shors tr. 589</ref> và nhà vi sinh học người Canada gốc Pháp [[Félix d'Herelle]] đã miêu tả về virus rằng: khi thêm chúng vào vi khuẩn trên thạch [[agar]], sẽ tạo ra những vùng vi khuẩn bị chết. Ông đã pha loãng chính xác một dịch [[huyền phù]] những virus trên và khám phá ra rằng những dịch pha loãng cao nhất (mật độ virus thấp nhất), thay vì giết chết toàn bộ vi khuẩn, đã tạo những vùng riêng biệt gồm những cá thể bị chết. Tính toán diện tích những vùng này và nhân với hệ số pha loãng cho phép ông tính được số lượng virus trong dịch huyền phù gốc.<ref>{{cite journal|pmid = 17855060|author = D'Herelle F|title = On an invisible microbe antagonistic toward dysenteric bacilli: brief note by Mr. F. D'Herelle, presented by Mr. Roux|journal = Research in Microbiology| doi=10.1016/j.resmic.2007.07.005|volume=158|issue=7|year=2007|pages=553–4}}</ref> Phage đã được báo trước sẽ là một giải pháp điều trị tiềm năng cho những bệnh như [[thương hàn]] và [[tả]], nhưng triển vọng của chúng đã bị lãng quên cùng với sự phát triển của [[penicillin]]. Nghiên cứu về phage đã cung cấp cái nhìn sâu hơn về sự bất hoạt và kích hoạt gen, và một cơ chế hữu hiệu cho việc đưa những gen bên ngoài vào bên trong vi khuẩn.
Có 3 dạng tồn tại của virus ở bên trong tế bào
* Viroid: Chỉ chứa thành phần RNA có tính truyền nhiễm đơn độc.
* Virusoid: Chỉ chứa thành phần RNA không có tính truyền nhiễm đơn độc.
* Virino(prion):Chỉ chứa các thành phần protein.
 
Cho đến cuối thế kỷ 19, virus được định nghĩa dựa trên sự lây nhiễm của chúng, khả năng chống lọc, và việc chúng đòi hỏi phải có một vật chủ. Virus đã từng chỉ được nuôi trong thực vật và động vật. Năm 1906, [[Ross Granville Harrison]] phát minh ra một phương pháp để nuôi dưỡng [[mô]] trong [[bạch huyết]], và sau đó năm 1913, E. Steinhardt, C. Israeli, và R. A. Lambert đã sử dụng phương pháp này để phát triển virus [[vaccinia]] trong những mảnh vụn của mô [[giác mạc]] [[chuột lang nhà]].<ref>{{cite journal|author= Steinhardt E, Israeli C, Lambert R.A.|year = 1913|title = Studies on the cultivation of the virus of vaccinia|journal = J. Inf Dis.|volume = 13|pages = 294–300|doi = 10.1093/infdis/13.2.294|issue = 2}}</ref> Năm 1928, H. B. Maitland và M. C. Maitland đã nuôi virus vaccinia trong những thể huyền phù của [[thận]] gà băm nhỏ. Phương pháp của họ đã không được áp dụng rộng rãi cho tới thập niên 1950, khi [[poliovirus]] được nuôi ở quy mô lớn phục vụ việc sản xuất vaccine.<ref>Collier tr. 4</ref>
== Phân loại ==
Có nhiều đặc tính để phân loại virus. Phương cách mà các virus được nhận diện thay đổi rất nhanh. Ngày nay việc tìm trình tự gen thường được thực hiện sớm trong định danh virus. Dữ liệu về trình tự các gen là các những tiêu chuẩn phân loại tiến bộ và có thể cung cấp cơ sở cho các họ virus mới.
 
Một bước đột phá khác đến vào năm 1931, khi nhà bệnh học Hoa Kỳ [[Ernest William Goodpasture]] đã nuôi dưỡng virus cúm và vài loại virus khác trong trứng gà đã thụ tinh.<ref>{{cite journal|author = Goodpasture EW, Woodruff AM, Buddingh GJ|year= 1931|title = The cultivation of vaccine and other viruses in the chorioallantoic membrane of chick embryos|journal = Science|volume = 74|issue = 1919| pages = 371–372|pmid = 17810781|doi=10.1126/science.74.1919.371}}</ref> Năm 1949, [[John Franklin Enders]], [[Thomas Huckle Weller|Thomas Weller]], và [[Frederick Robbins]] cũng nuôi cấy virus [[bại liệt]] trong tế bào phôi người, virus đầu tiên được nuôi mà không sử dụng mô thể rắn của động vật hay trứng. Công trình này cho phép [[Jonas Salk]] tạo ra một [[vaccine bại liệt]] hiệu quả.<ref>{{cite journal|author = Rosen, FS|year = 2004|title = Isolation of poliovirus—John Enders and the Nobel Prize|journal = New England Journal of Medicine|volume = 351|issue = 15| pages = 1481–83|pmid = 15470207|doi=10.1056/NEJMp048202}}</ref>
=== Theo hình thái ===
* Hình thái của virion bao gồm: kích thước, hình dạng, kiểu đối xứng trong cấu trúc hình khối, có hay không có các peplomers, và có hay không màng bọc.
* Các đặc tính lý hóa của virion bao gồm: khối lượng phân tử, mật độ nổi, tính ổn định
 
Những hình ảnh đầu tiên của virus thu nhận được là nhờ sự phát minh ra [[kính hiển vi điện tử]] năm 1931 của hai kĩ sư người Đức [[Ernst Ruska]] và [[Max Knoll]].<ref>Từ ''Nobel Lectures, Physics 1981–1990'', (1993) Tore Frängsmyr, Gösta Ekspång, World Scientific Publishing Co., Singapore.
=== Theo triệu chứng ===
* Năm 1887, Buist đã nhìn thấy một trong những virus lớn nhất, Vaccinia, thông qua kính hiển vi quang học sau khi nhuộm chúng. Dù vậy Vaccinia lúc đó không được biết đến là một virus, và ông đã gọi thứ mà ông quan sát được là một "[[Micrococcus]]". (Buist J.B. ''Vaccinia and Variola: a study of their life history'' Churchill, London)</ref> Năm 1935, [[Wendell Meredith Stanley]] - một nhà sinh hóa và virus học người Mỹ - đã nghiên cứu virus khảm thuốc lá và nhận thấy chúng được tạo thành phần lớn từ protein.<ref>{{cite journal|author = Stanley WM, Loring HS|year= 1936|title = The isolation of crystalline tobacco mosaic virus protein from diseased tomato plants|journal = Science|volume = 83|issue = 2143| page = 85|pmid = 17756690|doi=10.1126/science.83.2143.85}}</ref> Một thời gian ngắn sau, virus này đã được phân tách thành các phần protein và ARN riêng biệt.<ref>{{cite journal|author = Stanley WM, Lauffer MA|year= 1939|title = Disintegration of tobacco mosaic virus in urea solutions|journal = Science|volume = 89|issue = 2311| pages = 345–347|pmid = 17788438|doi=10.1126/science.89.2311.345}}</ref>
Việc phân loại virus cổ điển nhất là dựa trên những bệnh mà chúng gây ra, kiểu phân loại này thuận lợi cho các nhà lâm sàng, nhưng lại không làm hài lòng các nhà sinh học vì cùng một loại virus có thể xuất hiện ở nhiều nhóm khác nhau nếu chúng gây ra nhiều bệnh khác nhau tùy thuộc vào cơ quan bị tấn công, và một loại virus khác hoàn toàn không liên quan có thể gây ra những bệnh tương tự (ví dụ: nhiễm trùng đường hô hấp, viêm gan, khảm lá cà chua).
Virus khảm thuốc lá là dạng virus đầu tiên được [[tinh thể]]l hóa và cấu trúc của nó do đó đã được làm sáng tỏ chi tiết. Những hình ảnh [[tinh thể học tia X|nhiễu xạ tia X]] đầu tiên của virus kết tinh đã được Bernal và Fankuchen thu được vào 1941. Dựa trên những tấm hình này, [[Rosalind Franklin]] đã khám phá ra cấu trúc [[ADN]] hoàn thiện của loại virus này vào năm 1955.<ref name="pmid18702397">{{cite journal
|author=Creager AN, Morgan GJ
|title=After the double helix: Rosalind Franklin's research on Tobacco mosaic virus
|journal=Isis
|volume=99
|issue=2
|pages=239–72
|year=2008
|pmid=18702397
|doi=10.1086/588626}}</ref> Cùng trong năm đó, [[Heinz Fraenkel-Conrat]] và [[Robley Williams]] chứng minh được là chiết xuất ARN và vỏ protein của virus khảm thuốc lá có thể tự lắp ráp lại để tạo thành những virus có chức năng, cho thấy cơ chế đơn giản này có lẽ là cách mà virus được tạo ra trong tế bào chủ của chúng.<ref>Dimmock tr. 12</ref>
 
Nửa sau của thế kỷ 20 đánh dấu một kỉ nguyên vàng cho sự khám phá virus với hầu hết trong số hơn 2.000 loài virus động vật, thực vật và vi khuẩn đã được phát hiện trong những năm này.<ref name="pmid18446425">{{cite journal
=== Hệ thống phân loại virus tổng quát ===
|author=Norrby E
Hệ thống phân loại virus được thiết lập trong đó các virus được phân ra các nhóm chính gọi là các họ dựa trên hình thái của virion, cấu trúc bộ gen, cách sao chép. Tên các họ virus tận cùng bằng viridae. Trong mỗi họ, virus được chia thành các giống dựa vào sự khác nhau về mạch huyết thanh học và các đặc tính lí hóa của virus. Tiêu chuẩn để xác định giống thay đổi ở các họ khác nhau. Tên các giống virus tận cùng bằng đuôi–virus. Trong bốn họ: (''Poxviridae'', ''Herpesviridae'', ''Paraviridae'', ''Paramyxoviridae'') còn có chia thành các phân họ (''subfamily''), cho thấy bản chất phức tạp trong mối liên hệ các virus với nhau.
|title=Nobel Prizes and the emerging virus concept
|journal=Arch. Virol.
|volume=153
|issue=6
|pages=1109–23
|year=2008
|pmid=18446425
|doi=10.1007/s00705-008-0088-8}}</ref> Năm 1957, [[Arterivirus|arterivirus ở ngựa]] và virus gây bệnh [[Tiêu chảy do virus ở bò|tiêu chảy ở bò]] (một loại [[pestivirus]]) đã đươc phát hiện. Năm 1963, virus [[viêm gan siêu vi B]] cũng được [[Baruch Blumberg]] khám phá,<ref>Collier tr. 745</ref> và năm 1965, [[Howard Temin]] đã mô tả loại [[retrovirus]] đầu tiên. Sau đó, [[enzym phiên mã ngược]] (''Reverse transcriptase''), loại [[enzym]] quan trọng mà retrovirus sử dụng để phiên mã ARN của chúng thành ADN, được miêu tả lần đầu vào năm 1970, một cách độc lập bởi [[Howard Martin Temin]] và [[David Baltimore]].<ref name="pmid4348509">{{cite journal
|author=Temin HM, Baltimore D
|title=RNA-directed DNA synthesis and RNA tumor viruses
|journal=Adv. Virus Res.
|volume=17
|pages=129–86
|year=1972
|pmid=4348509
|accessdate=2008-09-16
|doi=10.1016/S0065-3527(08)60749-6}}</ref> Năm 1983, nhóm nghiên cứu của [[Luc Montagnier]] tại [[Viện Pasteur]] ở [[France]], đã lần đầu tiên phân lập một loại retrovirus mà được biết với tên gọi hiện nay là virus suy giảm miễn dịch ở người (HIV).<ref name="Barre">{{cite journal
|author=Barré-Sinoussi, F. ''et al.''
|title=Isolation of a T-lymphotropic retrovirus from a patient at risk for acquired immune deficiency syndrome (AIDS)|journal=Science
|year=1983
|pages=868–871
|volume=220
|issue=4599
|pmid=6189183
|doi=10.1126/science.6189183}}</ref>
 
== Nguồn gốc ==
Đến năm 1995, ủy ban quốc tế về phân loại virus đã phân loại hơn 4000 virus động vật và virus thực vật thành 71 họ, 11 họ thứ cấp (''subfamily'') và 164 giống với hàng trăm virus chưa định loại được mới đây xác định được 24 họ lây nhiễm cho người và động vật. Sau đây là các đặc điểm của các virus gây bệnh quan trọng ở người.
Virus được tìm thấy ở bất cứ nơi nào có sự sống và có thể đã tồn tại từ khi tế bào sống đầu tiên được tiến hóa.<ref name="pmid16494962">{{cite journal
|author=Iyer LM, Balaji S, Koonin EV, Aravind L
|title=Evolutionary genomics of nucleo-cytoplasmic large DNA viruses
|journal=Virus Res.
|volume=117
|issue=1
|pages=156–84
|year=2006
|pmid=16494962
|doi=10.1016/j.virusres.2006.01.009}}</ref> Nguồn gốc của virus không rõ ràng bởi chúng không tạo thành hóa thạch, vì vậy [[sinh học phân tử|các kĩ thuật phân tử]] đã được sử dụng để so sánh ARN hay ADN của virus và là một công cụ hiệu quả để nghiên cứu xem chúng phát sinh như thế nào.<ref name="pmid20660197">{{cite journal |author=Sanjuán R, Nebot MR, Chirico N, Mansky LM, Belshaw R |title=Viral mutation rates |journal=Journal of Virology |volume=84 |issue=19 |pages=9733–48 |year=2010 |month=October |pmid=20660197 |doi=10.1128/JVI.00694-10 |pmc=2937809}}</ref> Nhìn chung có ba giả thuyết chính để giải thích nguồn gốc của virus:<ref>Shors tr. 14–16</ref><ref>Collier tr. 11–21</ref>
 
; Giả thuyết thoái lui (''regressive hypothesis''): Virus có thể đã từng là những tế bào nhỏ mà [[ký sinh]] bên trong những tế bào lớn hơn. Trải qua thời gian, những gen mà không cần thiết cho sự ký sinh này mất đi. Những vi khuẩn như ''[[Rickettsia]]'' và ''[[Chlamydia (vi khuẩn)|Chlamydia]]'' cũng sống trong tế bào và, giống như virus, chỉ có thể sinh sản khi ở bên trong tế bào vật chủ. Những vi khuẩn này đã hỗ trợ cho giả thuyết thoái lui , do sự phụ thuộc ký sinh của chúng có thể đã gây ra sự mất đi những gen cho phép chúng tồn tại bên ngoài tế bào. Giả thuyết này còn được gọi là "giả thuyết thoái hóa" (''degeneracy hypothesis''),<ref name="Dimmock16">Dimmock tr. 16</ref><ref>Collier tr. 11</ref> hoặc "giả thuyết suy giảm" (''reduction hypothesis'').<ref name="Mahy Gen 24"/>
{| border="1" class="prettytable"
; Giả thuyết nguồn gốc từ tế bào (''Cellular origin hypothesis'') : Một số virus có thể đã tiến hóa từ những mảnh ADN hay ARN mà "thoát ra" (''escape'') từ hệ gen của những sinh vật lớn hơn. ADN thoát ra có thể là từ những [[plasmid]] (những đoạn ADN trần mà có thể di chuyển giữa những tế bào) hoặc từ những [[transposon]] (những phân tử ADN mà nhân lên và di chuyển quanh những vị trí khác nhau bên trong bộ gen của tế bào).<ref>Shors tr. 574</ref> Từng được gọi là những "gen nhảy", transposon là những ví dụ của các [[yếu tố di truyền di động]] và có thể là nguồn gốc của một số virus. Chúng được phát hiện ở ngô bởi [[Barbara McClintock]] vào năm 1950.<ref>{{cite journal
|+ Các virus chứa DNA:
|journal=Proc Natl Acad Sci U S A.
! Họ !! Kiểu đối xứng vỏ bao !! Một số loài tiêu biểu !! Có màng bọc !! Kháng Ether !! Kích thước (nm)
|year=1950
|volume=36
|issue=6
|pages=344–55
|title=The origin and behavior of mutable loci in maize
|last=McClintock
|first=B.
|pmid=15430309
|doi=10.1073/pnas.36.6.344
|pmc=1063197}}</ref> Đôi khi giả thuyết này còn được gọi là "giả thuyết lang thang" (''vagrancy hypothesis''),<ref name="Dimmock16"/><ref>Collier tr. 11–12</ref> hoặc "giả thuyết trốn thoát" (''escape hypothesis'').<ref name="Mahy Gen 24">{{cite book |author=Mahy WJ & Van Regenmortel MHV (eds) |title=Desk Encyclopedia of General Virology |publisher=Academic Press |location=Oxford |year=2009 |pages=24 |isbn=0-12-375146-2}}</ref>
 
; Giả thuyết [[đồng tiến hóa]] (''coevolution hypothesis''): còn được gọi là "giả thuyết virus-đầu tiên" (''virus-first hypothesis'')<ref name="Mahy Gen 24"/>, đề xuất rằng virus có thể đã tiến hóa từ những phân tử protein và [[axít nucleic]] phức tạp cùng một thời điểm khi tế bào xuất hiện lần đầu trên Trái Đất, và đã không hề bị phụ thuộc vào tế bào trong hàng tỷ năm. [[Viroid]] là những phân tử ARN mà không được phân loại là virus bởi chúng thiếu đi lớp vỏ protein. Tuy nhiên, chúng có những đặc tính tương đồng với vài loại virus và thường được gọi là những "[[tác nhân dưới virus]]" (''subviral agent'').<ref>Dimmock tr. 55</ref> Viroid là những mầm bệnh quan trọng ở thực vật.<ref>Shors 551–3</ref> Chúng không mã hóa protein nhưng lại tương tác với tế bào chủ và sử dụng bộ máy tế bào vật chủ cho sự nhân lên của chúng.<ref name="pmid18764915">{{cite journal
|author=Tsagris EM, de Alba AE, Gozmanova M, Kalantidis K
|title=Viroids
|journal=Cell. Microbiol.
|year=2008
|pmid=18764915
|doi=10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x
|volume=10
|pages=2168
|issue=11}}</ref> Virus [[viêm gan siêu vi D]] trên người cũng có bộ gen ARN tương đồng với viroid nhưng có lớp vỏ protein có xuất xứ từ virus viêm gan B và không thể tạo ra lớp vỏ của riêng chúng. Vì vậy, chúng là một loại virus khiếm khuyết và không thể tự nhân lên mà không có sự giúp đỡ của virus viêm gan B.<ref>Shors tr. 492–3</ref> Tương tự như vậy, [[sputnik virophage]] cũng bị lệ thuộc vào [[mimivirus]], loại virus lây nhiễm trên ''Acanthamoeba castellanii''.<ref name="pmid18690211">{{cite journal
|author=La Scola B, Desnues C, Pagnier I, Robert C, Barrassi L, Fournous G, Merchat M, Suzan-Monti M, Forterre P, Koonin E, Raoult D
|title=The virophage as a unique parasite of the giant mimivirus
|journal = [[Nature (journal)|Nature]]
|volume=455
|issue=7209
|pages=100–4
|year=2008
|pmid=18690211
|doi=10.1038/nature07218}}</ref> Những virus mà phụ thuộc vào sự hiện diện của những loài virus khác trong tế bào vật chủ được gọi là những ''[[Vệ tinh (sinh học)|vệ tinh]]'' và có thể là đại diện cho một bước trung gian trong quá trình tiến hóa giữa viroid và virus.<ref>Collier tr. 777</ref><ref>Dimmock tr. 55–7</ref>
 
Trong quá khứ, tất cả những giả thuyết này đều gặp phải vấn đề: giả thuyết thoái lui không giải thích được tại sao kể cả những ký sinh nội bào nhỏ nhất cũng không giống với virus ở bất kỳ góc độ nào. Giả thuyết trốn thoát không lý giải được về lớp vỏ capsid phức hợp và các cấu trúc khác của phần tử virus. Giả thuyết virus-đầu tiên thì trái với định nghĩa của virus là chúng đòi hỏi phải có tế bào chủ.<ref name="Mahy Gen 24"/> Cho đến hiện nay, virus được công nhận là rất cổ xưa và có nguồn gốc mà bắt đầu từ trước cả sự rẽ nhánh của sự sống vào [[Hệ thống ba vực|ba vực]].<ref name="Mahy Gen 28"/> Phát hiện này đã khiến những nhà virus học hiện đại đã phải xem xét và đánh giá lại cả ba giả thuyết cổ điển trên.<ref name="Mahy Gen 28">{{cite book |author=Mahy WJ & Van Regenmortel MHV (eds) |title=Desk Encyclopedia of General Virology |publisher=Academic Press |location=Oxford |year=2009 |pages=28 |isbn=0-12-375146-2}}</ref>
 
Bằng chứng về một [[Thế giới ARN|thế giới những tế bào ARN tổ tiên]]<ref name="Mahy Gen 26">{{cite book |author=Mahy WJ & Van Regenmortel MHV (eds) |title=Desk Encyclopedia of General Virology |publisher=Academic Press |location=Oxford |year=2009 |pages=26 |isbn=0-12-375146-2}}</ref> và những phân tích máy tính về trình tự ADN của virus và vật chủ đã đem lại sự hiểu biết tốt hơn về mối quan hệ tiến hóa giữa những loại virus khác nhau, và có thể giúp xác định tổ tiên của những virus hiện đại. Cho đến nay, những phân tích này vẫn chưa chứng tỏ được giả thuyết nào ở trên là đúng.<ref name="Mahy Gen 26"/> Tuy nhiên, có vẻ như không chắc rằng tất cả các virus hiện đang được biết có cùng một tổ tiên chung, và virus có lẽ đã phát sinh nhiều lần trong quá khứ bởi một hoặc nhiều cơ chế.<ref>Dimmock tr. 15–16</ref>
 
[[Prions]] là những phân tử protein có khả năng lây nhiễm mà không chứa ADN hay ARN.<ref name="pmid18587704">{{cite journal
|author=Liberski PP
|title=Prion diseases: a riddle wrapped in a mystery inside an enigma
|journal=Folia Neuropathol
|volume=46
|issue=2
|pages=93–116
|year=2008
|pmid=18587704}}</ref> Chúng có thể gây nhiễm các bệnh như [[bệnh ngứa điên]] ở cừu (''scrapie'') và [[bệnh bò điên|bệnh viêm não thể bọt biển]] ở bò (bệnh bò điên) và [[bệnh suy mòn mãn tính]] ở hươu; ở con người, những bệnh gây ra bởi prion bao gồm bệnh [[Kuru (bệnh)|Kuru]], [[bệnh Creutzfeldt–Jakob]], và [[hội chứng Gerstmann–Sträussler–Scheinker]].<ref name="isbn0-12-375147-0">{{cite book |author=Belay ED and Schonberger LB |title=Desk Encyclopedia of Human and Medical Virology |publisher=Academic Press |location=Boston |year=2009 |pages=497–504 |isbn=0-12-375147-0}}</ref> Prion có khả năng nhân lên do một số protein có thể tồn tại ở hai hình dạng khác nhau, và prion thay đổi hình dạng thông thường của protein vật chủ thành dạng prion. Điều này sẽ phát động một phản ứng chuỗi khi mỗi protein prion biến đổi nhiều protein vật chủ thành nhiều prion hơn, và những prion mới này lại tiếp tục biến đổi càng lúc càng nhiều protein thành prion hơn nữa; và tất cả những bệnh liên quan tới prion được biết đến đều dẫn đến tử vong. Mặc dù những prion về cơ bản khá khác biệt với virus và viroid, thì sự khám phá ra chúng đã làm gia tăng niềm tin vào học thuyết rằng virus có thể đã tiến hóa từ những phân tử tự sao chép.<ref name="pmid17512677">{{cite journal
|author=Lupi O, Dadalti P, Cruz E, Goodheart C
|title=Did the first virus self-assemble from self-replicating prion proteins and RNA?
|journal=Med. Hypotheses
|volume=69
|issue=4
|pages=724–30
|year=2007
|pmid=17512677
|doi=10.1016/j.mehy.2007.03.031}}</ref>
 
==Sinh học==
===Đặc điểm đời sống===
Có những ý kiến khác nhau về việc liệu virus có phải là một dạng [[sống]] không, hay chỉ là những cấu trúc hữu cơ tương tác với những sinh vật sống. Chúng đã được mô tả là "những sinh vật bên lề của sự sống" (''"organisms at the edge of life"''),<ref name="ReferenceA"/> do chúng giống với những cơ thể sống ở chỗ chúng mang những gen và tiến hóa nhờ quá trình chọn lọc tự nhiên,<ref name="pmid17914905">{{cite journal
|author=Holmes EC
|title=Viral evolution in the genomic age
|journal=PLoS Biol.
|volume=5
|issue=10
|pages=e278
|year=2007
|pmid=17914905
|pmc=1994994
|doi=10.1371/journal.pbio.0050278}}</ref> và có thể sinh sản băng cách tạo ra rất nhiều bản sao của chính chúng bằng cách tự lắp ráp. Dù vậy, chúng lại không có [[tế bào|cấu trúc tế bào]], thứ mà thường được coi như đơn vị cơ bản của sự sống. Virus cũng không có hệ thống [[trao đổi chất]] của riêng chúng, và đòi hỏi phải có một tế bào chủ để tạo ra cá thể mới. Chúng do đó không thể sinh sản tự nhiên bên ngoài tế bào vật chủ<ref name="pmid20010599">{{cite journal |author=Wimmer E, Mueller S, Tumpey TM, Taubenberger JK |title=Synthetic viruses: a new opportunity to understand and prevent viral disease |journal=Nature Biotechnology |volume=27 |issue=12 |pages=1163–72 |year=2009 |pmid=20010599 |doi=10.1038/nbt.1593 |pmc=2819212}}</ref>&nbsp;– dù một số loài vi khuẩn như ''[[Rickettsia]]'' và ''[[Chlamydia (vi khuẩn)|Chlamydia]]'' được công nhận là sinh vật sống cũng có giới hạn tương tự.<ref name="pmid18473699">{{cite journal |author=Horn M |title=Chlamydiae as symbionts in eukaryotes |journal=Annual Review of Microbiology |volume=62 |pages=113–31 |year=2008 |pmid=18473699 |doi=10.1146/annurev.micro.62.081307.162818}}</ref><ref name="pmid19016440">{{cite journal |author=Ammerman NC, Beier-Sexton M, Azad AF |title=Laboratory maintenance of Rickettsia rickettsii |journal=[[Current Protocols]] in Microbiology |volume=3 |pages=Unit 3A.5 |year=2008 |pmid=19016440 |pmc=2725428 |doi=10.1002/9780471729259.mc03a05s11}}</ref> Những dạng sống được chấp nhận thường phải sử dụng [[phân chia tế bào]] để sinh sản, trong khi virus lại tự lắp ráp bên trong tế bào. Chúng cũng khác với sự tăng trưởng tự động của những [[Tinh thể hóa|tinh thể]], do chúng được thừa hưởng những đột biến di truyền và phải chịu sự chọn lọc tự nhiên. Sư tự lắp ráp của virus trong tế bào chủ có ý nghĩa quan trọng cho việc nghiên cứu [[nguồn gốc sự sống]], và củng cố niềm tin cho giả thuyết về việc sự sống có thể đã bắt đầu từ những phân tử hữu cơ tự lắp ráp.<ref name="pmid16984643">{{cite journal
|author=Koonin EV, Senkevich TG, Dolja VV
|title=The ancient Virus World and evolution of cells
|journal=Biol. Direct
|volume=1
|page=29
|year=2006
|pmid=16984643
|pmc=1594570
|doi=10.1186/1745-6150-1-29
|pages=29}}</ref>
 
===Cấu trúc===
{{Multiple image
|align=left
|direction=vertical
|width=190
|image1=Hexon.svg
|caption1=Sơ đồ cách mà một vỏ [[capsid]] của virus được tạo thành bằng cách sử dụng nhiều bản sao của chỉ hai phân tử protein.
}}
 
Virus rất đa dạng về kích thước và hình dạng, mà gọi chung là những [[hình thái học (sinh học)|hình thái]] của virus. Nhìn chung, virus có kích cỡ nhỏ hơn vi khuẩn. Hầu hết các virus được nghiên cứu có đường kính trong khoảng từ 20 đến 300 [[nanomet]]. Một số [[filovirus]] có tổng chiều dài lên tới 1400&nbsp;nm; dù đường kính của chúng chỉ vào khoảng 80&nbsp;nm.<ref name="Collier3355">Collier tr. 33–55</ref> Đa phần các virus đều không thể quan sát được bằng [[kính hiển vi quang học]], cho nên [[kính hiển vi điện tử]] [[Kính hiển vi điện tử quét|quét]] và [[Kính hiển vi điện tử truyền qua|truyền qua]] được sử dụng để trực quan hóa những virion.<ref>Collier tr. 33–37</ref> Để gia tăng sự tương phản giữa virus và xung quanh, người ta phải sử dụng những "vết nhuộm" (''"stain"'') với mật độ [[electron]] dày đặc. Những dung dịch muối của những kim loại nặng, như [[vonfram]], có thể phân tán electron khỏi những vùng được các vết nhuộm che phủ. Nếu virion được bao bọc bằng các vết nhuộm (nhuộm dương tính), những chi tiết tỉ mỉ sẽ bị che mờ. Phương pháp [[nhuộm âm tính]] vì thế sẽ giúp khắc phục vấn đề này khi chỉ nhuộm màu môi trường nền.<ref name="pmid1715774">{{cite journal
|author=Kiselev NA, Sherman MB, Tsuprun VL
|title=Negative staining of proteins
|journal=Electron Microsc. Rev.
|volume=3
|issue=1
|pages=43–72
|year=1990
|pmid=1715774
|doi=10.1016/0892-0354(90)90013-I}}</ref>
 
Một phần tử (hạt) virus hoàn chỉnh - được gọi virion - bao gồm axít nucleic được bao bọc bởi một lớp vỏ protein bảo vệ gọi là [[capsid]]. Lớp vỏ này được tạo thành từ những tiểu đơn vị protein giống hệt nhau gọi là [[capsomer]].<ref>Collier tr. 40</ref> Ngoài ra, virus có thể có một vỏ bọc bằng [[lipid]] có xuất xứ từ [[màng tế bào]] vật chủ. Vỏ capsid được tạo ra từ protein được dịch mã bởi [[bộ gen]] của virus và hình dạng của chúng chính là cơ sở để phân biệt về mặt hình thái học.<ref name="pmid14019094">{{cite journal
|author=Caspar DL, Klug A
|title=Physical principles in the construction of regular viruses
|journal=Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol.
|volume=27
|pages=1–24
|year=1962
|pmid=14019094}}</ref><ref name="pmid13309339">{{cite journal
|author=Crick FH, Watson JD
|title=Structure of small viruses
|journal=Nature
|volume=177
|issue=4506
|pages=473–5
|year=1956
|pmid=13309339
|doi=10.1038/177473a0}}</ref> Các tiểu đơn vị protein do virus mã hóa sẽ tự lắp ráp để tạo nên vở capsid, nhìn chung sẽ đòi hỏi sự có mặt của bộ gen virus. Những virus phức tạp còn mã hóa cho những protein mà trợ giúp cho quá trình xây dựng capsid của chúng. Những protein mà kết hợp với axít nucleic được biết với tên [[nucleoprotein]], và sự kết hợp của những protein ở capsid với axít nucleic của virus được gọi là một nucleocapsid. Vỏ capsid và toàn bộ cấu trúc virus có thể được thăm dò vật lý (cơ giới) thông qua [[kính hiển vi lực nguyên tử]].<ref name="virus-AFM-friction-mechanical-properties">{{cite journal
|doi=10.1016/S0006-3495(97)78786-1
|volume=72
|issue=3
|pages=1396–1403
|last=Falvo
|first=M.R.
|coauthors=S. Washburn, R. Superfine, M. Finch, F.P. Brooks Jr, V. Chi, R.M. Taylor 2nd
|title=Manipulation of individual viruses: friction and mechanical properties
|journal=Biophysical Journal
|year= 1997
|pmid=9138585
|pmc=1184522}}</ref><ref name="virus-AFM-imaging">{{cite journal
|volume=82
|issue=9
|pages=2025–2034
|last=Kuznetsov
|first=Yu. G.
|coauthors=A. J. Malkin, R. W. Lucas, M. Plomp, A. McPherson
|title=Imaging of viruses by atomic force microscopy
|journal=J Gen Virol
|year=2001|pmid=11514711}}</ref> Nhìn chung, có bốn hình thái virus chính:
 
{{Multiple image
|align=right
|direction=vertical
|width=180
|image1= TMV structure simple.png
|caption1=Cấu trúc virus khảm thuốc lá: [[ARN]] được cuộn trong một chuỗi xoắn gồm các tiểu đơn vị protein giống nhau
|image2=Icosahedral Adenoviruses.jpg
|caption2=Hình ảnh kính hiển vi điện tử của [[adenovirus]] hình khối hai mươi mặt đều
|image3=Varicella (Chickenpox) Virus PHIL 1878 lores.jpg
|caption3=[[Herpesviridae|Virus herpes]] với lớp vỏ bọc virus
}}
 
; Xoắn ốc: Những virus này được tạo thành từ một loại capsomer duy nhất xếp chồng lên quanh một trục trung tâm để tạo nên cấu trúc xoắn ốc, có thể có một khoang trung tâm hoặc là một ống rỗng. Sự sắp xếp này dẫn đến việc tạo ra những virion dạng hình que hay sợi, chúng có thể ngắn và rất cứng, hoặc dài và rất linh hoạt. Vật liệu di truyền nhìn chung là ARN sợi đơn (ssRNA), nhưng đôi khi là ADN sợi đơn (ssDNA), và được gắn chặt với chuỗi xoắn protein bằng những tương tác giữa axít nucleic mang điện tích âm và phần điện tích dương trên protein. Nói chung, độ dài của vỏ capsid xoắn ốc có liên quan tới độ dài của axít nucleic bên trong nó và đường kính thì phụ thuộc vào kích thước và cách sắp xếp các capsomer. Loại virus khảm thuốc lá - mà đã được nghiên cứu kĩ lưỡng - là một ví dụ của virus dạng xoắn ốc.<ref>Collier tr. 37</ref>
 
; Khối hai mươi mặt đều: Hầu hết virus động vật đều có dạng khối hai mươi mặt đều hoặc gần hình cầu với hai mươi mặt đều đối xứng. Một [[khối hai mươi mặt đều]] bình thường là cách tối ưu để tạo nên một vỏ khép kín từ những tiểu đơn vị giống y như nhau. Số lượng các capsomer tối thiểu cần đến là 12, trong đó mỗi capsomer tạo thành từ năm tiểu đơn vị y hệt nhau. Nhiều virus, ví dụ rotavirus, có nhiều hơn 12 capsomer và xuất hiện dưới dạng hình cầu nhưng vẫn giữ tính đối xứng. Capsomer tại mỗi đỉnh được bao quanh bởi 5 capsomer khác gọi là penton. Capsomer trên những mặt hình tam giác thì được bao quanh bởi 6 và gọi là hexon.<ref>Collier tr. 40, 42</ref> Hexon về bản chất thường phẳng và penton, cấu trúc tạo nên 12 đỉnh, lại thường cong. Cùng một protein cũng có thể là tiểu đơn vị của cả penton và hexon, hoặc chúng có thể được cấu tạo bởi những protein khác nhau.
 
; Kéo dài: Cấu trúc là một khối hai mươi mặt đều được kéo dài gấp năm lần theo chiều dài của trục; đây cũng cách sắp xếp phổ biến ở đầu của mỗi bacteriophage. Nó tạo thành một hình trụ với nắp đậy ở hai đầu.<ref>{{cite book |author=Casens, S.|title=Desk Encyclopedia of General Virology|publisher=Academic Press |location=Boston |year=2009 |pages=167–174 |isbn=0-12-375146-2}}</ref>
 
; Phức tạp: Những virus này có một capsid mà không hoàn toàn xoắn hay hoàn toàn khối hai mươi mặt đều, và có thể mang những cấu trúc thêm vào như đuôi protein hoặc một vách ngăn ngoài phức hợp. Một số bacteriophages, như [[Enterobacteria phage T4]], có cấu trúc phức tạp bao gồm một đầu hình khối hai mươi mặt đều gắn với một đuôi xoắn; đuôi này có thể có một đĩa nền [[lục giác đều]] với các sợi đuôi protein nhô ra. Cấu trúc đuôi này đóng vai trò một ống tiêm phân tử, giúp gắn vào vi khuẩn vật chủ và sau đó bơm bộ gen của virus vào bên trong tế bào.<ref>{{cite journal |author=Rossmann MG, Mesyanzhinov VV, Arisaka F, Leiman PG |title=The bacteriophage T4 DNA injection machine |journal=Curr. Opin. Struct. Biol. |volume=14 |issue=2 |pages=171–80 |year=2004 |pmid=15093831 |doi=10.1016/j.sbi.2004.02.001}}</ref>
 
; [[Vỏ bọc virus|Vỏ bọc]]{{Anchor|Non-enveloped virus}}: Một vài loài virus bao phủ bản thân chúng bằng một lớp vỏ bọc, là một dạng chỉnh sửa của một trong những [[màng tế bào]]: có thể là lớp màng ngoài bao quanh tế bào vật chủ bị nhiễm, hoặc màng trong như [[màng nhân]] hay [[mạng lưới nội chất]], tạo ra một [[lớp lipid kép]] bao ngoài được gọi là vỏ bọc virus (''viral envelope''). Màng này được đính vào những protein mã hóa bởi bộ gen virus và bộ gen vật chủ; ngoài ra, tất cả màng lipid và bất cứ carbohydrate đều có nguồn gốc từ vật chủ. Virus cúm và HIV là ví dụ cho những loại sử dụng chiến thuật này. Hầu hết các virus có màng đều phụ thuộc vào lớp vỏ của chúng để có thể xâm nhiễm vào vật chủ.<ref>Collier tr. 42–43</ref>
 
Ngoài ra, poxvirus là những virus lớn, phức tạp có hình thái bất thường. Bộ gen của chúng được gắn với protein bên trong một cấu trúc đĩa ở trung tâm gọi là một nucleoid. Nucleoid được bao quanh bởi một lớp màng và hai cơ quan ở hai bên mà không rõ chức năng. Virus có một vỏ bọc ngoài với một lớp protein dày đính trên bề mặt vỏ bọc. Về tổng thể, virion của poxvirus là [[đa hình thái]], do có thể có hình dạng trứng hoặc hình dạng gạch.<ref name="pmid4322005">{{cite journal
|author=Long GW, Nobel J, Murphy FA, Herrmann KL, Lourie B
|title=Experience with electron microscopy in the differential diagnosis of smallpox
|journal=Appl Microbiol
|volume=20
|issue=3
|pages=497–504
|year=1970
|pmid=4322005
|pmc=376966}}</ref> Mimivirus là virus lớn nhất thường được biết, với đường kính vỏ capsid là 400&nbsp;nm. Các sợi protein có thể nhô lên khỏi bề mặt với chiều dài lên tới 100&nbsp;nm. Vỏ capsid có dạng đa giác đều dưới kính hiển vi điện tử, do đó có thể đây là một virus dạng khối hai mươi mặt đều.<ref name="Suzan-Monti2006">{{cite journal|author=Suzan-Monti M, La Scola B, Raoult D|title=Genomic and evolutionary aspects of Mimivirus|journal=Virus Research|volume=117|issue=1|pages=145–155|year=2006|pmid=16181700|doi=10.1016/j.virusres.2005.07.011}}</ref> Năm 2011, các nhà nghiên cứu đã khám phá ra một virus lớn hơn ở đáy đại dương gần bờ biển [[Las Cruces, Chile|Las Cruces]], [[Chile]]. Nó tạm được đặt tên là ''Megavirus chilensis'', và có thể nhìn thấy được dưới kính hiển vi quang học cơ bản.
<ref>{{cite web |work=Yahoo! News |author=Hatmaker, Taylor |date=2011-10-11 |url=http://news.yahoo.com/blogs/technology-blog/world-biggest-virus-discovered-ocean-depths-near-chile-013644954.html |title=World’s biggest virus discovered in ocean depths near Chile |accessdate=2011-10-12}}</ref>
 
Một vài loại virus mà lây nhiễm vào [[vi khuẩn cổ]] có cấu trúc phức tạp mà không liên quan tới bất kỳ dạng virus nào khác, với những hình dạng bất thường rất đa dạng, từ những cấu trúc hình con suốt, cho tới hình que có móc, hình giọt nước, hay thậm chí cả hình cái chai. Những virus trên vi khuẩn cổ giống khác thì tương tự những bacteriophage đuôi, và có thể có nhiều dạng cấu trúc đuôi khác nhau.<ref name=Prangishvili>{{cite journal |author=Prangishvili D, Forterre P, Garrett RA |title=Viruses of the Archaea: a unifying view |journal=Nat. Rev. Microbiol. |volume=4 |issue=11 |pages=837–48 |year=2006 |pmid=17041631 |doi=10.1038/nrmicro1527}}</ref>
 
===Bộ gen ===
{|class="wikitable" style="float:right; clear:right; width:250px; margin:5px 0 0 10px;"
|+ Sự đa dạng bộ gen ở virus
! Thuộc tính || Thông số
|-
|Axít nucleic||
| [[Pavoviridae]] || rowspan="5" | Hình khối 20 mặt || [[Virus Pavo B19]] || rowspan="3" | Không || rowspan="3" | Kháng || 18-26
* ADN
* ARN
* Cả ADN và ARN (ở những giai đoạn khác nhau trong vòng đời)
|-
|Hình dạng||
| [[Papovaviridae]] || [[Virus Palyoma]] ([[Ung thư cổ tử cung]]) || 45-55
* Mạch thẳng
* Mạch vòng
* Phân đoạn
|-
|Số sợi||
| [[Adenoviridae]] || [[Virus Adeno]] || 80-110
* Sợi đơn
* Sợi đôi
* Sợi đôi với những vùng sợi đơn
|-
|[[Tính (sinh học phân tử)|Tính]]||
| [[Herpesviridae]] || [[HSV-1]], [[HSV-2]], [[CMV]], [[EBV]] || rowspan="2" | Có || rowspan="2" | Nhạy || 150-200
* Dương tính (+)
|-
* Âm tính (−)
| [[Hepadnaviridae]] || [[HBV]] ([[viêm gan]]) ||40-48
* Lưỡng tính (+/−)
|-
| [[Poxviridae]] || Hỗn hợp || [[Virus smallpox]], [[vaccinia]] ([[đậu mùa]]) || Phức tạp || Không || 230x400
|}
[[File:Influenza geneticshift.svg|thumb|Cách mà [[chuyển đổi kháng nguyên|chuyển đổi]] hoặc [[tái sắp xếp di truyền|tái sắp xếp]] kháng nguyên có thể dẫn tới những chủng [[cúm]] mới và có tính gây bệnh cao.|thumb|240px]]
 
Có rất nhiều cấu trúc bộ gen có thể được nhìn thấy ở các loài virus; chúng là nhóm có sự đa dạng cấu trúc bộ gen nhiều hơn thực vật, động vật, vi khuẩn hay vi khuẩn cổ. Có tới hàng triệu loại virus khác nhau,<ref name="Breitbart M, Rohwer F 2005 278–84"/> dù mới chỉ có khoảng 5.000 trong số đó đã được mô tả chi tiết.<ref name="Dimmock tr. 49"/>
Các virus chứa RNA:
Một virus có các gen ADN hay ARN được gọi tương ứng là một virus ADN hoặc virus ARN. Phần lớn virus có bộ gen là ARN. Virus thực vật có xu hướng có bộ gen ARN sợi đơn và bacteriophage thường có bộ gen ADN sợi đôi.<ref name="Collier9699">Collier tr. 96–99</ref>
* [[Picorna]]
* [[Astro]]
* [[Calici]]
* [[Reo]]
* [[Arbo]]
* [[Toga]]
* [[Flavi]]
* [[Arena]]
* [[Corona]]
* [[Retro]]
* [[Bunya]]
* [[Orthomyxo]]
* [[Paramyxo]]
* [[Rhabdo]]
* [[Bornavi]]
* [[Filo]]
* Các virus khác
* [[Viroids]]
 
Bộ gen virus có dạng mạch vòng, như ở [[polyomavirus]], hay mạch thẳng, như ở [[Adenoviridae|adenovirus]]. Loại axít nucleic không liên quan tới hình dạng của bộ gen. Ở các virus ARN hay một số virus ADN, bộ gen thường được phân làm các phần riêng biệt, gọi là ''bị phân đoạn''. Với virus ARN, mỗi phân đoạn thường mã hóa cho chỉ một protein và chúng thường được tìm thấy với nhau trong một capsid. Tuy nhiên, tất cả phân đoạn không bắt buộc phải ở trong cùng một virion của virus để có thể xâm nhiễm, như được minh chứng ở [[virus khảm brôm]] và vài loại virus thực vật khác.<ref name="Collier3355"/>
== Xem thêm ==
* [[Viroit]]
* [[Prion]]
* [[Pha tiềm tan]]
* [[Pha tan]]
* [[Danh sách virus]]
* [[vi khuẩn]]
 
Bộ gen virus, bất kể là loại axít nucleic nào, gần như luôn luôn có dạng sợi đơn hay sợi đôi. Bộ gen sợi đơn chứa một axít nucleic không bắt cặp, giống như một nửa của một cái thag bị cắt làm đôi ở giữa. Bộ gen sợi đôi có chứa hai axít nucleic bắt cặp bổ sung cho nhau, giống như toàn bộ cái thang. Những phần tử của một số họ virus, chẳng hạn những loại thuộc họ ''[[Hepadnaviridae]]'', có một bộ gen mà một phần sợi đơn và một phần sợi đôi.<ref name="Collier9699"/>
== Liên kết ngoài ==
 
{{Commonscat|Viruses}}
Với hầu hết virus có bộ gen ARN và một số với bộ gen ADN sợi đơn, những sợi đơn lẻ được cho là có tính dương (+) hoặc tính âm (-), tùy thuộc vào liệu chúng có bổ sung với [[ARN thông tin]] (mRNA) của virus hay không. ARN dương tính tức là có cùng tính với mRNA và do vậy có ít nhất một phần của nó có thể [[dịch mã]] trực tiếp bởi tế bào vật chủ. ARN âm tính thì bổ sung với mRNA và do vậy phải được chuyển thành ARN dương tính bởi một enzym [[ARN polymerase phụ thuộc ARN]] trước khi dịch mã. Danh pháp ADN với virus bộ gen ssDNA đơn tính thì tương tự như danh pháp ARN, trong đó ''sợi mã hóa'' cho mRNA của virus thì bổ sung với nó (-) và ''sợi không mã hóa'' là một bản sao của nó (+).<ref name="Collier9699"/> Tuy nhiên, một vài loại virus ssDNA và ssRNA có bộ gen lưỡng tính trong đó sự phiên mã và dịch mã có thể xảy ở cả hai loại sợi trong một trung gian sao chép dạng sợi đôi. Ví dụ như [[Geminiviridae|geminivirus]], những virus thực vật có bộ gen ssDNA, và [[arenavirus]], những virus động vật có bộ gen ssRNA.<ref name="isbn0-470-02387-2">{{cite book |author=Saunders, Venetia A.; Carter, John |title=Virology: principles and applications |publisher=John Wiley & Sons |location=Chichester |year=2007 |pages= 72 |isbn=0-470-02387-2}}</ref>
* {{chú thích web
 
| url = http://www.ctu.edu.vn/coursewares/supham/phanloaitv/ch1.htm#SIEUKHUAN
Kích thước bộ gen khác biệt rất lớn giữa các loài. Bộ gen virus nhỏ nhất&nbsp;– circovirus ssDNA, thuộc họ ''[[Circoviridae]]''&nbsp;– chỉ mã hóa cho hai loại protein và có kích cỡ bộ gen vào khoảng 2 nghìn [[cặp bazơ]]; bộ gen lớn nhất&nbsp;– của [[mimivirus]]&nbsp;– có kích thước bộ gen lên tới hơn 1,2 triệu cặp bazơ và mã hóa cho hơn 1000 protein.<ref name="pmid20690825">{{cite journal |author=Van Etten JL, Lane LC, Dunigan DD |title=DNA viruses: the really big ones (giruses) |journal=Annual Review of Microbiology |volume=64 |pages=83–99 |year=2010 |pmid=20690825 |pmc=2936810 |doi=10.1146/annurev.micro.112408.134338}}</ref> Nói chung, virus ARN có bộ gen nhỏ hơn virus ADN do có tỷ lệ lỗi cao hơn khi sao chép, và có giới hạn trên về kích thước tối đa.<ref name="pmid20660197"/> Khi vượt qua giới hạn này, những lỗi trong bộ gen khi sao chép sẽ làm cho virus trở nên vô dụng hoặc không có tính [[cạnh tranh]]. Để khắc phục điều này, virus ARN thường có bộ gen phân đoạn&nbsp;– chia bộ gen thành những phân tử nhỏ hơn&nbsp;– để làm giảm xác suất mà một lỗi trong một bộ gen đơn phần sẽ làm mất khả năng của toàn bộ bộ gen. Trái ngược lại, virus ADN thường có bộ gen lớn hơn do độ chính xác cao của những enzym sao chép của chúng.<ref>{{cite journal|doi = 10.1007/BF02257374|author = Pressing J, Reanney DC|year = 1984|title = Divided genomes and intrinsic noise|journal = J Mol Evol|volume = 20|issue = 2| pages = 135–46|pmid = 6433032}}</ref> Tuy nhiên những virus ADN sợi đơn là một ngoại lệ của quy luật này, bởi tỷ lệ đột biến ở bộ gen những loại này có thể đạt đến mức cực đại như ở trường hợp virus ARN sợi đơn.<ref name="pmid19264617">{{cite journal |author=Duffy S, Holmes EC |title=Validation of high rates of nucleotide substitution in geminiviruses: phylogenetic evidence from East African cassava mosaic viruses |journal=The Journal of General Virology |volume=90 |issue=Pt 6 |pages=1539–47 |year=2009 |pmid=19264617 |doi=10.1099/vir.0.009266-0}}</ref>
| title = Bài giảng về virus: Siêu khuẩn hay virút (virus)
 
| author = Đặng Minh Quân
Virus cũng trải qua sự biến đổi di truyền theo một số cơ chế. Chúng bao gồm một quá trình gọi là [[biến động di truyền]] (hay trôi dạt di truyền, ''genetic drift'') khi những bazơ đơn lẻ trong ARN hoặc ADN [[đột biến]] thành những bazơ khác. Hầu hết những [[đột biến điểm]] này đều "im lặng"&nbsp;– không thay đổi protein mà gen đó mã hóa&nbsp;– nhưng số khác lại có thể đem tới những lợi thế về tiến hóa như sự đề kháng với các [[thuốc kháng virus]].<ref name="pmid17927612">{{cite journal
| publisher = [[trường Đại học Cần Thơ]]
|author=Pan XP, Li LJ, Du WB, Li MW, Cao HC, Sheng JF
| archiveurl = http://web.archive.org/web/20030122142857/http://www.ctu.edu.vn/coursewares/supham/phanloaitv/ch1.htm#SIEUKHUAN
|title=Differences of YMDD mutational patterns, precore/core promoter mutations, serum HBV DNA levels in lamivudine-resistant hepatitis B genotypes B and C
| archivedate = 22/1/2003
|journal=J. Viral Hepat.
|volume=14
|issue=11
|pages=767–74
|year=2007
|pmid=17927612
|doi=10.1111/j.1365-2893.2007.00869.x}}</ref> Sự [[trôi dạt kháng nguyên]] diễn ra khi có một thay đổi lớn trong bộ gen của virus, có thể là hệ quả của [[Tái tổ hợp di truyền|tái tổ hợp]] hoặc [[tái sắp xếp]] vật liệu di truyền. Khi điều này xảy ra với virus cúm, những [[đại dịch]] có thể sẽ xảy ra.<ref name="pmid17115950">{{cite journal
|author=Hampson AW, Mackenzie JS
|title=The influenza viruses
|journal=Med. J. Aust.
|volume=185
|issue=10 Suppl
|pages=S39–43
|year=2006
|pmid=17115950}}</ref> Virus ARN thường tồn tại ở dạng những [[loài giả]] (hay "biến chủng", ''quasispecies'') hoặc những đám virus của cùng một loài nhưng có trình tự nucleoside của bộ gen hơi khác nhau. Những biến chủng này là mục tiêu chính của chọn lọc tự nhiên.<ref name="pmid17578210">{{cite journal
|author=Metzner KJ
|title=Detection and significance of minority quasispecies of drug-resistant HIV-1
|journal=J HIV Ther
|volume=11
|issue=4
|pages=74–81
|year=2006
|pmid=17578210}}</ref>
 
Những bộ gen phân đoạn cũng đem tới những lợi thế tiến hóa; các chủng khác nhau của cùng một virus với bộ gen phân đoạn có thể xáo trộn ngẫu nhiên và tổ hợp các gen để sản xuất ra những virus thế hệ sau (con cái) có những đặc tính độc nhất vô nhị. Điều này gọi là sự tái sắp xếp hay "sự giao phối của virus" (''viral sex'').<ref>Goudsmit, Jaap. Viral Sex. Oxford Univ Press, 1998.ISBN 978-0-19-512496-5 ISBN 0-19-512496-0</ref>
 
[[Tái tổ hợp di truyền]] là quá trình mà một sợi ADN bị phá vỡ và sau đó nhập vào đoạn cuối của một phân tử ADN khác. Điều này có thể xảy ra đồng thời khi virus xâm nhiễm vào tế bào và những nghiên cứu về [[sự tiến hóa của virus]] đã cho thấy rằng tái tổ hợp rất tràn lan ở các loài được nghiên cứu.<ref name="pmid10573145">{{cite journal
|author=Worobey M, Holmes EC
|title=Evolutionary aspects of recombination in RNA viruses
|journal=J. Gen. Virol.
|volume=80 ( Pt 10)
|pages=2535–43
|year=1999
|pmid=10573145}}</ref> Nó phổ biến ở cả virus ARN lẫn virus ADN.<ref name="pmid15578739">{{cite journal
|author=Lukashev AN
|title=Role of recombination in evolution of enteroviruses
|journal=Rev. Med. Virol.
|volume=15
|issue=3
|pages=157–67
|year=2005
|pmid=15578739
|doi=10.1002/rmv.457}}</ref><ref name="pmid10479778">{{cite journal
|author=Umene K
|title=Mechanism and application of genetic recombination in herpesviruses
|journal=Rev. Med. Virol.
|volume=9
|issue=3
|pages=171–82
|year=1999
|pmid=10479778|doi=10.1002/(SICI)1099-1654(199907/09)9:3<171::AID-RMV243>3.0.CO;2-A}}</ref>
 
=== Chu trình nhân lên ===
Những quần thể virus - do là những thực thể vô bào - nên không thể tăng trưởng thông qua sự [[phân chia tế bào]]. Thay vào đó, chúng sử dụng bộ máy và hệ trao đổi chất của tế bào vật chủ để tạo ra rất nhiều bản sao của chính chúng, và tự lắp ráp ở bên trong đó.
 
{{Multiple image|direction=vertical|align=right|image1=HepC replication.png|image2=Phage injecting its genome into bacteria.svg
|width=240|caption1=Một chu trình nhân lên điển hình của virus|caption2=Một số bacteriophage bơm [[bộ gen]] của chúng vào tế bào vi khuẩn (hình không theo tỷ lệ)}}
 
[[Chu trình sống của virus]] có sự khác nhau rất lớn giữa các loài, nhưng nhìn chung có 6 giai đoạn cơ bản trong chu trình sống (vòng đời) của virus:<ref>Collier tr. 75–91</ref>
#''Hấp phụ'' là sự liên kết đặc hiệu giữa protein của vỏ capsid ở virus với những thụ thể đặc hiệu trên bề mặt tế bào vật chủ. Tính đặc hiệu này giúp xác định biên độ vật chủ của virus. Lấy ví dụ HIV, loại virus này xâm nhiễm vào một phạm vi giới hạn những tế bào [[bạch cầu]] của con người. Điều này là vì protein trên bề mặt của nó, [[gp120]], tương tác đặc hiệu với phân tử [[CD4]]&nbsp;– một [[thụ thể chemokine]] thường được tìm thấy nhiều nhất trên bề mặt của [[tế bào T]] [[CD4+]]. Cơ chế này đã tiến hóa để giúp những virus này có thể lây nhiễm chỉ trên những tế bào mà chúng có khả năng nhân lên trong đó. Sự hấp phụ (bám lấy) thụ thể có thể tạo ra những thay đổi đối với những protein của vỏ bọc virus, dẫn đến sự hợp nhất lớp lipid kép của màng tế bào và màng virus, hoặc tạo ra những biến đổi của protein bề mặt của virus (khi không có vỏ bọc) để cho phép virus đi được vào bên trong.
#''Xâm nhập'' sau khi đã hấp phụ: Virion đi vào trong tế bào vật chủ nhờ sự [[nhập bào]] [[nhập bào qua trung gian thụ thể|qua trung gian thụ thể]] hoặc sự hợp nhất màng. Sự xâm nhiễm của virus lên tế bào thực vật và nấm khác biệt với sự xâm nhiễm lên tế bào động vật. Thực vật có một thành tế bào rắn chắc được làm từ [[cellulose]], và nấm cũng có thành tế bào từ [[chitin]], cho nên hầu hết virus đều chỉ có thể đi vào trong những tế bào này sau một tổn thương nào đấy lên thành tế bào.<ref>Dimmock tr. 70</ref> Tuy nhiên, gần như tất cả virus (như virus khám thuốc lá) lại có thể di chuyển trực tiếp từ tế bào này qua tế bào khác, dưới dạng những phức hợp nucleoprotein sợi đơn thông qua các lỗ gọi là [[sợi liên bào]] (''plasmodesma'').<ref>{{cite journal|author=Boevink P, Oparka KJ|title=Virus-host interactions during movement processes|journal=Plant Physiol.|volume=138|issue=4|pages=1815–21|year=2005|pmid=16172094|pmc=1183373|doi=10.1104/pp.105.066761|url=http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=16172094}}</ref> Vi khuẩn, giống với thực vật, cũng có một thành tế bào rất mạnh mẽ mà virus buộc phải chọc thủng để xâm nhiễm vào tế bào. Dù vậy, bởi thành tế bào vi khuẩn kém dày hơn nhiều so với thành tế bào thực vật do kích thước nhỏ hơn rất nhiều của chúng, nên một số virus đã phát triển những cơ chế giúp bơm bộ gen của chúng vào tế bào vi khuẩn xuyên qua thành tế bào, trong khi vỏ capsid vẫn còn ở bên ngoài.<ref>Dimmock tr. 71</ref>
#''Lột vỏ'' là quá trình mà vỏ capsid của virus bị loại bỏ: nó có thể bị tan rã do enzym của virus hoặc tế bào chủ hay bởi sự phân ly đơn giản; và kết quả cuối cùng là sự giải phóng ra axít nucleic của bộ gen virus.
#Sự ''nhân lên'' của virus chủ yếu liên quan đến sự nhân lên của bộ gen virus. Quá trình nhân lên bao gồm sự tổng hợp những [[ARN thông tin]] (mRNA) của virus từ những gen "sớm" (có ngoại lệ là virus ARN dương tính), sự [[tổng hợp protein]], việc lắp ráp của những protein có thể có, và sau cùng là sự sao chép bộ gen virus được quy hoạch bởi [[biểu hiện gen|biểu hiện]] của [[protein sớm|protein "sớm"]] hoặc [[protein điều hòa]]. Việc này có thể kéo theo một hoặc nhiều chu kỳ tổng hợp mRNA - đối với những virus phức tạp có bộ gen lớn - tạo ra sự biểu hiện gen "muộn" của protein virion hoặc protein cấu trúc.
#Sau sự tự ''lắp ráp'' do cấu trúc quy định để tạo nên các phần tử virus, thì thường xảy ra một số thay đổi trong các protein. Ở những virus như HIV, sự thay đổi này (đôi khi được gọi là 'sự thành thục') diễn ra sau khi virus đã được giải phóng ra khỏi tế bào chủ.<ref name="pmid11451488">{{cite journal|author=Barman S, Ali A, Hui EK, Adhikary L, Nayak DP|title=Transport of viral proteins to the apical membranes and interaction of matrix protein with glycoproteins in the assembly of influenza viruses|journal=Virus Res.|volume=77|issue=1|pages=61–9|year=2001|pmid=11451488|doi=10.1016/S0168-1702(01)00266-0}}</ref>
#Virus có thể được ''giải phóng'' ra khỏi tế bào vật chủ nhờ [[tiêu bào]] (hay [[chu trình tan|làm tan tế bào]]), một quá trình tiêu diệt tế bào bằng cách phá tan màng tế bào (và thành tế bào nếu có) của vật chủ. Đây là một đặc tính của nhiều virus động vật và vi khuẩn. Một số virus trải qua [[chu trình tiềm tan]], khi mà bộ gen của virus được kết hợp do [[tái tổ hơp di truyền]] vào một vị trí cụ thể trong [[chromosome]] của vật chủ. Bộ gen của virus lúc này được gọi là một "[[provirus]]", hoặc trong trường hợp của bacteriophages là một "[[prophage]]".<ref>Shors tr. 60, 597</ref> Bất cứ khi nào vật chủ phân chia, bộ gen của virus cũng được nhân lên cùng. Bộ gen này phần lớn thời gian sẽ không hoạt động ở bên trong vật chủ, tuy nhiên, vào một thời điểm nào đó, provirus hay prophage có thể làm hoạt hóa virus, điều này có thể sẽ làm tan tế bào vật chủ.<ref>Dimmock, chương 15, ''Mechanisms in virus latentcy'', tr. 243–259</ref> Những virus có vỏ bọc (ví dụ HIV) có đặc trưng là giải phóng khỏi tế bào chủ nhờ "[[nảy chồi virus|nảy chồi]]". Trong quá trình này, virus sẽ nhận được vỏ bọc của chúng, là một phần nhỏ đã qua chỉnh sửa của [[tế bào chất]] hoặc các màng bên trong khác của tế bào vật chủ.<ref>Dimmock 185–187</ref>
 
Vật liệu di truyền bên trong, và phương pháp nhân lên của những vật liệu đó, khác nhau đáng kể giữa những loại virus khác nhau.
 
; [[Virus ADN]] : Quá trình sao chép bộ gen ở hầu hết virus ADN diễn ra trong [[nhân tế bào]]. Nếu tế bào có thụ thể thích hợp trên bề mặt của nó, những virus này đôi khi sẽ đi vào trong tế bào bằng cách hợp nhất ngay với màng tế bào (ví dụ virus herpes) hoặc&nbsp;– hoặc thông thường hơn là bằng nhập vào qua trung gian thụ thể. Hầu hết virus ADN đều hoàn toàn phụ thuộc vào bộ máy sinh tổng hợp ADN và ARN, và bộ máy [[xử lý ARN]] của tế bào chủ; tuy nhiên, virus với bộ gen lớn hơn có thể tự mã hóa phần lớn bộ máy này. Ở [[sinh vật nhân chuẩn]], bộ gen của virus phải xuyên qua màng nhân để tiếp cận với bộ máy trên, trong khi ở vi khuẩn, chúng chỉ cần đi vào bên trong tế bào là có thể tiếp cận.<ref>Shors tr. 54; Collier tr. 78</ref>
 
; [[Virus ARN]]: Sự sao chép thường xuyên diễn ra ở [[tế bào chất]]. Virus ARN có thể được chia làm một trong bốn nhóm khác nhau phụ thuộc vào phương thức sao chép của chúng. Sự [[phân cực virus|phân cực]] (tức khả năng nó có thể được [[ribosome]] sử dụng trực tiếp bởi ribosome để tạo ra protein hay không) của viru RNA sợi đơn là một tiêu chí quan trọng guyết định cơ chế sao chép; trong khi tiêu chí khác đó là vật liệu di truyền là sợi đơn hay sợi đôi. Tất cả virus ARN đều sử dụng enzym [[ARN replicase|sao chép ARN]] của chính chúng để tạo ra những bản sao của bộ gen.<ref>Collier tr. 79</ref>
 
; [[Virus phiên mã ngược]]: Những loại virus này có thể là virus ARN sợi đơn, ssRNA, (''[[Retroviridae]]'', ''[[Metaviridae]]'', ''[[Pseudoviridae]]'') hoặc ADN sợi đôi, dsDNA, (''[[Caulimoviridae]]'' và ''[[Hepadnaviridae]]''). Những virus phiên mã ngược với bộ gen ARN ([[retrovirus]]), sử dụng một ADN trung gian cho quá trình sao chép, trong khi những loại có bộ gen ADN ([[pararetrovirus]]) sử dụng trung gian là ARN. Cả hai loại đều có enzym phiên mã ngược ([[reverse transcriptase]]), hoặc enzym [[DNA polymerase]] phụ thuộc vào ARN, để thực hiện việc chuyển đổi axít nucleic. [[Retrovirus]] sẽ tích hợp ADN tạo ra từ quá trình [[phiên mã ngược]] vào bộ gen vật chủ như một provirus (virus tiềm tan) như một bước trong chu trình nhân lên; còn pararetrovirus thì lại không làm vậy, dù bản sao bộ gen được tích hợp của một số loại pararetrovirus đặc biệt cũng đã được tìm thấy.<ref name="pmid16949329">{{cite journal |author=Staginnus C, Richert-Pöggeler KR |title=Endogenous pararetroviruses: two-faced travelers in the plant genome |journal=Trends in Plant Science |volume=11 |issue=10 |pages=485–91 |year=2006 |pmid=16949329 |doi=10.1016/j.tplants.2006.08.008}}</ref> Nhìn chung những retrovirus và pararetrovirus nhạy cảm với các loại [[thuốc kháng virus]] có khả năng ức chế enzym phiên mã ngược, ví dụ như [[zidovudine]]hay [[lamivudine]]. Một ví dụ của retrovirus là HIV, và ví dụ cho pararetrovirus là họ ''[[Hepadnaviridae]]'', trong đó có virus [[viêm gan B]].<ref>Collier tr. 88–89</ref>
 
=== Ảnh hưởng đến tế bào vật chủ ===
Phạm vi của những tác động về cấu trúc và sinh hóa của virus lên tế bào vật chủ là rất rộng lớn.<ref>Collier tr. 115–146</ref> Chúng được gọi là những ''[[tác động bệnh tích tế bào]]''.<ref>Collier tr. 115</ref> Hầu hết những sự xâm nhiễm virus cuối cùng đều dẫn đến cái chết của tế bào vật chủ. Nguyên nhân gây ra chết bao gồm làm tan tế bào ([[tiêu bào]]), thay đổi màng ngoài tế bào và [[chết rụng tế bào]].<ref name="pmid10547702">{{cite journal
|author=Roulston A, Marcellus RC, Branton PE
|title=Viruses and apoptosis
|journal=Annu. Rev. Microbiol.
|volume=53
|issue=
|pages=577–628
|year=1999
|pmid=10547702
|doi=10.1146/annurev.micro.53.1.577}}</ref> Thường tế bào bị chết là do việc ngừng lại các hoạt động thông thường của nó gây ra do sự ức chế của những protein đặc trưng của virus, dù không phải tất cả số đó đều là thành phần của các hạt virus.<ref name="pmid18637511">{{cite journal
|author=Alwine JC
|title=Modulation of host cell stress responses by human cytomegalovirus
|journal=Curr. Top. Microbiol. Immunol.
|volume=325
|pages=263–79
|year=2008
|pmid=18637511
|doi=10.1007/978-3-540-77349-8_15}}</ref>
 
Một số virus không gây ra sự thay đổi rõ ràng đối với tế bào bị nhiễm. Tế bào mà virus [[tiềm tan]] và bất hoạt thì cho thấy rất ít dấu hiệu bị nhiễm và thường hoạt động bình thường.<ref name="pmid18164651">{{cite journal
|author=Sinclair J
|title=Human cytomegalovirus: Latency and reactivation in the myeloid lineage
|journal=J. Clin. Virol.
|volume=41
|issue=3
|pages=180–5
|year=2008
|pmid=18164651
|doi=10.1016/j.jcv.2007.11.014}}</ref> Điều này gây nên sự nhiễm bệnh dai dẳng và virus thường 'ngủ đông' trong nhiều tháng hoặc nhiều năm. Điển hình cho việc này là những [[herpes đơn dạng|virus herpes]].<ref name="pmid6326635">{{cite journal
|author=Jordan MC, Jordan GW, Stevens JG, Miller G
|title=Latent herpesviruses of humans
|journal=Ann. Intern. Med.
|volume=100
|issue=6
|pages=866–80
|year=1984
|pmid=6326635}}</ref><ref name="pmid12076064">{{cite journal
|author=Sissons JG, Bain M, Wills MR
|title=Latency and reactivation of human cytomegalovirus
|journal=J. Infect.
|volume=44
|issue=2
|pages=73–7
|year=2002
|pmid=12076064
|doi=10.1053/jinf.2001.0948}}</ref> Một số loại, như [[virus Epstein-Barr]], có thể khiến tế bào tăng sinh mà không gây ra khối u ác tính,<ref name="pmid18035323">{{cite journal
|author=Barozzi P, Potenza L, Riva G, Vallerini D, Quadrelli C, Bosco R, Forghieri F, Torelli G, Luppi M
|title=B cells and herpesviruses: a model of lymphoproliferation
|journal=Autoimmun Rev
|volume=7
|issue=2
|pages=132–6
|year=2007
|pmid=18035323
|doi=10.1016/j.autrev.2007.02.018}}</ref> trong khi một số loại khác như [[virus papilloma]] lại được xem là một nguyên nhân được xác nhận của bệnh ung thư.<ref name="pmid19020360">{{cite journal
|author=Subramanya D, Grivas PD
|title=HPV and cervical cancer: updates on an established relationship
|journal=Postgrad Med
|volume=120
|issue=4
|pages=7–13
|year=2008
|pmid=19020360
|doi=10.3810/pgm.2008.11.1928}}</ref>
 
=== Biên độ vật chủ ===
Virus chính là những thực thể sinh học dồi dào nhất từ trước tới nay trên Trái Đất, và chúng có số lượng đông hơn tất cả những loài khác cộng lại với nhau.<ref name="isbn0-19-957485-5">{{cite book |author=Crawford, Dorothy H. |title=Viruses: A Very Short Introduction |publisher=Oxford University Press, USA|year=2011 |page=16 |isbn=0-19-957485-5}}</ref> Chúng có thể xâm nhiễm lên tất cả các dạng tế bào bao gồm của động vật, thực vật, vikhuẩn, vi khuẩn cổ và [[mycovirus|nấm]].<ref name="Dimmock tr. 49"/> Tuy nhiên, những loại khác nhau của virus thì chỉ có thể lây nhiễm trên một phạm vi giới hạn những vật chủ khác nhau, và nhiều loại có tính đặc hiệu loài. Một số, ví dụ như virus đậu mùa, chỉ có thể nhiễm vào một loài duy nhất&nbsp;– trong trường hợp này là con người,<ref>Shors tr. 388</ref> và vì thế chúng được nói rằng có "biên độ vật chủ" (''host range'') hẹp. Những virus khác, ví dụ như virus dại, có thể lây lan trên nhiều loài [[động vật có vú]], và do vậy có biên độ rộng.<ref>Shors tr. 353</ref> Virus mà chỉ lây nhiễm vào thực vật thì vô hại với động vật, và hầu hết virus mà xâm nhiễm lên các động vật khác thì vô hại với con người.<ref>Dimmock tr. 272</ref> Biên độ vật chủ của một số virus vi khuẩn - bacteriophage - thì bị giới hạn vào chỉ duy nhất một [[chủng (sinh học)|chủng]] vi khuẩn và chúng có thể được dùng để truy nguyên nguồn gốc bùng phát bệnh truyền nhiễm bằng một phương pháp gọi là [[phân loại bằng phage]] (''phage typing'').<ref name="pmid20122382">{{cite journal |author=Baggesen DL, Sørensen G, Nielsen EM, Wegener HC |title=Phage typing of Salmonella Typhimurium&nbsp;– is it still a useful tool for surveillance and outbreak investigation? |journal=[[Eurosurveillance]] |volume=15 |issue=4 |pages=19471 |year=2010 |pmid=20122382 |url=http://www.eurosurveillance.org/ViewArticle.aspx?ArticleId=19471}}</ref>
 
== Phân loại ==
{{main|Phân loại virus}}
 
Phân loại virus tìm cách mô tả tính đa dạng của virus bằng cách đặt tên và nhóm chúng dựa trên cơ sở là những điểm tương đồng. Năm 1962, [[André Lwoff]], Robert Horne, và [[Paul Tournier]] là người đầu tiên phát triển một phương pháp phân loại virus, dựa trên [[Hệ thống phân loại Linnaeus|hệ thống thứ bậc]] của [[Linnaeus]].<ref name="pmid14467544">{{cite journal
|author=Lwoff A, Horne RW, Tournier P
|title=A virus system
|language=French
|journal=C. R. Hebd. Seances Acad. Sci.
|volume=254
|pages=4225–7
|year=1962
|pmid=14467544}}</ref> Hệ thống này tạo cơ sở cho sự phân loại theo [[ngành (sinh học)|ngành]], [[lớp (sinh học)|lớp]], [[bộ (sinh học)|bộ]], [[họ (sinh học)|họ]], [[chi]] và [[loài]]. Virus được nhóm lại dựa theo những thuộc tính chung của chúng (mà không phải của vật chủ) và loại axít nucleic tạo nên bộ gen.<ref name="pmid13931895">{{cite journal
|author=Lwoff A, Horne R, Tournier P
|title=A system of viruses
|journal=Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol.
|volume=27
|pages=51–5
|year=1962
|pmid=13931895}}</ref> Về sau, [[Ủy ban Quốc tế về Phân loại Virus]] được thành lập. Tuy nhiên, virus không được phân loại theo ngành hay lớp, do bộ gen có kích thước nhỏ và tỷ lệ đột biến cao khiến chúng khó xác định tổ tiên ở trên cấp Bộ. Vì vậy, hệ thống phân loại Baltimore đã được sử dụng để bổ sung thay thế cho các cấp bậc truyền thống này.
 
===Hệ thống phân loại ICTV ===
[[Ủy ban Quốc tế về Phân loại Virus]] (ICTV) đã phát triển hệ thống phân loại hiện hiện hành và viết ra các hướng dẫn mà đề cao hơn đến các thuộc tính nhất định của virus để duy trì tính thống nhất của chúng trong một [[Họ (sinh học)|họ]]. Một hệ thống phân loại thống nhất đã được thành lập. Báo cáo lần thứ 7 của ICTV đã chính thức hóa lần đầu tiên khái niệm loài virus như là taxon (nhóm) thấp nhất trong hệ thống thứ bậc phân nhánh của các nhóm virus.<ref>Fields tr. 27
* Như định nghĩa ở đây, "một loài virus là một lớp virus ''polythetic'' tạo thành một dòng giống nhân lên và chiếm một [[ổ sinh thái]] cụ thể". Một lớp "polythetic" là một nhóm mà những thành viên trong đó có một vài thuộc tính chung, nhưng không cần thiết tất cả phải có chung một thuộc tính xác định riêng lẻ. Những thành viên của một loài virus được xác định bởi một nhóm những thuộc tính được đồng thuận. Loài virus do vậy khác với các taxon virus bậc cao hơn, tổng quát hơn - được xác định dựa trên những thuộc tính mà cần thiết để trở thành thành viên.</ref> Tuy nhiên, hiện tại chỉ có một phần nhỏ trong sự đa dạng của virus được nghiên cứu: phân tích các mẫu lấy từ con người cho thấy rằng có khoảng 20% trình tự virus được phục hồi là chưa từng được nhìn thấy trước đó, phân tích các mẫu lấy từ môi trường, như nước biển và [[trầm tích đại dương]], giúp phát hiện ra một lượng lớn những trình tự mà hoàn toàn mới lạ với con người.<ref>{{cite journal|author=Delwart EL|title=Viral metagenomics|journal=Rev. Med. Virol.|volume=17|issue=2|pages=115–31|year=2007|pmid=17295196|doi=10.1002/rmv.532}}</ref>
 
Cấu trúc hệ thống phân loại chung như sau:
 
:[[Bộ (sinh học)|Bộ]] (-virales)
::[[Họ (sinh học)|Họ]] (-viridae)
:::[[Phân họ]] (-virinae)
::::[[Chi]] (''-virus'')
:::::[[Loài]] (''-virus'')
 
Theo bảng phân loại hiện nay (2011) của ICTV, có sáu bộ được xác lập, bao gồm [[Caudovirales]], [[Herpesvirales]], [[Mononegavirales]], [[Nidovirales]], [[Picornavirales]] và [[Tymovirales]]. Bộ thứ bảy [[Ligamenvirales]] cũng đã được đề xuất. Ủy ban không chính thức phân biệt các [[phân loài]], [[chủng (sinh học)|chủng]] và [[dòng phân lập]]. Tổng cộng hiện nay có 6 bộ, [[Danh sách họ virus|87 họ]], 19 phân họ, 349 chi và khoảng 2.284 loài, cùng hơn 3.000 loại khác chưa được phân loại.<ref name="isbn0123846846">{{cite book |author=King AMQ, Lefkowitz E, Adams MJ, Carstens EB|title=Virus Taxonomy: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses|publisher=Elsevier|year=2011|page=6 |isbn=0-12-384684-6}}</ref><ref>{{chú thích web| url =http://www.ictvonline.org/virusTaxonomy.asp?version=2011 | title =Virus Taxonomy: 2011 Release (current) | accessdate =2013-02-16 | year =2011 | work =ICTV Master Species List (MSL) | publisher =Ủy ban Quốc tế về Phân loại Virus}}</ref>
 
===Hệ thống phân loại Baltimore===
{{Main|Phân loại Baltimore}}
 
[[File:VirusBaltimoreClassification.svg|thumb|350px|Hệ thống phân loại virus của Baltimore được dựa trên cách thức virus tổng hợp [[mRNA]].]]
 
Nhà sinh vật học từng đoạt [[giải Nobel]] - [[David Baltimore]] đã phát minh ra [[Phân loại virus#Phân loại Baltimore|hệ thống phân loại Baltimore]].<ref name="pmid4348509"/><ref name="pmid4377923">{{cite journal
|author=Baltimore D
|title=The strategy of RNA viruses
|journal=Harvey Lect.
|volume=70 Series
|pages=57–74
|year=1974
|pmid=4377923}}</ref> Nó được sử dụng kết hợp với hệ thống phân loại ICTV trong phân loại virus hiện đại.<ref name="pmid15078590">{{cite journal
|author=van Regenmortel MH, Mahy BW
|title=Emerging issues in virus taxonomy
|journal=Emerging Infect. Dis.
|volume=10
|issue=1
|pages=8–13
|year=2004
|pmid=15078590}}</ref><ref name="pmid10486120">{{cite journal
|author=Mayo MA
|title=Developments in plant virus taxonomy since the publication of the 6th ICTV Report. International Committee on Taxonomy of Viruses
|journal=Arch. Virol.
|volume=144
|issue=8
|pages=1659–66
|year=1999
|pmid=10486120|doi=10.1007/s007050050620}}</ref><ref name="pmid15183049">{{cite journal
|author=de Villiers EM, Fauquet C, Broker TR, Bernard HU, zur Hausen H
|title=Classification of papillomaviruses
|journal=Virology
|volume=324
|issue=1
|pages=17–27
|year=2004
|pmid=15183049
|doi=10.1016/j.virol.2004.03.033}}</ref>
 
Baltimore phân loại virus dựa trên cơ chế sản xuất ARN thông tin ([[mRNA]]). Virus phải tạo ra mRNA từ bộ gen của chúng để sản xuất protein và sao chép chính chúng, nhưng có những cơ chế khác nhau đã được sử dụng để đạt được điều này trong mỗi họ virus. Bộ gen virus có thể là sợi đơn (ss) hoặc sợi đôi (ds), ARN hoặc ADN, và có thể sử dụng [[enzym phiên mã ngược]] (RT) hoặc không. Thêm vào đó, những virus ssRNA có thể là dương tính (+) hoặc âm tính (−). Hệ thống phân loại này sắp xếp virus vào 7 nhóm:
 
*I: '''[[virus dsDNA]]''' (ví dụ [[Adenovirus]], [[Herpesvirus]], [[Poxvirus]])
*II: '''[[virus ssDNA]]''' ''ADN (+)'' (ví dụ [[Parvovirus]])
*III: '''[[virus dsRNA]]''' (ví dụ [[Reovirus]])
*IV: '''[[virus ssRNA dương|virus (+)ssRNA]]''' ARN (+) (ví dụ [[Picornavirus]], [[Togavirus]])
*V: '''[[virus ssRNA âm|virus (−)ssRNA]]''' ''ARN (-)'' (ví dụ [[Orthomyxovirus]], [[Rhabdovirus]])
*VI: '''[[virus ssRNA-RT]]''' ''ARN (+) với trung gian ADN'' (ví dụ [[Retrovirus]])
*VII: '''[[virus dsDNA-RT]]''' (ví dụ [[Hepadnavirus]])
 
Lấy một ví dụ, virus [[thủy đậu]], [[varicella zoster]] (VZV), thuộc về bộ Herpesvirales, họ ''[[Herpesviridae]]'', phân họ ''[[Alphaherpesvirinae]]'', và chi ''[[Varicellovirus]]''. VZV thuộc nhóm I trong Phân loại Baltimore do nó là một virus ADN sợi đôi và không sử dụng phiên mã ngược.
 
== Bệnh virus ở con người ==
{{See also|Bệnh do virus}}
 
[[File:Viral infections and involved species.png |400px|thumb|Tổng quan về các loại bệnh virus chính và các loài nổi bật nhất liên quan<ref name="Microbiology">{{cite book|author=Fisher, Bruce; Harvey, Richard P.; Champe, Pamela C.|title=Lippincott's Illustrated Reviews: Microbiology (Lippincott's Illustrated Reviews Series)|publisher=Lippincott Williams & Wilkins|location=Hagerstwon, MD|year=2007 |chapter=Disease summaries|pages=pages 367–392|isbn=0-7817-8215-5}}</ref>]]
 
Những ví dụ về các loại bệnh thông thường ở người gây ra do virus bao gồm [[cảm lạnh]], [[cúm]], [[thủy đậu]] và [[mụn rộp ở môi]]. Nhiều bệnh nghiêm trọng như [[ebola]], [[AIDS]], [[cúm gia cầm]], và [[SARS]] cũng gây ra bởi virus. Một số bệnh đang được điều tra xem liệu chúng cũng có một virus là tác nhân gây bệnh không, chẳng hạn mối liên hệ nếu có giữa [[virus herpes 6 ở người]] (HHV6) và các bệnh thần kinh như bệnh [[đa xơ cứng]] và [[hội chứng mệt mỏi mãn tính]].<ref name="PMID_17276367">{{cite journal |author=Komaroff AL |title=Is human herpesvirus-6 a trigger for chronic fatigue syndrome? |journal=J. Clin. Virol. |volume=37 Suppl 1 |pages=S39–46 |year=2006 |pmid=17276367 |doi=10.1016/S1386-6532(06)70010-5 }}</ref> Có những tranh cãi xung quanh [[bornavirus]], trước thường được coi là gây nên các bệnh thần kinh ở [[ngựa]], có thể nào là thủ phạm của những bệnh [[tâm thần học|tâm thần]] ở người hay không.<ref name="Chen_1999">{{cite journal
|author=Chen C, Chiu Y, Wei F, Koong F, Liu H, Shaw C, Hwu H, Hsiao K
|title=High seroprevalence of Borna virus infection in schizophrenic patients, family members and mental health workers in Taiwan
|journal=Mol Psychiatry
|volume=4
|issue=1
|pages=33–8
|year=1999
|pmid=10089006
|doi=10.1038/sj.mp.4000484}}</ref>
 
Các virus có những cơ chế gây bệnh khác nhau ở một sinh vật, phụ thuộc phần lớn vào loài virus. Cơ chế ở cấp độ tế bào chủ yếu là tiêu bào - sự mở tan và cái chết của tế bào sau đó. Ở các [[sinh vật đa bào]], nếu có đủ số lượng tế bào chết, toàn bộ cơ thể sẽ bắt đầu chịu tác động. Mặc dù virus cũng gây nên sự gián đoạn của [[cân bằng nội môi]] khỏe mạnh, gây nên bệnh tật, chúng có thể cùng tồn tại một cách vô hại bên trong một sinh vật. Một ví dụ là khả năng của virus [[herpes đơn dạng]], nguyên nhân gây ra bệnh rộp môi, có thể duy trì trạng thái bất hoạt bên trong cơ thể người. Đây gọi là trạng thái tiềm ẩn (''latency'')<ref name="pmid17686862">{{cite journal
|author=Margolis TP, Elfman FL, Leib D, ''et al.''
|title=Spontaneous reactivation of herpes simplex virus type 1 in latently infected murine sensory ganglia
|journal=J. Virol.
|volume=81
|issue=20
|pages=11069–74
|year=2007
|pmid=17686862
|pmc=2045564
|doi=10.1128/JVI.00243-07}}</ref> và là một đặc tính của các virus herpes, bao gồm [[virus Epstein-Barr]], gây ra bệnh [[sốt tuyến]], và virus varicella zoster, loại gây ra thủy đậu và [[bệnh zona|zona]]. Hầu hết loài người đều đã từng nhiễm ít nhất một trong số các loại virus herpes.<ref>{{cite journal |author=Whitley RJ, Roizman B |title=Herpes simplex virus infections |journal=Lancet |volume=357 |issue=9267 |pages=1513–8 |year=2001 |pmid=11377626 |doi=10.1016/S0140-6736(00)04638-9}}</ref> Tuy nhiên, những virus tiềm ẩn này đôi khi có thể có lợi, vì sự có mặt của virus làm gia tăng sự miễn dịch chống lại các mầm bệnh vi khuẩn, ví dụ như ''[[Yersinia pestis]]''.<ref>{{cite journal |author=Barton ES, White DW, Cathelyn JS, ''et al.'' |title=Herpesvirus latency confers symbiotic protection from bacterial infection |journal=Nature |volume=447 |issue=7142 |pages=326–9 |year=2007 |pmid=17507983 |doi=10.1038/nature05762}}</ref>
 
Một số loại virus có thể gây ra sự nhiễm bệnh [[mãn tính]] hoặc suốt đời, khi mà virus tiếp tục nhân lên trong cơ thể bất kể có những cơ chế phòng ngự của vật chủ.<ref name="pmid17931183">{{cite journal
|author=Bertoletti A, Gehring A
|title=Immune response and tolerance during chronic hepatitis B virus infection
|journal=Hepatol. Res.
|volume=37 Suppl 3
|pages=S331–8
|year=2007
|pmid=17931183
|doi=10.1111/j.1872-034X.2007.00221.x}}</ref> Điều này rất phổ biến với bệnh do virus viêm gan B và viêm gan C. Những người bị nhiễm bệnh mãn tính gọi là những [[người mang không triệu chứng|người mang]] (''carrier''), do họ đóng vai trò một nguồn dự trữ loại virus xâm nhiễm.<ref name="pmid17664817">{{cite journal
|author=Rodrigues C, Deshmukh M, Jacob T, Nukala R, Menon S, Mehta A
|title=Significance of HBV DNA by PCR over serological markers of HBV in acute and chronic patients
|journal=Indian journal of medical microbiology
|volume=19
|issue=3
|pages=141–4
|year=2001
|pmid=17664817
}}</ref> Ở những quần thể có tỷ lệ người mang cao, căn bệnh được coi là có [[bệnh địa phương|tính địa phương]].<ref name="pmid17645465">{{cite journal
|author=Nguyen VT, McLaws ML, Dore GJ
|title=Highly endemic hepatitis B infection in rural Vietnam
|journal=Journal of Gastroenterology and Hepatology
|volume=22
|page=2093
|year=2007
|pmid=17645465
|doi=10.1111/j.1440-1746.2007.05010.x
|issue=12
|pages=2093–100}}</ref>
 
===Dịch tễ học===
[[Dịch tễ học]] virus là một nhánh của y học mà đối phó với sự lây truyền và kiểm soát bệnh truyền nhiễm do virus ở con người. Sự lây truyền của virus có thể theo chiều dọc, tức từ mẹ sang con, hoặc chiều ngang, tức từ người này sang người khác. Những ví dụ về [[truyền bệnh theo chiều dọc]] là virus viêm gan B và HIV, ở đây trẻ con sinh ra đã bị nhiễm virus lây từ mẹ.<ref name="pmid17825648">{{cite journal
|author=Fowler MG, Lampe MA, Jamieson DJ, Kourtis AP, Rogers MF
|title=Reducing the risk of mother-to-child human immunodeficiency virus transmission: past successes, current progress and challenges, and future directions
|journal=Am. J. Obstet. Gynecol.
|volume=197
|issue=3 Suppl
|pages=S3–9
|year=2007
|pmid=17825648
|doi=10.1016/j.ajog.2007.06.048}}</ref> Một ví dụ khác, hiếm hơn, là virus varicella zoster, loại mặc dù chỉ gây ra sự nhiễm bệnh tương đối nhẹ ở người, lại có thể gây tử vong với [[thai nhi]] và [[trẻ sơ sinh]].<ref name="pmid11190597">{{cite journal
|author=Sauerbrei A, Wutzler P
|title=The congenital varicella syndrome
|journal=Journal of perinatology : official journal of the California Perinatal Association
|volume=20
|issue=8 Pt 1
|pages=548–54
|year=2000
|pmid=11190597
}}</ref>
 
[[Truyền bệnh theo chiều ngang]] là cơ chế phổ biến nhất để lây lan virus trong quần thể. Sự lây bệnh có thể xảy ra khi: chất dịch cơ thể được trao đổi khi [[quan hệ tình dục|hoạt động tình dục]] (ví dụ HIV); máu được trao đổi do truyền máu không sạch hoặc dùng chung kim tiêm (ví dụ virus viêm gan C); trao đổi nước bọt qua đường miệng (ví dụ virus Epstein-Barr); thực phẩm và nước bị nhiễm bẩn đi qua đường tiêu hóa (ví dụ norovirus); hít phải các [[sol khí]] chứa virion (ví dụ virus cúm); và các vector côn trùng như [[muỗi]] đưa mầm bệnh xâm nhập qua da của người bệnh (ví dụ [[sốt xuất huyết]]). Tỷ lệ hoặc tốc độ lây truyền bệnh virus phụ thuộc vào các nhân tố như [[mật độ dân số]], số cá thể nhạy cảm (như những người không miễn dịch),<ref name="pmid15627236">{{cite journal
|author=Garnett GP
|title=Role of herd immunity in determining the effect of vaccines against sexually transmitted disease
|journal=J. Infect. Dis.
|volume=191 Suppl 1
|pages=S97–106
|year=2005
|pmid=15627236
|doi=10.1086/425271}}</ref> chất lượng [[y tế]] và thời tiết.<ref name="pmid16544901">{{cite journal
|author=Platonov AE
|title=(The influence of weather conditions on the epidemiology of vector-borne diseases by the example of West Nile fever in Russia)
|language=Russian
|journal=Vestn. Akad. Med. Nauk SSSR
|issue=2
|pages=25–9
|year=2006
|pmid=16544901
}}</ref>
 
Dịch tễ học được sử dụng để phá vỡ chuỗi lây nhiễm trong các quần thể đang phải chịu sự bùng phát [[bệnh virus|dịch bệnh do virus]].<ref>Shors tr. 198</ref> Các phương pháp kiểm soát được dùng dựa trên những kiến thức về cách mà virus lây lan. Việc tìm ra nguồn bệnh của sự bùng phát dịch và việc xác định virus rất quan trọng. Một qua virus đã được định danh, chuỗi truyền bệnh có thể được phá vỡ nhờ các [[vắc-xin]]. Khi vắc-xin không có sẵn, vệ sinh và khử trùng cũng có thể có hiệu quả. Thông thường, những người nhiễm bệnh bị cô lập khỏi phần còn lại của cộng đồng, và những người đã tiếp xúc với virus sẽ bị đặt trong tình trạng [[cách ly]].<ref>Shors tr. 199, 209</ref> Để khống chế sự bùng phát bệnh [[lở mồm long móng]] ở bò tại Anh năm 2001, hàng ngàn con bò đã bị giết.<ref>Shors tr. 19</ref> Hầu hết bệnh truyền nhiễm do virus ở người và các động vật khác có [[thời kỳ ủ bệnh]] khi mà sự nhiễm bệnh không gây ra dấu hiệu hay triệu chứng nào.<ref>Shors tr. 126</ref> Thời gian ủ bệnh do virus dao động từ một vài ngày đến vài tuần, được biết với hầu hết bệnh do virus.<ref name="Shorspp">Shors tr. 193–194</ref> Mặc dù hơi chồng lần lên nhau, nhưng chủ yếu diễn ra sau thời kỳ ủ bệnh là một thời kỳ lây lan&mdash; giai đoạn mà một cá thể nhiễm bệnh dễ lây nhiễm và có thể lây sang những người hay động vật khác.<ref name="Shorspp" /> Điều này cũng xảy ra với nhiều bệnh virus, và hiểu biết về độ dài của hai thời kỳ rất quan trọng đối với sự kiểm soát các trận dịch.<ref>Shors tr. 194</ref> Khi sự bùng phát gây nên một tỷ lệ cao bất thường các ca bệnh trong một cộng đồng hay vùng, chúng được gọi là "[[dịch bệnh]]" hay "dịch" (''epidemic''). Nếu sự bùng phát lan ra toàn thế giới, chúng được gọi là những "[[đại dịch]]" (''pandemic'').<ref>Shors tr. 192–193</ref>
 
=== Dịch và đại dịch ===
{{see also|Đại dịch cúm 1918|AIDS|Bệnh virus Ebola}}
{{Details|Danh sách dịch bệnh}}
 
[[File:Reconstructed Spanish Flu Virus.jpg|thumb|Hình ảnh [[kính hiển vi điện tử truyền qua]] của một virus [[cúm Tây Ban Nha|cúm Tây Ban Nha năm 1918]] được tái tạo lại.]]
 
Những quần thể [[người Mỹ bản địa]] đã bị tàn phá bởi những căn bệnh truyền nhiễm, đặc biệt bệnh [[đậu mùa]], do những [[thực dân]] [[châu Âu]] mang tới [[châu Mỹ]]. Người ta không rõ là đã có bao nhiêu người Mỹ bản địa bị chết do những căn bệnh ngoại lai xuất hiện sau sự có mặt của [[Columbus]] ở châu Mỹ, nhưng đã ước tính là lên tới 70% dân số bản địa. Sự hủy diệt do những căn bệnh này gây ra đã hỗ trợ đáng kể nỗ lực của người châu Âu trong việc thay thế và chinh phục những cộng đồng bản địa nơi đây.<ref>
* {{cite journal
|author=Ranlet P
|title=The British, the Indians, and smallpox: what actually happened at Fort Pitt in 1763?
|journal=Pa Hist
|volume=67
|issue=3
|pages=427–41
|year=2000
|pmid=17216901
|accessdate=2008-09-16}}
* {{cite journal
|author=Van Rijn K
|title="Lo! The poor Indian!" colonial responses to the 1862–63 smallpox epidemic in British Columbia and Vancouver Island
|journal=Can Bull Med Hist
|volume=23
|issue=2
|pages=541–60
|year=2006
|pmid=17214129
|accessdate=2008-09-16}}
* {{cite journal
|author=Patterson KB, Runge T
|title=Smallpox and the Native American
|journal=Am. J. Med. Sci.
|volume=323
|issue=4
|pages=216–22
|year=2002
|pmid=12003378
|doi=10.1097/00000441-200204000-00009}}
* {{cite journal
|author=Sessa R, Palagiano C, Scifoni MG, di Pietro M, Del Piano M
|title=The major epidemic infections: a gift from the Old World to the New?
|journal=Panminerva Med
|volume=41
|issue=1
|pages=78–84
|year=1999
|pmid=10230264}}
* {{cite journal
|author=Bianchine PJ, Russo TA
|title=The role of epidemic infectious diseases in the discovery of America
|journal=Allergy Proc
|volume=13
|issue=5
|pages=225–32
|year=1992
|pmid=1483570
|url=http://openurl.ingenta.com/content/nlm?genre=article&issn=1088-5412&volume=13&issue=5&spage=225&aulast=Bianchine
|accessdate=2008-09-16
|doi=10.2500/108854192778817040}}
* {{cite journal
|author=Hauptman LM
|title=Smallpox and American Indian; Depopulation in Colonial New York
|journal=N Y State J Med
|volume=79
|issue=12
|pages=1945–9
|year=1979
|pmid=390434}}
* {{cite journal
|author=Fortuine R
|title=Smallpox decimates the Tlingit (1787)
|journal=Alaska Med
|volume=30
|issue=3
|page=109
|year=1988
|pmid=3041871
|accessdate=2008-09-16
|pages=109}}</ref>
 
Nhìn chung, một [[đại dịch]] là một dịch bệnh mang tính toàn cầu. [[Đại dịch cúm 1918]], diễn ra cho đến 1919, là một đại dịch cúm nằm trong nhóm 5 (nhóm nghiêm trọng nhất) trong [[Chỉ số Nghiêm trọng của Đại dịch]] (PSI), gây ra do một dạng virus cúm A gây chết người và nghiêm trọng một cách bất thường. Các nạn nhân thường là những thanh niên khỏe mạnh, trái ngược với hầu hết các dịch cúm khác vốn chủ yếu ảnh hưởng đến trẻ em, người già, hoặc nếu không là những bệnh nhân ốm yếu.<ref>Collier tr. 409–415</ref> Những ước tính ban đầu nói rằng dịch cúm này đã giết chết khoảng 40–50&nbsp;triệu người,<ref name="Patterson1">{{cite journal
|author=Patterson KD, Pyle GF|title=The geography and mortality of the 1918 influenza pandemic|journal=Bull Hist Med.|year=1991|volume=65|issue=1|pages=4–21|pmid=2021692}}</ref> trong khi những nghiên cứu gần đây hơn đề xuất rằng nó có thể đã giết hại lên tới 100&nbsp;triệu người, tức khoảng 5% dân số thế giới chỉ trong năm 1918.<ref name="pmid11875246">{{cite journal
|author=Johnson NP, Mueller J
|title=Updating the accounts: global mortality of the 1918–1920 "Spanish" influenza pandemic
|journal=Bull Hist Med
|volume=76
|issue=1
|pages=105–15
|year=2002
|pmid=11875246
|doi=10.1353/bhm.2002.0022}}</ref>
 
Nhiều nhà nghiên cứu tin rằng virus HIV có xuất xứ từ [[châu Phi cận Sahara]] trong thế kỷ 20;<ref name="Gao">
{{cite journal
|author=Gao F, Bailes E, Robertson DL, et al.
|title=Origin of HIV-1 in the Chimpanzee Pan troglodytes troglodytes
|journal=Nature
|year=1999
|pages=436–441
|volume=397
|issue=6718
|pmid=9989410
|doi=10.1038/17130}}</ref> nó hiện nay được công nhận là một [[đại dịch]], với ước tính khoảng 38,6 triệu người hiện sống với căn bệnh này trên toàn thế giới.<ref>Shors tr. 447</ref> [[Chương trình Phối hợp của Liên Hợp Quốc về HIV/AIDS]] (UNAIDS) và [[Tổ chức Y tế Thế giới]] (WHO) ước tính rằng AIDS đã giết hại hơn 25 triệu người tính từ khi ndduowwcj ghi nhận lần đầu vào 5 tháng 6 năm 1981, khiến nó là một trong những dịch bệnh hủy hoại nhất được ghi lại trong lịch sử.<ref name="pmid16517997">{{cite journal
|author=Mawar N, Saha S, Pandit A, Mahajan U
|title=The third phase of HIV pandemic: social consequences of HIV/AIDS stigma & discrimination & future needs
|journal=Indian J. Med. Res.
|volume=122
|issue=6
|pages=471–84
|year=2005
|pmid=16517997
|url=http://www.icmr.nic.in/ijmr/2005/december/1201.pdf
|format=PDF|accessdate=2008-09-13}}</ref> Chỉ trong năm 2007, có thêm khoảng 2,7 triệu ca nhiễm HIV mới và thêm 2 triệu người chết có liên quan tới HIV.<ref>{{cite web|url=http://data.unaids.org/pub/GlobalReport/2008/jc1510_2008_global_report_pp29_62_en.pdf|format=PDF|title=Status of the global HIV epidemic|year=2008|publisher=UNAIDS|accessdate=2008-09-15}}</ref>
 
[[File:Marburg virus.jpg|thumb|[[Virus marburg]]]]
 
Một số mầm bệnh virus cực kỳ nguy hiểm khác là những thành viên của họ ''[[Filoviridae]]''. Filovirus là những virus gây ra bệnh [sốt xuất huyết siêu vi]], bao gồm virus [[Ebola]] và [[virus Marburg]]. Virus Marburg đã thu hút sự quan tâm rộng rãi của báo chí vào tháng 4 năm 2005 với một trận bùng phát đầu tiên ở [[Angola]]. Nó bắt đầu vào tháng 10 năm 2004 và tiếp tục vào năm 2005, và là trận dịch sốt xuất huyết do virus gây ra tồi tệ nhất trên thế giới từ trước tới nay.<ref name="pmid16775337">{{cite journal
|author=Towner JS, Khristova ML, Sealy TK, ''et al.''
|title=Marburgvirus genomics and association with a large hemorrhagic fever outbreak in Angola
|journal=J. Virol.
|volume=80
|issue=13
|pages=6497–516
|year=2006
|pmid=16775337
|pmc=1488971
|doi=10.1128/JVI.00069-06}}</ref>
 
===Ung thư===
{{Details|Oncovirus}}
 
Virus là một nguyên nhân đã được xác lập của bệnh [[ung thư]] ở con người và các loài khác. Ung thư do virus chỉ xảy ra ở một số ít người (hay động vật) bị nhiễm. Virus ung thư đến từ một loạt các họ virus, ở cả hai nhóm virus ARN và ADN, và không có bất kỳ loại đơn lẻ nào là "[[oncovirus]]" (một thuật ngữ đã lỗi thời ban đầu dùng để chỉ retrovirus chuyển đổi cấp). Sự phát triển của ung thư được xác định bởi nhiều nhân tố, như sự miễn dịch của vật chủ<ref name="pmid19467474">{{cite journal |author=Einstein MH, Schiller JT, Viscidi RP, Strickler HD, Coursaget P, Tan T, Halsey N, Jenkins D |title=Clinician's guide to human papillomavirus immunology: knowns and unknowns |journal=The Lancet Infectious Diseases |volume=9 |issue=6 |pages=347–56 |year=2009 |pmid=19467474 |doi=10.1016/S1473-3099(09)70108-2}}</ref> và những [[đột biến]] bên trong vật chủ.<ref name="pmid18812503">{{cite journal |author=Shuda M, Feng H, Kwun HJ, Rosen ST, Gjoerup O, Moore PS, Chang Y |title=T antigen mutations are a human tumor-specific signature for Merkel cell polyomavirus |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=105 |issue=42 |pages=16272–7 |year=2008 |pmid=18812503 |pmc=2551627 |doi=10.1073/pnas.0806526105}}</ref> Virus được đồng thuận là gây ra bệnh ung thư ở người bao gồm một số [[kiểu gen]] của các loại [[virus papilloma ở người]], [[virus viêm gan B]], [[virus viêm gan C]], [[virus Epstein-Barr]], [[virus herpes ung thư mô liên kết Kaposi]] và [[virus ưa lympho T ở người]]. Một loại virus ung thư ở người mới khám phá gần đây là polyomavirus ([[virus polyoma tế bào Merkel]]) mà gây ra phần lớn các ca của một dạng ung thư da hiếm gặp gọi [[ung thư biểu mô tế bào Merkel]].<ref name="pmid19395876">{{cite journal |author=Pulitzer MP, Amin BD, Busam KJ |title=Merkel cell carcinoma: review |journal=Advances in Anatomic Pathology |volume=16 |issue=3 |pages=135–44 |year=2009 |pmid=19395876 |doi=10.1097/PAP.0b013e3181a12f5a}}</ref>
Những virus viêm gan cũng có thể phát triển thành bệnh virus mãn tính mà dẫn tới [[ung thư biểu mô tế bào gan|ung thư gan]].<ref>{{cite journal
|author=Koike K
|title=Hepatitis C virus contributes to hepatocarcinogenesis by modulating metabolic and intracellular signalling pathways
|journal=J. Gastroenterol. Hepatol.
|volume=22 Suppl 1
|pages=S108–11
|year=2007
|pmid=17567457
|doi=10.1111/j.1440-1746.2006.04669.x}}</ref><ref>{{cite journal
|author=Hu J, Ludgate L
|title=HIV-HBV and HIV-HCV coinfection and liver cancer development
|journal=Cancer Treat. Res.
|volume=133
|pages=241–52
|year=2007
|pmid=17672044
|doi=10.1007/978-0-387-46816-7_9}}</ref> Sự xâm nhiễm của virus ưa bạch cầu T ở người cũng có thể dẫn tới chứng [[liệt cứng chi dưới nhiệt đới]] và [[ung thư bạch cầu tế bào T trưởng thành]].<ref>{{cite journal
|author=Bellon M, Nicot C
|title=Telomerase: a crucial player in HTLV-I-induced human T-cell leukemia
|journal=Cancer genomics & proteomics
|volume=4
|issue=1
|pages=21–5
|year=2007
|pmid=17726237}}</ref> Virus papilloma cũng là một trong những nguyên nhân được xác định của các dạng ung thư [[cổ tử cung]], da, [[hậu môn]], và [[dương vật]].<ref>{{cite journal
|author=Schiffman M, Castle PE, Jeronimo J, Rodriguez AC, Wacholder S
|title=Human papillomavirus and cervical cancer
|journal=Lancet
|volume=370
|issue=9590
|pages=890–907
|year=2007
|pmid=17826171
|doi=10.1016/S0140-6736(07)61416-0}}</ref> Trong họ ''[[Herpesviridae]]'', [[virus herpes ung thư mô liên kết Kaposi]] gây ra bệnh ung thư mô liên kết Kaposi ([[Kaposi's sarcoma]]) và [[ung thư hạch]] khoang cơ thể, và virus Epstein–Barr gây ra [[ung thư hạch Burkitt]], [[ung thư hạch Hodgkin]], [[rối loạn tăng sinh lympho]] [[Tế bào B|B]] và [[ung thư vòm họng]].<ref>{{cite journal
|author=Klein E, Kis LL, Klein G
|title=Epstein-Barr virus infection in humans: from harmless to life endangering virus-lymphocyte interactions
|journal=Oncogene
|volume=26
|issue=9
|pages=1297–305
|year=2007
|pmid=17322915
|doi=10.1038/sj.onc.1210240}}</ref> Virus polyoma tế bào Merkel cũng có sự liên hệ mật thiết với [[SV40]] và virus polyoma ở chuột mà đã được sử dụng như là những mô hình cho virus ung thư ở động vật trong hơn 50 năm qua.<ref name="pmid18449881">{{cite journal |author=zur Hausen H |title=Novel human polyomaviruses—re-emergence of a well known virus family as possible human carcinogens |journal=International Journal of Cancer. Journal International Du Cancer |volume=123 |issue=2 |pages=247–50 |year=2008 |pmid=18449881 |doi=10.1002/ijc.23620}}</ref>
 
=== Cơ chế phòng ngự của vật chủ ===
{{see also|Hệ thống miễn dịch}}
 
Rào chắn bảo vệ đầu tiên của cơ thể chống lại virus là hệ thống [[miễn dịch tự nhiên]]. Nó bao gồm những tế bào và các cơ chế khác giúp bảo vệ vật chủ chống lại sự xâm nhiễm một cách không đặc hiệu. Điều này có nghĩa là những tế bào của hệ thống tự nhiên sẽ ghi nhận và phản ức với mầm bệnh theo một cách chung chung, nhưng không giống với [[hệ thống miễn dịch thích ứng]], nó không cung cấp sự miễn dịch bảo vệ hoặc lâu dài với vật chủ.<ref name="Alberts">{{cite book|last=Alberts|first=Bruce|coauthors=Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, and Peter Walters|title=Molecular Biology of the Cell; Fourth Edition|publisher=Garland Science|year=2002|location=New York and London|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=mboc4.TOC&depth=2|isbn=0-8153-3218-1|accessdate=2008-09-15}}</ref>
 
[[Can thiệp ARN]] là một cơ chế phòng ngự bẩm sinh khác chống lại virus.<ref name="pmid17693253">{{cite journal
|author=Ding SW, Voinnet O
|title=Antiviral immunity directed by small RNAs
|journal=Cell
|volume=130
|issue=3
|pages=413–26
|year=2007
|pmid=17693253
|doi=10.1016/j.cell.2007.07.039
|pmc=2703654}}</ref> Nhiều loại virus có chiến lược nhân lên mà có sự tham gia của ARN sợi đôi (dsRNA). Khi một virus như vậy lây nhiễm vào tế bào, nó giải phóng phân tử ARN của nó, thứ mà ngay lập tức sẽ gắn vào một phức hợp protein gọi là [[dicer]], một enzym cắt ARN thành những mảnh nhỏ. Một con đường sinh hóa gọi là [[phức hợp RISC]] được kích hoạt, giúp phân hủy mRNA của virus và tế bào sẽ sống sót qua khỏi sự nhiễm bệnh. Rotavirus tránh cơ chế này bằng cách không lột vỏ hoàn toàn bên trong tế bào, và giải phóng mRNA mới qua các lỗ trong vỏ capsid trong của hạt virus. Bộ gen dsRNA nhờ thế vẫn được bảo vệ bên trong hạch tâm của virion.<ref name="pmid15579070">{{cite journal
|author=Patton JT, Vasquez-Del Carpio R, Spencer E
|title=Replication and transcription of the rotavirus genome
|journal=Curr. Pharm. Des.
|volume=10
|issue=30
|pages=3769–77
|year=2004
|pmid=15579070|doi=10.2174/1381612043382620}}</ref><ref name="pmid15010218">{{cite journal
|author=Jayaram H, Estes MK, Prasad BV
|title=Emerging themes in rotavirus cell entry, genome organization, transcription and replication
|journal=Virus Res.
|volume=101
|issue=1
|pages=67–81
|year=2004
|pmid=15010218
|doi=10.1016/j.virusres.2003.12.007}}</ref>
 
Khi một [[hệ thống miễn dịch thích ứng]] của một [[động vật có xương sống]] gặp phải một virus, nó sẽ sản sinh ra các [[kháng thể]] đặc hiệu, gắn vào virus và thường làm nó không nhiễm bệnh. Đây gọi là [[miễn dịch dịch thể]]. Có hai loại kháng thể rất quan trọng, Loại đầu tiên gọi là [[Immunoglobulin M|IgM]], rất hiệu quả trong việc trung hòa virusdduowwcj sản xuất bởi tế bào của hệ miền dịch chỉ trong vài tuần. Loại thứ hai, gọi là [[Immunoglobulin G|IgG]], được sản xuất không giới hạn. Sự hiện diện của IgM trong máu vật chủ được sử dụng để kiểm tra sự nhiễm bệnh [[cấp tính]], trong khi IgG biểu thị về sự nhiễm bệnh vào một lúc nào đó trong quá khứ.<ref name="pmid8903801">{{cite journal
|author=Greer S, Alexander GJ
|title=Viral serology and detection
|journal=Baillieres Clin. Gastroenterol.
|volume=9
|issue=4
|pages=689–721
|year=1995
|pmid=8903801
|doi=10.1016/0950-3528(95)90057-8}}</ref> Kháng thể IgG cũng được đo trong các xét nghiệm [[miễn dịch]].<ref name="pmid9086126">{{cite journal
|author=Matter L, Kogelschatz K, Germann D
|title=Serum levels of rubella virus antibodies indicating immunity: response to vaccination of subjects with low or undetectable antibody concentrations
|journal=J. Infect. Dis.
|volume=175
|issue=4
|pages=749–55
|year=1997
|pmid=9086126
|doi=10.1086/513967}}</ref>
 
Kháng thể cũng tiếp tục trở thành một cơ chế phòng ngự hữu hiệu ngay cả sau khi virus đã khống chế và xâm nhập vào tế bào chủ. Một protein trong tế bào này, gọi là [[TRIM21]], có thể gắn vào kháng thể trên bề mặt của phần tử virus. Điều này chuẩn bị cho sự phá hủy virus kế tiếp thực hiện bởi các enzym của hệ thống [[proteosome]] trong tế bào.<ref name="pmid21045130">{{cite journal |author=Mallery DL, McEwan WA, Bidgood SR, Towers GJ, Johnson CM, James LC |title=Antibodies mediate intracellular immunity through tripartite motif-containing 21 (TRIM21) |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=107 |issue=46 |pages=19985–90 |year=2010 |month=tháng 11 |pmid=21045130 |pmc=2993423 |doi=10.1073/pnas.1014074107}}</ref>
 
[[File:Rotavirus with antibody.jpg|thumb|Hai [[rotavirus]]: virus bên phải được bọc bởi kháng thể mà ngăn chặn nó bám vào tế bào và xâm nhiễm.]]
 
Sự bảo vệ thứ hai của động vật có xương sống chống lại virus là [[miễn dịch qua trung gian tế bào]], liên quan đến các tế bào miễn dịch được biết đến với tên [[tế bào T]]. Tế bào của cơ thể liên tục hiển thị các đoạn protein ngắn trên bề mặt tế bào, và nếu tế bào T nhận ra được một phân đoạn được nghi ngờ là của virus ở đây, tế bào chủ sẽ bị các [[tế bào giết tự nhiên T]] tiêu diệt, và những tế bào T đặc hiệu với virus sẽ sinh sôi nhanh chóng. Những tế bào như [[đại thực bào]] là những chuyên gia trong quá trình [[trình diện kháng nguyên]].<ref name="pmid17725500">{{cite journal
|author=Cascalho M, Platt JL
|title=Novel functions of B cells
|journal=Crit. Rev. Immunol.
|volume=27
|issue=2
|pages=141–51
|year=2007
|pmid=17725500}}</ref> Sự sản xuất ra các [[interferon]] cũng là một cơ chế bảo vệ quan trọng. Đây là một [[hormone]] do cơ thể sinh ra khi virus xuất hiện. Vai trò của nó trong sự miễn dịch rất phức tạp; nó cuối cùng sẽ làm dừng lại sự sinh sản của virus bằng cách giết chết tế bào bị nhiễm và các tế bào xung quanh nó.<ref name="pmid11256746">{{cite journal
|author=Le Page C, Génin P, Baines MG, Hiscott J
|title=Interferon activation and innate immunity
|journal=Rev Immunogenet
|volume=2
|issue=3
|pages=374–86
|year=2000
|pmid=11256746}}</ref>
 
Không phải tất cả sự xâm nhiễm virus đều tạo ra một phản ứng miễn dịch bảo vệ theo cách trên. [[HIV]] trốn tránh khỏi hệ thống miễn dịch bằng cách liên tục thay đổi trình tự axít amin của protein trên bề mặt virion. Loại virus dai dẳng này trốn tránh sự kiểm soát miễn dịch bằng cách cô lập, phong tỏa [[trình diện kháng nguyên]], đề kháng lại [[cytokine]], tránh khỏi hoạt động của [[tế bào giết tự nhiên]] và [[chết rụng tế bào]], cùng sự [[trôi dạt kháng nguyên]].<ref name="pmid15297608">{{cite journal
|author=Hilleman MR
|title=Strategies and mechanisms for host and pathogen survival in acute and persistent viral infections
|journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
|volume=101 Suppl 2
|pages=14560–6
|year=2004
|pmid=15297608
|pmc=521982
|doi=10.1073/pnas.0404758101}}</ref> Một số loại virus khác, được gọi là ''[[virus hướng thần kinh]]'', có thể lây lan đến các tế bào thần kinh nơi hệ thống miễn dịch không thể nào tiếp cận chúng.
 
===Phòng tránh và chữa trị ===
Vì lý do virus sử dụng các con đường [[trao đổi chất]] quan trọng trong tế bào cho việc sinh sản, nên nói chung rất khó để loại bỏ chúng mà không sử dụng những loại thuốc gây ra những ảnh hưởng độc hại đến tế bào chủ. Những cách tiếp cận y tế hiệu quả nhất đối với bệnh do virus là sử dụng [[tiêm chủng]] để cung cấp khả năng miễn dịch đối với sự xâm nhiễm của virus, và dùng [[thuốc kháng virus]] để can thiệp có chọn lọc lên quá trình nhân lên của chúng.
 
==== Vắc-xin ====
{{Details|Tiêm chủng|Vắc-xin}}
 
Tiêm chủng là một biện pháp rẻ tiền và hữu hiệu để ngăn chặn sự xâm nhiễm của virus. Các vắc-xin đã được sử dụng để ngăn chặn để ngăn ngừa virus lây nhiễm trong một thời gian dài trước khi tìm thấy những loại virus thực sự. Việc sử dụng vắc-xin đã dẫn tới sự suy giảm đáng kể trong tỷ lệ mắc bệnh (bị ốm) và tỉ lệ tử vong (bị chết) bởi các bệnh liên quan tới virus như [[bại liệt]], [[sởi]], [[quai bị]] và [[rubella]].<ref name="pmid17068034">{{cite journal
|author=Asaria P, MacMahon E
|title=Measles in the United Kingdom: can we eradicate it by 2010?
|journal=BMJ
|volume=333
|issue=7574
|pages=890–5
|year=2006
|pmid=17068034
|doi=10.1136/bmj.38989.445845.7C
|pmc=1626346}}</ref> Đặc biệt bệnh đậu mùa đã hoàn toàn bị loại trừ nhờ những chiến dịch tiêm chủng quy mô lớn.<ref name="pmid16989262">{{cite journal
|author=Lane JM
|title=Mass vaccination and surveillance/containment in the eradication of smallpox
|journal=Curr. Top. Microbiol. Immunol.
|volume=304
|pages=17–29
|year=2006
|pmid=16989262
|doi=10.1007/3-540-36583-4_2}}</ref> Vắc-xin có khả năng ngăn chặn hơn 13 bệnh lây nhiễm do virus khác ở người,<ref name="pmid16364754">{{cite journal
|author=Arvin AM, Greenberg HB
|title=New viral vaccines
|journal=Virology
|volume=344
|issue=1
|pages=240–9
|year=2006
|pmid=16364754
|doi=10.1016/j.virol.2005.09.057}}</ref> và nhiều bệnh hơn ở động vật.<ref name="pmid17892169">{{cite journal
|author=Pastoret PP, Schudel AA, Lombard M
|title=Conclusions—future trends in veterinary vaccinology
|journal=Rev.&nbsp;– Off. Int. Epizoot.
|volume=26
|issue=2
|pages=489–94, 495–501, 503–9
|year=2007
|pmid=17892169}}</ref> Vắc-xin có thể bao gồm những virus còn sống đã làm giảm độc lực hoặc virus đã chết, hay những protein của virus ([[kháng nguyên]]).<ref name="pmid16494719">{{cite journal
|author=[[Peter Palese|Palese P]]
|title=Making better influenza virus vaccines?
|journal=Emerging Infect. Dis.
|volume=12
|issue=1
|pages=61–5
|year=2006
|pmid=16494719
|doi=10.3201/eid1201.051043}}</ref> Vắc-xin sống có chứa các dạng đã bị làm suy yếu của virus, những dạng này không gây ra bệnh nhưng lại có thể tạo ra sự miễn dịch. Vắc-xin sống có thể gây nguy hiểm nếu được đưa vào cơ thể người mà có hệ miễn dịch yếu (người bị [[suy giảm miễn dịch]]), bởi ở những người này, virus suy yếu vẫn có thể gây ra bệnh như ban đầu.<ref name="pmid1090805">{{cite journal
|author=Thomssen R
|title=Live attenuated versus killed virus vaccines
|journal=Monographs in allergy
|volume=9
|pages=155–76
|year=1975
|pmid=1090805}}</ref> Công nghệ sinh học và các kĩ thuật di truyền đã được sử dụng để sản xuất ra [[vắc-xin tiểu đơn vị]]. Loại vắc-xin này chỉ sử dụng duy nhất protein ở vỏ capsid của virus. Vắc-xin virus viêm gan B là ví dụ cho loại vắc-xin này.<ref name="pmid3018891">{{cite journal
|author=McLean AA
|title=Development of vaccines against hepatitis A and hepatitis B
|journal=Rev. Infect. Dis.
|volume=8
|issue=4
|pages=591–8
|year=1986
|pmid=3018891}}</ref> Vắc-xin tiểu đơn vị thì an toàn với những bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch do chúng không thể nào gây ra căn bệnh.<ref name="pmid16221073">{{cite journal
|author=Casswall TH, Fischler B
|title=Vaccination of the immunocompromised child
|journal=Expert review of vaccines
|volume=4
|issue=5
|pages=725–38
|year=2005
|pmid=16221073
|doi=10.1586/14760584.4.5.725}}</ref>
Vắc-xin virus [[sốt vàng]], một chủng vắc-xin sống đã giảm độc lực được gọi là 17D, được xem có thể là chủng vắc-xin an toàn và hiệu quả nhất mà con người từng tạo ra.<ref name="pmid18564013">{{cite journal
|author=Barnett ED, Wilder-Smith A, Wilson ME
|title=Yellow fever vaccines and international travelers
|journal=Expert Rev Vaccines
|volume=7
|issue=5
|pages=579–87
|year=2008
|pmid=18564013
|doi=10.1586/14760584.7.5.579}}</ref>
 
====Thuốc kháng virus====
{{Details|Thuốc kháng virus}}
 
{{multiple image
|direction=horizontal
|image1=Guanosin.svg
|width1=113
|caption1=[[Guanosine]]
|image2=Aciclovir.svg
|width2=100
|caption2=Chất tương tự guanosine, [[Aciclovir]]}}
 
Những loại thuốc kháng virus thường là những [[chất tương tự nucleoside|chất tương tự]] [[nucleoside]] - thành phần xây dựng nên ADN - khiến virus nhầm lẫn và tích hợp chúng vào trong bộ gen của virus lúc đang ở trong quá trình sinh sản. Vòng đời của virus sau đó sẽ bị dừng lại do ADN mới tổng hợp rơi vào trạng thái bất hoạt. Điều này là bởi những chất tương tự này thiếu đi nhóm [[hydroxyl]] (-OH), nhóm mà cùng với các nguyên tử [[phốtpho]], liên kết với nhau để tạo nên một bộ "xương sống" mạnh mẽ cho phân tử ADN. Việc làm này gọi là sự [[ngắt mạch]] ADN.<ref name="pmid15592828">{{cite journal
|author=Magden J, Kääriäinen L, Ahola T
|title=Inhibitors of virus replication: recent developments and prospects
|journal=Appl. Microbiol. Biotechnol.
|volume=66
|issue=6
|pages=612–21
|year=2005
|pmid=15592828
|doi=10.1007/s00253-004-1783-3}}</ref> Những ví dụ cho chất tương tự nucleoside là [[aciclovir]], thuốc kháng lây nhiễm virus [[Herpes đơn dạng]], và [[lamivudine]], thuốc kháng lây nhiễm [[HIV]] và [[HBV]]. Aciclovir chính là một trong những loại thuốc kháng virus lâu đời nhất và thường được kê đơn nhất.<ref name="pmid6355051">{{cite journal
|author=Mindel A, Sutherland S
|title=Genital herpes&nbsp;— the disease and its treatment including intravenous acyclovir
|journal=J. Antimicrob. Chemother.
|volume=12 Suppl B
|pages=51–9
|year=1983
|pmid=6355051}}</ref>
Những loại thuốc kháng virus khác hiện được sử dụng hướng tới những giai đoạn khác nhau trong chu kỳ sống của virus. Với HIV, loại virus phụ thuộc vào một enzym phân giải protein có tên [[HIV-1 protease]] để có thể hoàn toàn xâm nhiễm, thì có rất nhiều loại thuốc được gọi với tên chung là [[thuốc ức chế protease]] có vai trò bất hoạt loại enzym này.
 
Bệnh viêm gan C là một bệnh gây ra bởi một virus ARN. Ở 80% người bị nhiễm, căn bệnh này là mãn tính, và nếu không được điều trị thì người nhiễm sẽ mắc bệnh trong suốt phần đời còn lại của họ. Tuy nhiên, có một cách điều trị hiệu quả đó là sử dụng thuốc tương tự ucleoside [[ribavirin]] kết hợp với [[interferon]].<ref name="pmid17927615">{{cite journal
|author=Witthöft T, Möller B, Wiedmann KH, ''et al.''
|title=Safety, tolerability and efficacy of peginterferon alpha-2a and ribavirin in chronic hepatitis C in clinical practice: The German Open Safety Trial
|journal=J. Viral Hepat.
|volume=14
|issue=11
|pages=788–96
|year=2007
|pmid=17927615
|pmc=2156112
|doi=10.1111/j.1365-2893.2007.00871.x}}</ref> Việc điều trị những người mang virus viêm gan B mãn tính bằng cách sử dụng chiến thuật tương tự với thuốc lamivudine cũng đã được phát triển.<ref name="pmid17919229">{{cite journal
|author=Rudin D, Shah SM, Kiss A, Wetz RV, Sottile VM
|title=Interferon and lamivudine vs. interferon for hepatitis B e antigen-positive hepatitis B treatment: meta-analysis of randomized controlled trials
|journal=Liver Int.
|volume=27
|issue=9
|pages=1185–93
|year=2007
|pmid=17919229
|pmc=2156150
|doi=10.1111/j.1478-3231.2007.01580.x}}</ref>
 
== Lây nhiễm trên các loài khác ==
 
Viruses lây nhiễm lên tất cả các dạng sống tế bào và, dù virus xuất hiện rất phổ biến, thì mỗi loài sinh vật có tế bào đều có một phạm vi cụ thể những virus mà thường chỉ xâm nhiễm duy nhất lên loài đó.<ref>Dimmock tr. 3</ref> Một số virus, gọi là những [[vệ tinh (sinh học)|vệ tinh]], chỉ có nhân lên ở trong những tế bào mà đã từng bị xâm nhiễm bởi một virus khác.<ref name="pmid18690211" /> Virus là những tác nhân gây bệnh quan trọng ở gia súc. Những bệnh như [[lở mồm long móng]] và [[lưỡi xanh]] là những ví dụ về bệnh gia súc gây ra do virus.<ref name="pmid18035428">{{cite journal
|author=Goris N, Vandenbussche F, De Clercq K
|title=Potential of antiviral therapy and prophylaxis for controlling RNA viral infections of livestock
|journal=Antiviral Res.
|volume=78
|issue=1
|pages=170–8
|year=2008
|pmid=18035428
|doi=10.1016/j.antiviral.2007.10.003}}</ref> Các loài vật cưng như chó, mèo hay ngựa, nếu không được tiêm phòng, cũng dễ nhạy cảm với những bệnh virus nghiêm trọng. Bệnh [[virus parvo ở chó]] gây ra do một loại virus ADN nhỏ và sự nhiễm bệnh thường dẫn đến tử vong ở chó con.<ref>{{cite journal|author=Carmichael L|title=An annotated historical account of canine parvovirus|journal=J. Vet. Med. B Infect. Dis. Vet. Public Health|volume=52|issue=7–8|pages=303–11|year=2005|pmid=16316389|doi=10.1111/j.1439-0450.2005.00868.x}}</ref> Các loài [[không xương sống]], ví dụ như ong mật, cũng dễ bị lây nhiễm nhiều bệnh do virus.<ref>{{cite journal|author=Chen YP, Zhao Y, Hammond J, Hsu H, Evans JD, Feldlaufer MF|date=October–November 2004|title=Multiple virus infections in the honey bee and genome divergence of honey bee viruses|journal=Journal of Invertebrate Pathology|volume=87|issue=2–3|pages=84–93|pmid=15579317|doi=10.1016/j.jip.2004.07.005}}</ref> Tuy nhiên, hầu hết virus đều chung sống một cách vô hại với vật chủ và không gây ra bất kỳ dấu hiệu hay triệu chứng bệnh nào.<ref name="Dimmock"/>
 
=== Thực vật ===
{{Main|Virus thực vật}}
[[File:Pepper mild mottle virus.png|thumb|[[Capsicum|Ớt]] bị nhiễm [[virus đốm nhẹ ở ớt|virus đốm nhẹ]].]]
 
Có rất nhiều loại virus thực vật, nhưng chúng thường chỉ gây ra tổn thất về sản lượng, và sẽ không khả thi về mặt kinh tế khi cố gắng kiểm soát chúng. Virus thực vật thường lây lan từ cây này sang cây khác qua những sinh vật trung gian, gọi là các ''[[vector (dịch tễ học)|vector]]''. Chúng thường là [[côn trùng]], nhưng một số loài [[nấm]], [[giun tròn]] và [[sinh vật đơn bào]] cũng được chứng minh là những vector. Khi sự kiểm soát các bệnh virus thực vật được công nhận là kinh tế, ví dụ ở các cây ăn quả lâu năm, người ta thường tập trung các nỗ lực vào việc giết chết các vector và loại bỏ những vật chủ thay thế như cỏ dại.<ref>Shors tr. 584</ref> Virus thực vật không thể lây nhiễm lên con người và các loài động vật khác.<ref>Shors tr. 562–587</ref>
 
Thực vật có những cơ chế bảo vệ hiệu quả và phức tạp chống lại virus. Một trong những cơ chế hiệu quả nhất là sự có mặt của những gen gọi là gen đề kháng (R). Mỗi gen R giúp đề kháng một loại virus cụ thể bằng cách kích hoạt cái chết của những khu vực cục bộ các tế bào xung quanh tế bào bị nhiễm, những vùng này có thể nhìn thấy bằng mắt thường dưới dạng những đốm lớn. Điều này sẽ ngăn ngừa căn bệnh lây lan.<ref>{{cite journal|author = Dinesh-Kumar SP, Tham Wai-Hong, Baker BJ|year= 2000|title = Structure—function analysis of the tobacco mosaic virus resistance gene N|journal = PNAS|volume = 97|issue = 26| pages = 14789–94|pmid = 11121079|pmc = 18997|doi=10.1073/pnas.97.26.14789}}</ref> [[Can thiệp ARN]] cũng là một cách phòng ngự hiệu quả ở thực vật.<ref>Shors tr. 573–576</ref> Khi chúng bị nhiễm bệnh, thực vật thường tạo ra những chất khử trùng tự nhiên để tiêu diệt virus, chẳng hạn như [[axít salicylic]], [[nitơ monoxit]] và các phân tử [[ôxy phản ứng]].<ref>{{cite journal|author = Soosaar JL, Burch-Smith TM, Dinesh-Kumar SP|year = 2005|title = Mechanisms of plant resistance to viruses|journal = Nat. Rev. Microbiol|volume = 3|issue = 10| pages = 789–98|pmid = 16132037|doi=10.1038/nrmicro1239}}</ref>
 
Những phần tử virus hoặc giống virus (''virus-like particle'', VLP) ở thực vật có những ứng dụng trong cả [[công nghệ sinh học]] và [[công nghệ nano]]. Vỏ capsid của phần lớn virus thực vật là những cấu trúc đơn giản và mạnh mẽ, có thể được sản xuất với số lượng lớn bởi bệnh lây nhiễm ở thực vật hay bởi biểu hiện của một loạt các hệ thống dị thể. Các phần tử virus thực vật có thể được chỉnh sửa về cả di truyền và hóa học để 'đóng gói' các vật liệu ngoại lai, và có thể tích hợp vào trong các [[cấu trúc siêu phân tử]] để sử dụng trong công nghệ sinh học.<ref name= LomonossoffGP>{{cite book|author= Lomonossoff, GP|chapter = Virus Particles and the Uses of Such Particles in Bio- and Nanotechnology|year=2011|title=Recent Advances in Plant Virology|publisher=[[Caister Academic Press]]|isbn= 978-1-904455-75-2}}</ref>
 
=== Vi khuẩn ===
{{Main|Bacteriophage}}
 
[[File:Phage.jpg|thumb|upright|Hình ảnh kính hiển vi điện tử truyền qua của nhiều bacteriophage hấp phụ vào một thành tế bào vi khuẩn.]]
 
Bacteriophage là một nhóm virus phổ biến và đa dạng, và là dạng thực thể sinh học nhiều nhất trong môi trường nước&nbsp;– chúng có số lượng nhiều gấp tới 10 lần số vi khuẩn ở các đại dương,<ref>{{cite journal|author=Wommack KE, Colwell RR|title=Virioplankton: viruses in aquatic ecosystems|journal=Microbiol. Mol. Biol. Rev.|volume=64|issue=1|pages=69–114|year=2000|pmid=10704475|pmc=98987|doi=10.1128/MMBR.64.1.69-114.2000}}</ref> đạt mật độ khoảng 250.000.000 bacteriophage mỗi [[mililít]] nước biển.<ref>{{cite journal|author=Bergh O, Børsheim KY, Bratbak G, Heldal M|title=High abundance of viruses found in aquatic environments|journal=Nature|volume=340|issue=6233|pages=467–8|year=1989|pmid=2755508|doi=10.1038/340467a0}}</ref> Những virus này xâm nhiễm đặc hiệu vào các vi khuẩn bằng cách liên kết với những [[thụ thể|thụ thể trên bề mặt]] và sau đó đi vào trong tế bào. Trong một khoảng thời gian ngắn, đôi khi chỉ vài phút, [[polymerase]] của vi khuẩn sẽ bắt đầu dịch mã mRNA của virus thành protein. Những protein này sẽ tiếp tục trở thành những virion mới bên trong tế bào, hoặc các protein hỗ trợ, giúp đỡ lắp ráp virion mới, hay những protein tham gia vào tiêu bào. Những enzym virus xúc tác cho sự phá vỡ màng tế bào, và trong trường hợp của [[phage T4]], thì chỉ hơn 20 phút sau khi bơm vào có tới hơn 300 phage có thể được giải phóng.<ref>Shors tr. 595–97</ref>
 
Cách thức chính mà vi khuẩn bảo vệ bản thân chúng khỏi bacteriophage là sản sinh ra những enzym mà phá hủy ADN ngoại lai. Những enzym này gọi là [[enzym cắt giới hạn|endonuclease giới hạn]], cắt đi ADN mà bacteriophage tiêm vào trong tế bào vi khuẩn.<ref>{{cite journal|author=Bickle TA, Krüger DH|title=Biology of DNA restriction|journal=Microbiol. Rev.|volume=57|issue=2|pages=434–50|date=1993-06-01|pmid=8336674|pmc=372918}}</ref> Vi khuẩn cũng chứa một hệ thống có sử dụng các trình tự [[CRISPR]] để giữ lại các mảnh của bộ gen virus mà vi khuẩn đã từng tiếp xúc trong quá khứ, điều cho phép chúng ngăn chặn sự sao chép của virus thông qua một dạng [[can thiệp ARN]].<ref>{{cite journal|author=Barrangou R, Fremaux C, Deveau H, ''et al.''|title=CRISPR provides acquired resistance against viruses in prokaryotes|journal=Science|volume=315|issue=5819|pages=1709–12|year=2007|pmid=17379808|doi=10.1126/science.1138140}}</ref><ref>{{cite journal|author=Brouns SJ, Jore MM, Lundgren M, ''et al.''|title=Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in prokaryotes|journal=Science|volume=321|issue=5891|pages=960–4|year=2008|pmid=18703739|doi=10.1126/science.1159689}}</ref> Hệ thống di truyền này sẽ cung cấp cho vi khuẩn sự [[miễn dịch thu được]] với sự xâm nhiễm của virus.
 
=== Vi khuẩn cổ ===
Một số loại virus sinh sản được bên trong [[vi khuẩn cổ]]; chúng là những virus ADN sợi đôi với hình dáng bất thường và đôi khi là độc nhất vô nhị.<ref name="Lawrence">{{cite journal|author=Lawrence CM, Menon S, Eilers BJ, ''et al.''|title=Structural and functional studies of archaeal viruses|journal=J. Biol. Chem.|volume=284|issue=19|pages=12599–603|year=2009|pmid=19158076|doi=10.1074/jbc.R800078200|pmc=2675988}}</ref><ref name=Prangishvili/> Những virus này đã được nghiên cứu chi tiết nhất ở những vi khuẩn cổ ưa nhiệt, đặc biệt trong bộ [[Sulfolobales]] và [[Thermoproteales]].<ref>{{cite journal|author=Prangishvili D, Garrett RA|title=Exceptionally diverse morphotypes and genomes of crenarchaeal hyperthermophilic viruses|journal=Biochem. Soc. Trans.|volume=32|issue=Pt 2|pages=204–8|year=2004|pmid=15046572|doi=10.1042/BST0320204}}</ref> Sự phòng ngự chống lại những virus này có thể liên quan tới sự [[can thiệp ARN]] từ các trình tự [[ADN lặp lại]] bên trong bộ gen vi khuẩn cổ, thứ mà có liên hệ với những gen của virus.<ref>{{cite journal|author=Mojica FJ, Díez-Villaseñor C, García-Martínez J, Soria E|title=Intervening sequences of regularly spaced prokaryotic repeats derive from foreign genetic elements|journal=J. Mol. Evol.|volume=60|issue=2|pages=174–82|year=2005|pmid=15791728|doi=10.1007/s00239-004-0046-3}}</ref><ref>{{cite journal|author=Makarova KS, Grishin NV, Shabalina SA, Wolf YI, Koonin EV|title=A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action|journal=Biol. Direct|volume=1|page=7|year=2006|pmid=16545108|doi=10.1186/1745-6150-1-7|url=http://www.biology-direct.com/content/1/1/7|pages=7|pmc=1462988}}</ref>
 
== Vai trò trong hệ sinh thái nước ==
Một muỗng cà phê nước biển có chứa khoảng một triệu con virus.<ref>Shors tr. 4</ref> Chúng rất cần thiết cho sự điều hòa hệ sinh thái nước mặn và nước ngọt.<ref>Shors tr. 5</ref> Hầu hết những virus này đều là bacteriophage, những loại vô hại đối với thực vật và động vật. Chúng lây nhiễm và tiêu diệt vi khuẩn trong các cộng đồng vi sinh dưới nước, làm nên cơ chế quan trọng nhất trong [[chu trình cacbon|sự tái chế carbon]] ở môi trường đại dương. Những phân tử hữu cơ được giải phóng ra khỏi tế bào vi khuẩn sẽ kích thích sự phát triển mới của vi khuẩn và [[tảo]].<ref>Shors tr. 593</ref>
 
Những vi sinh vật chiếm hơn 90% tổng [[sinh khối]] ở biển. Ước tính rằng virus đã giết và giải phóng xấp xỉ 20% của lượng sinh khối đấy mỗi ngày và chúng có số lượng nhiều gấp 15 lần số lượng của vi khuẩn và vi khuẩn cổ ở đại dương. Virus là tác nhân chính gây nên sự tàn phá nhanh chóng của các đợt [[tảo nở hoa]],<ref name="pmid16163346">{{cite journal |author=Suttle CA |title=Viruses in the sea |journal=Nature |volume=437 |issue=7057 |pages=356–61 |year=2005 |pmid=16163346 |doi=10.1038/nature04160}}</ref> hiện tượng mà thường giết hại những sinh vật biển khác.<ref>
{{cite web
|url=http://www.cdc.gov/hab/redtide/
|title=Harmful Algal Blooms: Red Tide: Home|CDC HSB
|publisher=www.cdc.gov
|accessdate=2009-10-23
}}
* [[VLOS: Tìm hiểu về virus và cơ chế gây bệnh|Tìm hiểu về virus và cơ chế gây bệnh]] trên Thư viện khoa học VLOS
 
</ref>
{{sơ khai cơ bản}}
Số lượng virus trong đại dương giảm khi đi ra ngoài khơi và sâu vào trong nước, nơi có ít vật chủ hơn.<ref name="pmid17853907">{{cite journal |author=Suttle CA |title=Marine viruses—major players in the global ecosystem |journal=Nature Reviews. Microbiology |volume=5 |issue=10 |pages=801–12 |year=2007 |pmid=17853907 |doi=10.1038/nrmicro1750}}</ref>
 
Những ảnh hưởng của virus đại dương rất sâu rộng; bằng cách gia tăng lượng [[quang hợp]] ở biển, virus là nguyên nhân gián tiếp làm giảm lượng [[khí cacbonic]] trong khí quyển vào khoảng xấp xỉ 3 tỉ tấn cacbon mỗi năm.<ref name="pmid17853907"/>
{{Liên kết bài chất lượng tốt|es}}
 
Giống như bất cứ sinh vật nào, [[động vật có vú ở biển]] cũng nhạy cảm với các bệnh do virus. Vào năm 1988 và 2001, hàng ngàn con [[Phoca vitulina|hải cẩu]] đã bị giết hại ở châu Âu do [[virus sài sốt hải cẩu]] (PDV).<ref>Hall, A. J., Jepson, tr. D., Goodman, S. J. & Harkonen, T. "Phocine distemper virus in the North and European Seas&nbsp;— data and models, nature and nurture". Biol. Conserv. 131, 221–229 (2006)</ref> Nhiều loại virus khác, như [[calicivirus]], [[herpesvirus]], [[adenovirus]] và [[parvovirus]], cũng lưu hành trong cách quần thể động vật có vú đại dương.<ref name="pmid17853907"/>
 
== Vai trò trong tiến hóa ==
{{main|Chuyển gen ngang}}
Virus là một phương tiện tự nhiên quan trọng để chuyển giao các gen giữa những loài khác nhau, điều góp phần gia tăng [[đa dạng di truyền]] và tạo ra sự [[tiến hóa]].<ref name = "Canchaya">{{cite journal|author=Canchaya C, Fournous G, Chibani-Chennoufi S, Dillmann ML, Brüssow H|title=Phage as agents of lateral gene transfer|journal=Curr. Opin. Microbiol. |volume=6 |issue=4 |pages=417–24 |year=2003 |pmid=12941415|doi=10.1016/S1369-5274(03)00086-9}}</ref> Có quan niệm rằng virus đóng một vai trò chủ chốt trong sự tiến hóa sơ khai, trước khi có sự đa dạng của vi khuẩn, vi khuẩn cổ và sinh vật nhân chuẩn và vào giai đoạn của [[tổ tiên chung cuối cùng]] của sự sống trên Trái Đất.<ref name="pmid11536914">{{cite journal |author=Forterre P, Philippe H |title=The last universal common ancestor (LUCA), simple or complex? |journal=The Biological Bulletin |volume=196 |issue=3 |pages=373–5; discussion 375–7 |year=1999 |pmid=11536914 |doi= 10.2307/1542973}}</ref> Cho đến ngày nay, virus vẫn là một trong những nguồn dự trữ đa dạng di truyền lớn nhất mà chưa được khám phá trên Trái Đất.<ref name="pmid17853907"/>
 
== Ứng dụng ==
 
=== Khoa học sự sống và y học ===
[[File:Influenza virus research.jpg|thumb|upright|left|Nhà khoe học đang nghiên cứu virus cúm [[H5N1]]]]
 
Virus là những sinh vật rất quan trọng trong nghiên cứu [[sinh học phân tử]] và [[sinh học tế bào]] do chúng cung cấp những hệ thống đơn giản mà có thể sử dụng để thao tác và nghiên cứu các chức năng của tế bào.<ref>Collier p.8</ref> Những nghiên cứu và ứng dụng của virus đã đem tới những thông tin giá trị về các khía cạnh của sinh học tế bào.<ref>{{chú thích sách |tựa đề=Molecular Cell Biology |author=Harvey; Berk, Arnold; Zipursky, S. Lawrence; Matsudaira, Paul; Baltimore, David; Darnell, James |năm=2000 |nhà xuất bản=W. H. Freeman |nơi=New York |isbn=0-7167-3136-3 |chapter=Viruses: Structure, Function, and Uses |url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21523/?redirect-on-error=__HOME__# |ngày truy cập=2013-02-15 |edition=4}}</ref> Ví dụ, virus rất hữu dụng trong nghiên cứu [[di truyền học]] và giúp đỡ cho sự hiểu biết của chúng ta về các cơ chế cơ bản của [[di truyền học phân tử]], như [[tái bản ADN]], [[phiên mã]], [[xử lý ARN]], [[dịch mã]], vận chuyển [[protein]], và [[miễn dịch]].
 
Di truyền học thường sử dụng virus như những [[vector (sinh học phân tử)|vector]] để đưa các gen vào tế bào mà họ đang nghiên cứu. Điều này rất có ích để tạo nên tế bào mà sản xuất ra một chất ngoại lai, hoặc nghiên cứu ảnh hưởng của việc đưa gen mới vào trong bộ gen. Theo cách tương tự, [[liệu pháp virus]] (''virotherapy'') sử dụng những virus như những vector để điều trị các bệnh khác nhau, do chúng có thể nhắm đến các tế bào và ADN một cách đặc hiệu. Điều này cho thấy ứng dụng rất triển vọng của virus trong việc điều trị bệnh ung thư và trong [[liệu pháp gene]]. Các nhà khoa học Đông Âu cũng đã sử dụng [[liệu pháp phage]] như là một sự thay thế cho [[thuốc kháng sinh]] trong một thời gian, và mối quan tâm đến cách tiếp cận này đang gia tăng, bởi vì sự [[đề kháng kháng sinh]] ở mức độ cao hiện nay đã được tìm thấy ở một số vi khuẩn gây bệnh.<ref name="pmid16258815">{{cite journal |author=Matsuzaki S, Rashel M, Uchiyama J, Sakurai S, Ujihara T, Kuroda M, Ikeuchi M, Tani T, Fujieda M, Wakiguchi H, Imai S |title=Bacteriophage therapy: a revitalized therapy against bacterial infectious diseases |journal=Journal of Infection and Chemotherapy : Official Journal of the Japan Society of Chemotherapy |volume=11 |issue=5 |pages=211–9 |year=2005 |month=October |pmid=16258815 |doi=10.1007/s10156-005-0408-9}}</ref>
Sự biểu hiện các protein dị thể bởi virus là cơ sở cho một vài quy trình sản xuất hiện đang được dùng để sản xuất nên nhiều protein như [[kháng nguyên]] của vắc-xin và kháng thể. Người ta gần đây cũng đã phát triển những quy trình công nghiệp sử dụng vector virus; và một số các protein dược phẩm hiện nay đang trong quá trình thử nghiệm tiền lâm sàng và lâm sàng.<ref name= GlebaYY>{{cite book|author= Gleba, YY; Giritch, A|chapter = Plant Viral Vectors for Protein Expression|year=2011|title=Recent Advances in Plant Virology|publisher=[[Caister Academic Press]]|isbn= 978-1-904455-75-2}}</ref>
 
=== Khoa học vật liệu và công nghệ nano ===
Những xu hướng hiện nay trong [[công nghệ nano]] hứa hẹn sẽ đem lại việc ứng dụng virus một cách linh hoạt hơn. Theo quan điểm của các nhà khoa học vật liệu, virus có thể được xem như những hạt nano hữu cơ. Bề mặt của chúng chứa những công cụ đặc biệt được thiết kế để vượt qua các rào chắn của tế bào vật chủ. Kích cỡ và hình dạng của virus, cũng như số lượng và bản chất của các nhóm chức năng trên bề mặt chúng, đã được xác định một cách chính xác. Như vậy, virus có thể được sử dụng phổ biến trong khoa học vật liệu như giá đỡ cho những [[sửa đổi bề mặt]] được [[liên kết cộng hóa trị]]. Một phẩm chất đặc biệt của virus là chúng có thể được điều chỉnh nhờ [[tiến hóa có định hướng]]. Các kĩ thuật mạnh mẽ được phát triển trong các ngành khoa học sự sống đã đang trở thành nền tảng cho hướng tiếp cận kĩ thuật về vật liệu nano, mở ra một loạt những ứng dụng rộng rãi vượt ra khỏi sinh học và y học.<ref name="fischlechner">{{cite journal
|author=Fischlechner M, Donath E
|title=Viruses as Building Blocks for Materials and Devices
|doi=10.1002/anie.200603445
|journal=Angewandte Chemie International Edition
|volume=46
|page=3184
|year=2007
|pmid=17348058
|author=Fischlechner M, Donath E
|issue=18
|pages=3184–93}}</ref>
 
Do kích thước, hình dạng, và cấu trúc hóa học dễ xác định, virus được sử dụng như những bản mẫu để tạo nên những vật liệu ở cấp độ nano. Những ví dụ gần đây bao gồm nghiên cứu tại [[Phòng thí nghiệm Nghiên cứu Hải quân]] Mỹ ở [[Washington, D.C.]], sử dụng các phần tử virus khảm đậu đũa ([[CPMV]]) để khuếch đại những tín hiệu trong cảm biến dựa trên [[DNA microarray]]. Trong ứng dụng này, các hạt virus tách riêng các [[thuốc nhuộm]] [[huỳnh quang]] sử dụng cho báo hiệu để ngăn ngừa sự hình thành các [[dimer (hóa học)|dimer]] (chất nhị trùng) mà đóng vai trò là những tác nhân [[dập tắt huỳnh quang]].<ref>{{cite journal|author=Soto CM, Blum AS, Vora GJ, ''et al.''|title=Fluorescent signal amplification of carbocyanine dyes using engineered viral nanoparticles|journal=J. Am. Chem. Soc.|volume=128|issue=15|pages=5184–9|year=2006|pmid=16608355|doi=10.1021/ja058574x}}</ref> Một ví dụ khác là việc sử dụng CPMV như một [[bộ cắm dây]] có kích thước nano dùng trong [[điện tử học phân tử]].<ref>{{cite journal | author = Blum AS, Soto CM, Wilson CD ''et al.'' | year = 2005 | title = An Engineered Virus as a Scaffold for Three-Dimensional Self-Assembly on the Nanoscale | url = | journal = Small | volume = 7 | issue = | page = 702 |doi=10.1002/smll.200500021 | pmid=17193509}}</ref>
 
=== Virus nhân tạo ===
Nhiều virus có thể được tổng hợp "từ đầu" ("''de novo''") và virus nhân tạo (virus tổng hợp) đầu tiên đã được tạo ra năm 2002.<ref>{{cite journal |author=Cello J, Paul AV, Wimmer E |title=Chemical synthesis of poliovirus cDNA: generation of infectious virus in the absence of natural template |journal=Science |volume=297 |issue=5583 |pages=1016–8 |year=2002 |pmid=12114528 |doi=10.1126/science.1072266}}</ref> Mặc dù phần nào bị hiểu sai, nó thực chất không phải là một virus thực sự được tổng hợp, mà thay vào đó là bộ gen ADN của nó (nếu đó là virus ADN) hoặc một bản sao [[ADN bổ sung]] (cDNA) của bộ gen của nó (nếu đó là virus ARN). Với nhiều họ virus, ADN hay ARN nhân tạo dạng trần (khi được chuyển đổi lại bằng enzym từ phân tử cDNA) có khả năng lây nhiễm khi được đưa vào bên trong tế bào. Chúng có chứa tất cả các thông tin cần thiết để sản xuất những virus mới. Công nghệ này hiện nay được sử dụng để nghiên cứu những chiến lược vắc-xin mới.<ref name=Coleman>{{cite journal |author= Coleman JR, Papamichail D, Skiena S, Futcher B, Wimmer E, Mueller S |title=Virus attenuation by genome-scale changes in codon pair bias |journal=Science |volume=320 |issue=5884 |pages=1784–7 |year=2008 |pmid=18583614|pmc=2754401 |doi= 10.1126/science.1155761}}</ref> Khả năng tổng hợp nên những virus đã có những hậu quả sâu rộng, do virus không bao giờ có thể coi là tuyệt chủng khi nào trình tự bộ gen của chúng được biết đến và các tế bào cho phép tiếp nhận vẫn có sẵn. Hiện nay, trình tự bộ gen đầy đủ của 2408 loại virus khác nhau (bao gồm cả đậu mùa) đã được công bố công khai ở một cơ sở dữ liệu trực tiếp, được duy trì bởi [[Viện Y tế Quốc gia]] [[Hoa Kỳ]].<ref>{{cite web|author=Genomes |url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesHome.cgi?taxid=10239 |title=NIH viral genome database |publisher=Ncbi.nlm.nih.gov |date= |accessdate=2012-05-07}}</ref>
 
=== Vũ khí sinh học ===
{{Details|Chiến tranh sinh học}}
 
Khả năng tạo nên những [[dịch bệnh]] trong xã hội loài người của virus đã đưa tới những lo ngại rằng virus có thể được vũ khí hóa cho chiến tranh sinh học. Mối lo lắng này được nâng lên bởi sự tái tạo thành công loại virus cúm Tây Ban Nha năm 1918 nổi tiếng ở một phòng thí nghiệm.<ref>Shors tr. 331</ref> Virus [[đậu mùa]] cũng đã tàn phá nhiều xã hội trong suốt lịch sử loài người trước khi nó bị tiêu diệt hoàn toàn. Chỉ có duy nhất hai trung tâm chính thức lưu trữ virus bệnh đậu mùa&nbsp;– Phòng thí nghiệm Vector của Nga và Trung Tâm Kiểm soát Bệnh của Hoa Kỳ.<ref name="pmid18844596">{{cite journal|author = Artenstein AW, Grabenstein JD|title = Smallpox vaccines for biodefense: need and feasibility|journal = Expert Review of Vaccines|volume = 7|issue = 8|pages = 1225–37|year = 2008|pmid = 18844596|doi = 10.1586/14760584.7.8.1225}}</ref> Tuy nhiên, nỗi sợ rằng nó có thể được sử dụng làm vũ khí không hẳn là không có cơ sở;<ref name="pmid18844596"/> vắc-xin đậu mùa đôi lúc có những tác dụng phụ nghiêm trọng&nbsp;– trong những năm sau cùng trước khi bệnh đậu mùa bị tiêu diệt, nhiều người đã bị bệnh nghiêm trọng do hậu quả của tiêm chủng còn nhiều hơn số người bị nhiễm trực tiếp.<ref name="pmid12911836">{{cite journal
|author=Aragón TJ, Ulrich S, Fernyak S, Rutherford GW
|title=Risks of serious complications and death from smallpox vaccination: a systematic review of the United States experience, 1963–1968
|journal=BMC public health
|volume=3
|page=26
|year=2003
|pmid=12911836
|doi=10.1186/1471-2458-3-26
|pages=26
|pmc=194634}}</ref> Việc tiêm phòng đậu mùa cũng đã không còn được áp dụng rộng rãi,<ref name="pmid15578369">{{cite journal
|author=Weiss MM, Weiss PD, Mathisen G, Guze P
|title=Rethinking smallpox
|journal=Clin. Infect. Dis.
|volume=39
|issue=11
|pages=1668–73
|year=2004
|pmid=15578369
|doi=10.1086/425745}}</ref> và như vậy, phần lớn dân số loài người hiện đại đều gần như không có sự đề kháng nào được thiết lập chống lại bệnh đậu mùa.<ref name="pmid18844596"/>
 
==Tham khảo==
===Chú thích===
{{Reflist|30em}}
===Tài liệu===
{{Refbegin}}
* Collier, Leslie; Balows, Albert; Sussman, Max (1998) ''Topley and Wilson's Microbiology and Microbial Infections'' ninth edition, Volume 1, ''Virology'', volume editors: Mahy, Brian and Collier, Leslie. Arnold. ISBN 0-340-66316-2.
* Dimmock, N.J; Easton, Andrew J; Leppard, Keith (2007) ''Introduction to Modern Virology'' sixth edition, Blackwell Publishing, ISBN 1-4051-3645-6.
* Knipe, David M; Howley, Peter M; Griffin, Diane E; Lamb, Robert A; Martin, Malcolm A; Roizman, Bernard; Straus Stephen E. (2007) ''Fields Virology'', Lippincott Williams & Wilkins. ISBN 0-7817-6060-7.
* Shors, Teri (2008). ''Understanding Viruses''. Jones and Bartlett Publishers. ISBN 0-7637-2932-9.
{{Refend}}
 
==Liên kết ngoài==
{{Sisterlinks|wikt=Virus|b=Virus|q=Virus|s=Virus|commons=Virus|n=Virus|v=Virus}}
* [http://viralzone.expasy.org/ ViralZone] A Swiss Institute of Bioinformatics resource for all viral families, providing general molecular and epidemiological information
* [http://www.ibioseminars.org/lectures/global-health-a-energy/david-baltimore.html David Baltimore online Seminar: "Introduction to Viruses and HIV"]
* [http://www.ibioseminars.org/lectures/bio-mechanisms/ari-helenius-part-1.html Ari Helenius online seminar: "Virus entry"]
* [http://opinionator.blogs.nytimes.com/2009/12/15/a-gazillion-tiny-avatars/ "A Gazillion Tiny Avatars"], article on viruses by [[Olivia Judson]], NY Times, Dec 15, 2009
* [http://www.khanacademy.org/video/viruses?playlist=Biology Khan Academy, video lecture]
* [http://www.mdpi.com/journal/viruses/ ''Viruses'']&nbsp;– an Open Access journal
*[http://www.pdbe.org/emsearch/comp_type:virus%20AND%20status:REL 3D virus structures in EM Data Bank (EMDB)]
 
[[Thể loại:Virus| ]]
[[Thể loại:Từ gốc Latinh]]
{{Liên kết bài chất lượng tốt|es}}
 
{{Liên kết chọn lọc|ca}}
{{Liên kết chọn lọc|en}}
Lấy từ “https://vi.wikipedia.org/wiki/Virus”