Khác biệt giữa bản sửa đổi của “Phát sinh chủng loại học”

'''Phát sinh chủng loại học''' (tiếng Anh: ''Phylogenetics'' /faɪlɵdʒɪnɛtɪks/, có nguồn gốc từ tiếng Hy Lạp: <big>φυλή, φῦλον</big> - phylé, phylon = chủng loại, bộ tộc, bộ lạc, thị tộc, gia tộc; <big>γενετικός</big> - genetikós = phát sinh, nguồn gốc) {{refn| {{Dictionary.com| phylogenetic}}}}{{refn| {{MerriamWebsterDictionary| phylogenetic}}}} là một ngành trong [[sinh học]] nghiên cứu về hệ thống phát sinh chủng loại, hay lịch sử [[tiến hóa]], phát triển và các mối quan hệ giữa các nhóm sinh vật (ví dụ như loài, hoặc quần thể).<ref>{{Chú thích sách | last1 =Liddell | first1 =Henry George | authorlink1 =Henry George Liddell | last2 =Scott | first2 =Robert | authorlink2 =Robert Scott (philologist) | last3 =Jones | first3 =Henry Stuart | authorlink3 =Henry Stuart-Jones | title =A Greek-English lexicon | year =1968 | publisher =Clarendon Press | location =Oxford | edition =9 | page =1961 | url =https://archive.org/stream/greekenglishlex00lidduoft#page/304/mode/2up}}</ref>

Các mối quan hệ này được giả thuyết bằng các phương pháp suy luận phát sinh loài đánh giá các đặc điểm di truyền quan sát được, chẳng hạn như trình tự DNA hoặc hình thái, thường theo một mô hình tiến hóa cụ thể của các đặc điểm này. Kết quả của phân tích như vậy là phát sinh chủng loại (còn được gọi là ''cây phát sinh chủng loại'') — một giả thuyết sơ đồ về các mối quan hệ phản ánh lịch sử tiến hóa của một nhóm sinh vật.<ref>{{Chú thích web| title =phylogeny| publisher =Biology online| url =http://www.biology-online.org/dictionary/Phylogeny| accessdate =2013-02-15 ngày 22 tháng 10 năm 2020 }}</ref>

Các ngọn của cây phát sinh loài có thể là đơn vị phân loại sống hoặc hóa thạch, và đại diện cho 'phần cuối', hoặc phần hiện tại, trong một dòng tiến hóa. Một sơ đồ phát sinh loài có thể có hoặc không có gốc rễ. Sơ đồ gốc cây cho biết tổ tiên chung giả định, hoặc dòng dõi tổ tiên, của cây. Một sơ đồ cây chưa được lấy gốc (một mạng lưới) không đưa ra giả định về dòng tổ tiên và không chỉ ra nguồn gốc hoặc "gốc rễ" của đơn vị phân loại được đề cập hoặc hướng của các phép biến đổi tiến hóa được suy ra.<ref>{{Chú thích web| url =http://www.cs.tau.ac.il/~rshamir/algmb/00/scribe00/html/lec08/node3.html| title =Phylogenetic Trees| website =www.cs.tau.ac.il| access-dateaccessdate =2019-04-27 ngày 22 tháng 10 năm 2020 }}</ref>

Bởi vì nhiều đặc trưng như phôi thai, hoặc mô mềm, hoặc các đặc trưng phân tử, rất khó có thể trở thành hóa thạch, dù là ở mức độ tốt nhất, và việc diễn giải các hóa thạch là mơ hồ hơn so với việc diễn giải các loài còn sinh sống, nên các loài đã tuyệt chủng gần như lúc nào cũng có tỷ lệ dữ liệu bị thiếu cao hơn so với những loài đang sinh sống. Tuy nhiên, bất chấp những hạn chế này, việc bao gồm các hóa thạch vẫn là vô giá, vì nó có thể cung cấp thông tin trong đoạn thưa thớt của cây tiến hóa, chia nhỏ các nhánh dài và ràng buộc các trạng thái đặc trưng trung gian. Vì vậy, các đơn vị phân loại hóa thạch cũng đóng góp nhiều vào việc phân giải cây tiến hóa như các đơn vị phân loại hiện đại<ref name=Cobbett2007>{{cite journal | doi=10.1080/10635150701627296 | title=Fossils Impact as Hard as Living Taxa in Parsimony Analyses of Morphology | year=2007 | last1=Cobbett | first1=Andrea | last2=Wilkinson | first2=Mark | last3=Wills | first3=Matthew | journal=Systematic Biology | volume=56 | issue=5 | pages=753–66 | pmid=17886145}}</ref>. Các hóa thạch cũng có thể ràng buộc độ tuổi của các dòng dõi và bằng cách ấy chứng minh một cây tiến hóa phù hợp như thế nào với các dữ liệu địa tầng<ref name="Huelsenbeck">{{cite journal | first1=John P. | last1=Huelsenbeck | year=1994 | title=Comparing the Stratigraphic Record to Estimates of Phylogeny | journal=Paleobiology | volume=20 | issue=4 | pages=470–83 | jstor=2401230}}</ref>; [[miêu tả theo nhánh học địa tầng]] hợp nhất thông tin niên đại vào các ma trận dữ liệu cho các phân tích phát sinh chủng loại.

{{tham khảo| 29em}}

{{refbegin| 29em}}

* {{chú thích sách | last1=Schuh | first1=Randall T. | last2=Brower | first2=Andrew V.Z. | year=2009 | title=Biological Systematics: principles and applications | location=Ithaca | publisher=Comstock Pub. Associates/Cornell University Press | edition=2nd | isbn=978-0-8014-4799-0 | oclc=312728177}}

* {{chú thích sách | editor1-link=Peter Forster (geneticist)| editor1-last=Forster| editor1-first=Peter| editor2-link=Colin Renfrew, Baron Renfrew of Kaimsthorn| editor2-last=Renfrew| editor2-first=Colin| title=Phylogenetic Methods and the Prehistory of Languages| publisher= McDonald Institute Press, University of Cambridge| year=2006| isbn=978-1-902937-33-5| oclc=69733654}}

* {{chú thích sách | last1=Baum| first1=David A.| last2=Smith| first2=Stacey D.| title=Tree Thinking: an introduction to phylogenetic biology| location=Greenwood Village, CO| publisher=Roberts and Company| year=2013| isbn=978-1-936221-16-5| oclc=767565978}}

* {{chú thích sách | last=Stuessy| first=Tod F.| title=Plant Taxonomy: The Systematic Evaluation of Comparative Data| publisher=Columbia University Press| isbn=0-231-14712-0| url=https://books.google.com/books?id=0bYs8F0Mb9gC| accessdate=ngày 6 tháng 2 năm 2014| year=2009| ref=harv}}

{{Wiktionary| phylogenetics}}

*[http://ete.cgenomics.org ETE: A Python Environment for Tree Exploration] This is a programming library to analyze, manipulate and visualize phylogenetic trees. See: {{cite journal | doi=10.1186/1471-2105-11-24 | title=ETE: A python Environment for Tree Exploration | year=2010 | last1=Huerta-Cepas | first1=Jaime | last2=Dopazo | first2=Joaquín | last3=Gabaldón | first3=Toni | journal=BMC Bioinformatics | volume=11 | pages=24 | pmid=20070885 | pmc=2820433}}

*[[PhylomeDB]]: A public database hosting thousands of gene phylogenies ranging many different species. See: {{cite journal | doi=10.1093/nar/gkq1109 | title=PhylomeDB v3.0: An expanding repository of genome-wide collections of trees, alignments and phylogeny-based orthology and paralogy predictions | year=2010 | last1=Huerta-Cepas | first1=J. | last2=Capella-Gutierrez | first2=S. | last3=Pryszcz | first3=L. P. | last4=Denisov | first4=I. | last5=Kormes | first5=D. | last6=Marcet-Houben | first6=M. | last7=Gabaldón | first7=T. | journal=Nucleic Acids Research | volume=39 | pages=D556–60 | pmid=21075798 | issue=Database issue | pmc=3013701}}

*{{cite journal | doi=10.1187/cbe.09-10-0076 | title=Teaching the Process of Molecular Phylogeny and Systematics: A Multi-Part Inquiry-Based Exercise | year=2010 | last1=Lents | first1=N. H. | last2=Cifuentes | first2=O. E. | last3=Carpi | first3=A. | journal=Cell Biology Education | volume=9 | issue=4 | pages=513}}