Alp Arslan chỉ chú trọng vào lãnhlĩnh vực quân sự. Việc điều hành quốc sự đã có vị tể tướng tài ba [[Nizam al-Mulk]] lo liệu. Vị tể tướng này thiết lập nên một cơ cấu hành chính và đã giúp củng cố Hồi quốc trong suốt triều đại của Alp Arslan và con trai ông Malik Shah. Các Thái ấp quân sự được điều hành bởi các hoàng tử Seljuk đã được thiết lập để cung cấp cho quân đội và thích ứng với người Thổ du mục để thiết lập nền nông nghiệp ở Anatolia. Loại thái ấp này giúp người Thổ du mục có thể thu thập tài nguyên từ những người định cư Ba Tư hay Thổ cũng như các nền văn hóa khác, và thu về dưới trướng Seljuq. Điều này cho phép Alp Arslan có thể điều động một đội quân thường trực lớn mà không phải phụ thuộc vào chiến lợi phẩm từ cuộc chinh chiến để trả cho binh lính. Ông không những có đủ lương thực từ thần dân của ông để có thể duy trì quân đội, việc đánh thuế các lái buôn và thương nhân cũng bổ sung không ít của cải vào kho bạc để đủ có thể tài trợ cho những cuộc chiến tranh liên miên.
Suleiman ibn Kutalmish là con trai của đối thủ của Alp Arslan; nhưng Alp Arslan đã bổ nhiệm con trai của người đã từng là kẻ thù của mình làm tổng trấn các tỉnh phía tây bắc và giao cho trọng trách hoàn thành công cuộc chinh phục xứ Anatolia. Lời giải đáp thích hợp cho sự lựa chọn này chỉ có thể được phỏng đoán dựa trên mô tả về trận chiến giữa Alp Arslan và Kutalmish của Ibn al-Athir, khi mà ông ta viết rằng Alp Arslan đã khóc vì cái chết của người đó và đã rất đau buồn vì phải mất đi một người thân.
