Từ ngày 1 tháng 3 năm 1996, Phó Chủ tịch UBNDủy ban nhân dân tỉnh Tuyên Quang [[Vũ Mạnh Thắng]] đã có thông báo về chủ trương đầu tư trùng tu di tích thành nhà Mạc. 11 năm sau, năm 2007, UBNDủy ban nhân dân tỉnh Tuyên Quang đã có tờ trình gửi thường trực Tỉnh uỷ.<ref name="dantri">[http://dantri.com.vn/c20/s20-424327/bien-di-tich-400-tuoi-thanh-1-ngay-tuoi.htm Biến di tích 400 tuổi thành... 1 ngày tuổi!]</ref> Tháng 12 năm 2007, [[Ủy ban nhân dân|Ủy ban Nhân dân]] tỉnh Tuyên Quang phê duyệt dự án tu bổ chống xuống cấp Thành nhà Mạc ở phường Tân Quang, [[tuyên Quang (thành phố)|thị xã Tuyên Quang]], với tổng vốn đầu tư hơn 9,8 tỷ đồng. Theo đó, số vốn trên được lấy từ nguồn vốn Chương trình mục tiêu Quốc gia về văn hóa do [[Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch (Việt Nam)|Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch]] cấp. Dự án do Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Tuyên Quang làm chủ đầu tư, được thực hiện trong 2 năm 2009- 2010.<ref name="Thăng Long-Hà Nội">[http://hanoi.vietnamplus.vn/Home/Hon-98-ty-tu-bo-thanh-nha-Mac-tai-Tuyen-Quang/200910/196.vnplus Hơn 9,8 tỷ tu bổ thành nhà Mạc tại Tuyên Quang]</ref>
Quy trình tu bổ theo dự kiến là di tích sẽ có các hạng mục như tu bổ, chống xuống cấp cổng thành phía Tây, phía Nam và tường thành, xây dựng biển tên, hàng rào xác định không gian di tích bảo đảm mỹ quan, đèn chiếu sáng, kết hợp hài hòa giữa lịch sử và hiện đại. Vật liệu xây dựng phải giống như vật liệu xây dựng của di tích gốc và việc tu bổ chống xuống cấp không được biến dạng di tích gốc.<ref name="Thăng Long-Hà Nội"/>
