Mặc dù [[Đế quốc La Mã|người La Mã]] đã có một thái độ thù địch hơn so với [[người Hy Lạp]] đối với người Ai Cập, một số truyền thống như ướp xác và thờ cúng các vị thần truyền thống vẫn tiếp tục.<ref name="Shaw422">Shaw (2002) p. 422</ref> Nghệ thuật vẽ chân dung xác ướp phát triển rực rỡ, và một số của các hoàng đế La Mã đã tự mô tả mình như pharaon, mặc dù không đến mức độ như nhà Ptolemy trước đây.
Từ giữa thế kỷ thứ nhất, [[Kitô giáo]] đã bắt đầu bén rễ ở Ai Cập và ban đầu được xem như một giáotôn pháigiáo có thể chấp nhận được. Tuy nhiên, đây là một tôn giáo không thỏa hiệp,muốnvà luôn cố gắng cải đạo những người [[theo tôn giáo Aitruyền Cậpthống cổcủa đại[[Ai Cập]] và tôn giáo [[Cổ đại Hy-La|Hy Lạp-La Mã]] cổ đại, và đe dọa các truyền thống tôn giáo phổlâu biếnđời. Điều này dẫn đến những cuộc đàn áp những người cải đạo sang Kitô giáo, mà đỉnh cao là cuộc đại thanh trừng của [[Diocletianus]] bắt đầu vào năm 303, nhưng cuối cùng Kitô giáo đã thắng thế.<ref>Shaw (2003) p. 431</ref> Năm 391, hoàng đế [[Theodosius I|Theodosius]] ban pháp lệnh nghiêm cấm các nghi thức thờ cúng paganđa thần giáo và đóng cửa các ngôi đền.<ref>"''The Church in Ancient Society''", [[Henry Chadwick (theologian)|Henry Chadwick]], p. 373, Oxford University Press US, 2001, ISBN 0-19-924695-5</ref> Còn tại thành Alexandria thì đã diễn ra cuộc bạo loạn lớn chống lại paganđa thần giáo với cácviệc phá hủy những hình tượng tôn giáo công cộng và tư nhân bị phá hủy.<ref>"''Christianizing the Roman Empire A.D 100–400"'', [[Ramsay MacMullen]], p. 63, Yale University Press, 1984, ISBN 0-300-03216-1</ref> Như là một hệ quả của điều này, văn hóa tôn giáo bản địa của Ai Cập đã dần biến mất. Trong khi những cư dân bản địa tiếp tục nói ngôn ngữ của họ, thì khả năng đọc những ghi chép bằng chữ tượng hình dần dần biến mất bởi vì vai trò của các giáo sĩ và nữ tư tế trong các ngôi đền Ai Cập ngày càng suy giảm. Các ngôi đền cổ bị chuyển đổi thành những nhà thờ Kitô giáo hoặc bị bỏ hoang trong sa mạc.<ref>Shaw (2002) p. 445</ref>
