Chính vì tổ chức Phật giáo này có mối liên hệ chính trị với nhà nước Việt Nam nên các ý kiến chỉ trích, chống đối thường gọi họ là "Phật giáo quốc doanh".<ref>[http://www.nguoi-viet.com/absolutenm2/templates/viewarticlesNVO.aspx?articleid=162498&zoneid=310 Ông đồng, bà cốt chạy đua với chùa quốc doanh]</ref><ref name="btgcp.gov.vn">[http://btgcp.gov.vn/Plus.aspx/vi/News/38/0/240/0/2434/Su_kien_thong_nhat_Phat_giao_la_dong_luc_quan_trong_doi_voi_su_phat_trien_cua_Giao_hoi_Phat_giao_Viet Sự kiện thống nhất Phật giáo là động lực quan trọng đối với sự phát triển của Giáo hội Phật giáo Việt Nam]</ref> Nhưng Ban Tôn giáo chính phủ Việt Nam đánh giá cách gọi "Phật giáo quốc doanh" đó là sự xuyên tạc, "không phù hợp với đạo hạnh của nhà tu hành"<ref name="btgcp.gov.vn"/>. Đài BBC "Tiếng Việt" - một cơ quan truyền thông bị phía Việt Nam chỉ trích là đưa tin xuyên tạc, không đúng sự thật<ref>http://www.nhandan.com.vn/chinhtri/binh-luan-phe-phan/item/26605902-ho-tang-lo-su-that-hay-co-tinh-xuyen-tac-su-that.html</ref> - cho rằng, sự can thiệp của chính quyền trực tiếp vào cách hành đạo đã khiến sinh hoạt của Phật giáo Việt Nam suy đồi. Một số sư sãi được chính quyền đề cử trụ trì đã biến chốn thờ phượng thành nơi giải trí và "buôn thần bán thánh". Tuy nhiên, theo lời của Tiến sỹ Nguyễn Thanh Xuân, Phó ban thường trực Ban Tôn giáo Chính phủ thì chính quyền Việt Nam không hề can thiệp vào nội bộ của bất kỳ tôn giáo nào.<ref>http://vnexpress.net/tin-tuc/thoi-su/chinh-quyen-khong-can-thiep-noi-bo-cua-to-chuc-ton-giao-2146810.html</ref>
Đài BBC Việt ngữ không đồng tình với việc nhiều chùa tạc tượng chủ tịch [[Hồ Chí Minh]] để thờ ngang với chư Phật.<ref name="bbc.co.uk"/> Tuy nhiên, Thượng tọa [[Thích Huệ Đăng (sinh 1940)|Thích Huệ Đăng]] thì cho rằng những công lao của chủ tịch [[Hồ Chí Minh]] xứng đáng được coi là đại [[bồ tát]]: ''"Người là một vị Đại Bồ Tát tái sinh, đã nhập thế, từ bỏ mọi vinh hoa phú quý, từ bỏ cuộc sống đang yên bình để dấn thân vào con đường mịt mù chông gai, gian khổ, từ đó tìm ra con đường giành độc lập cho dân tộc. Điều này giống Phật Thích Ca Mâu Ni từ bỏ cung vàng điện ngọc, ngai vàng, vợ đẹp con ngoan, đi tu hành tìm ra chân lý cứu độ chúng sinh."''<ref>[http://petrotimes.vn/dai-bo-tat-ho-chi-minh-374196.html Đại Bồ Tát Hồ Chí Minh], petrotimes, 8.2.2016</ref>
