|
Các huấn luyện viên tiếp theo, [[Giovanni Trapattoni]] và [[Otto Rehhagel]] đều không mang lại danh hiệu gì cho đội bóng và thành tích của đội không giống như những gì được mong đợi.<ref name = "bayernhistory9199">{{chú thích web | title = Forward into the next Millenium | publisher = FC Bayern Munich Official Website | accessdate = 11 tháng 8 năm 2008 | year = 2003 | url = http://www.fcbayern.t-home.de/en/company/club/history/00120.php}}</ref> Trong quãng thời gian này cầu thủ Bayern thường xuất hiện ở các trang báo tạp chí về những chuyện ở ngoài đời tư hơn là những vấn đề liên quan đến sân cỏ, và họ được đặt tên là ''FC Hollywood''. Franz Beckenbauer trở lại vào mùa giải 1995-96 với tư cách là huấn luyện viên tạm quyền và đưa đội bóng đến chức vô địch [[cúp UEFA Europa League|cúp UEFA]] vào mùa giải 1995-96, đánh bại [[FC Girondins de Bordeaux|Girondins de Bordeaux]] ở trận chung kết. Ở mùa giải 1996-97 Giovanni Trapattoni trở lại và giành chức vô địch quốc gia. Nhưng ở mùa giải sau đó họ lại để mất chức vô địch vào tay đội bóng mới lên hạng [[1. FC Kaiserslautern]], Trapattoni lần thứ hai rời đội bóng.<ref>{{chú thích sách | last = Schulze-Marmeling | first = Dietrich | title = Die Bayern. Die Geschichte des deutschen Rekordmeisters | language=tiếng Đức | publisher = Die Werkstatt | year = 2003 | pages = 307–345 | isbn = 389533426X}}</ref>
=== Tìm lại được những thành công trên đấu trường quốc tế (1998-2012) ===
[[Tập tin:Otmar hitzfeld in bulgaria.jpg|thumb|left|upright|[[Ottmar Hitzfeld]].]]
Từ năm 1998 đến năm 2004, Bayern được dẫn dắt bởi [[Ottmar Hitzfeld]]. Trong mùa giải đầu tiên của Hitzfeld, Bayern vô địch [[Giải vô địch bóng đá Đức|Bundesliga]] và chút nữa vô địch [[cúpUEFA cácChampions đội vô địch bóng đá quốc gia châu ÂuLeague|cúp C1]], họ thua 2-1 vào những phút bù giờ trong trận chung kết gặp [[Manchester United F.C.|Manchester United]] sau khi bảo vệ kết quả 1-0 dếnđến phút thứ 90+1. Mùa giải 1999-2000 đội tiếp tục thành công với cú ănhai đôichức vô địch quốc gia và cúp quốc gia. Chức vô địch Bundesliga thứ 3 liên tiếp đến vào năm 2001, họ vô địch tại vòng đấu cuối cùng của mùa giải. Vài ngày sau, Bayern vô địch cúp C1 lần thứ 4 sau 25 năm, đánh bại [[Valencia CF]] trên chấm luân lưu. Mùa giải 2001-02 bắt đầu với danh hiệu vô địch [[Cúp bóng đá liên lục địa|Cúp Liên lục địa]], nhưng kết thúc mùa giải với không một danh hiệu nào nữa. Một mùa giải sau, họ có cú ănđúp đôidanh hiệu lần thứ 4, vô địch giải đấu với số điểm bỏ cách đội đứng thứ nhì kỷ lục<ref>{{chú thích sách | last = Schulze-Marmeling | first = Dietrich
| title = Die Bayern. Die Geschichte des deutschen Rekordmeisters | language=tiếng Đức | publisher = Die Werkstatt | year = 2003 | pages = 351–433 | isbn = 389533426X}}</ref>. Triều đại của Hitzfeld kết thúc vào năm 2004, với phong độ đi xuống của Bayern, bao gồm một trận thua trước đội bóng chơi ở giải hạng hai [[Alemannia Aachen]].
[[Felix Magath]] lên thay thế và đưa Bayern tới hai cú ănđúp đôidanh hiệu liên tiếp. Trước mùa giải 2005-06, Bayern chuyển từ sân Olympic tới [[sân vận động Allianz|sân vận động Allianz Arena]], sân đấu mà câu lạc bộ chia sẻ cùngvới [[TSV 1860 München]]. Trên sân bóng mới này màn trình diễn của họ ở mùa giải 2006-07 trở nên thất thường. Thi đấu không tốt ở giải vô địch quốc gia và lại thua Alemannia Aachen ở cúp quốc gia, huấn luyện viên Magath bị sa thải một thời gian ngắn sau kỳ nghỉ đông.<ref>{{chú thích web | title = Bayern part company with Felix Magath | publisher = FC Bayern Munich Official Website | accessdate = 15 tháng 7 năm 2008 | date = 31 tháng 1 năm 2007 | url = http://www.fcbayern.t-home.de/en/news/news/2007/10644.php}}</ref> ▼[[Hình:Allianz Arena Pahu.jpg|thumb|350px|right|Mở cửa vào năm 2005: sân vận động [[Allianz Arena]] là một trong [[Sân vận động#Sân vận động hiện đại|những sân vận động bóng đá hiện đại]] nhất thế giới.]]
▲[[Felix Magath]] lên thay thế và đưa Bayern tới hai cú ăn đôi liên tiếp. Trước mùa giải 2005-06, Bayern chuyển từ sân Olympic tới [[sân vận động Allianz|sân vận động Allianz Arena]], sân đấu mà câu lạc bộ chia sẻ cùng [[TSV 1860 München]]. Trên sân mới này màn trình diễn của họ ở mùa giải 2006-07 trở nên thất thường. Thi đấu không tốt ở giải vô địch quốc gia và lại thua Alemannia Aachen ở cúp quốc gia, huấn luyện viên Magath bị sa thải một thời gian ngắn sau kỳ nghỉ đông.<ref>{{chú thích web | title = Bayern part company with Felix Magath | publisher = FC Bayern Munich Official Website | accessdate = 15 tháng 7 năm 2008 | date = 31 tháng 1 năm 2007 | url = http://www.fcbayern.t-home.de/en/news/news/2007/10644.php}}</ref>
Hitzfeld trở lại làm huấn luyện viên của Bayern Munich vào tháng 1 năm 2007, nhưng Bayern đã kết thúc mùa giải 2006-07 ở vị trí thứ tư, do đó không thể tham dự Champions League lần đầu tiên sau hơn một thập kỷ. Tiếp đó là không lên ngôi vô địch tại [[DFB-Pokal]] và [[DFB-Ligapokal]], câu lạc bộ kết thúc mùa giải không có danh hiệu nào.
Cựu huấn luyện viên [[Ottmar Hitzfeld]] trở lại München vào tháng 1 năm 2007, nhưng Bayern chỉ về đích ở vị trí thứ 4 ở mùa giải 2006-07, và không được dự Cúp C1 lần đầu sau hơn một thập kỷ. Việc không vô địch Cúp quốc gia và Cúp liên đoàn khiến họ có một mùa giải trắng tay. Ở mùa giải 2007-08, Bayern München có những sự thay đổi lớn về đội hình để xây dựng lại. Họ mua về 8 cầu thủ mới và bán, sa thải hoặc cho mượn 9 cầu thủ khác. Các danh thủ về với đội bao gồm [[Hamit Altintop]] từ [[FC Schalke 04|Schalke 04]], [[Luca Toni]] từ [[A.C.F. Fiorentina|ACF Fiorentina]], [[Miroslav Klose]] từ [[SV Werder Bremen|Werder Bremen]], và bản hợp đồng kỷ lục [[Franck Ribéry]] từ [[Olympique de Marseille|Olympique Marseille]].<ref>Bayern Magazin: 1/59, pages: 16-21, 2007-08-11 (in German)</ref> Những bản hợp đồng mới đã có hiệu quả, và Bayern vô địch [[Cúp bóng đá Đức|DFB-Pokal]] 2008 và [[Giải vô địch bóng đá Đức|Bundesliga]], đứng đầu bảng trong mọi vòng đấu của mùa giải.<ref name = "fussballdaten">{{chú thích web | title = Fussballdaten - Zahlen, Texte, Bilder | publisher = fussballdaten.de | accessdate = 15 tháng 7 năm 2008 | date = 17 tháng 5 năm 2008 | url = http://www.fussballdaten.de | language=tiếng Đức}}</ref>
Vào ngày 11 tháng 1 năm 2008 [[Jürgen Klinsmann]] được chọn làm người kế nhiệm Hitzfeld, nắm quyền ở đội bóng từ ngày 1 tháng 7 năm 2008. Ông ký hợp đồng 2 năm với đội bóng.<ref name=mark25787>{{chú thích web|title = Jürgen Klinsmann to succeed Hitzfeld at Bayern | url = http://www.fcbayern.t-home.de/en/news/news/2008/14731.php | accessdate = 11 tháng 1 năm 2008 | date = 11 tháng 1 năm 2008 | publisher = The official FC Bayern Munich website}}</ref> Trong giai đoạn lượt đi của Bundesliga 2008-09, Bayern có một sự khởi đầu phập phù, chỉ thắng 2 trận cho tới vòng đấu thứ 6, nhưng về sau bắt đầu tăng tốc. [[Bayer Leverkusen]] loại Bayern ở tứ kết [[Cúp bóng đá Đức|DFB-Pokal]]. Ở cúp C1 Bayern cũng vào tới tứ kết. Họ bị [[F.C. Barcelona|FC Barcelona]] loại sau khi đứng đầu bảng F và đánh bại [[Sporting Clube de Portugal]] ở vòng loại trực tiếp với tổng tỉ số kỷ lục là 12-1. Vào ngày 27 tháng 4, hai ngày sau trận thua Schalke trên sân nhà khiến Bayern bị tụt xuống vị trí thứ 3, Klinsmann bị sa thải. Đây là hệ quả của những kết quả đáng thất vọng như trận thua với tổng tỉ số 5-1 trước Barcelona ở cúp C1, và trận thua 5-1 trước [[VfL Wolfsburg]]. Cựu huấn luyện viên [[Jupp Heynckes]] được bổ nhiệm làm người thay thế cho tới cuối mùa giải.<ref name=klinsmannfired>{{chú thích web|title = Bayern part company with Jürgen Klinsmann | url = http://www.fcbayern.t-home.de/en/news/news/2009/19312.php | accessdate = 27 tháng 4 năm 2009 | date = 27 tháng 4 năm 2009 | publisher = The official FC Bayern Munich website}}</ref> Bayern cuối cùng về đích ở vị trí thứ nhì, và được vào thẳng vòng bảng cúp C1 2009-10.
[[Tập tin:Mario Gómez 2012.jpg|thumb|upright|left|Tiền đạo [[Mario Gómez]].]]
Bayern sau đó ký hợp đồng với huấn luyện viên [[Louis van Gaal]] ở mùa giải 2009-10 từ [[AZ Alkmaar]], ngoài ra câu lạc bộ còn ký hợp đồng với tiền đạo [[Mario Gómez]] với mức phí chuyển nhượng 35 triệu euro, kỷ lục của Bayern lúc ấy. Trong khi vẫn đang bị hoài nghi về những trận đấu với kết quả nghèo nàn, Van Gaal dẫn dắt Bayern vào tới vòng 1/16 cúp C1 bằng chiến thắng đậm đà 4-1 trước [[Juventus F.C.|Juventus]] ở [[Torino]].<ref>http://www.fcbayern.t-home.de/en/saison/fixtures/profis/16311.php</ref> Họ gặp Fiorentina ở vòng 1/8.
Vào ngày 9 tháng 3, họ thua 3-2 trước câu lạc bộ này nhưng vẫn vào tứ kết nhờ luật bàn thắng sân khách. Ở tứ kết họ gặp MU, Bayern cũng giành được kết quả tương tự như trận gặp Fiorentina, họ hoà ManU với tổng tỉ số 4-4 và vào bán kết Cúp C1 nhờ luật bàn thắng sân khách, sau khi thắng 2-1 ở lượt đi và thua 3-2 ở lượt về. Vào ngày 27 tháng 4 năm 2010, Bayern đánh bại [[Olympique Lyonnais]] 3-0 sau khi thắng 1-0 ở trận lượt đi. Kết quả đó đưa Bayern tới trận chung kết Cúp C1 2009-10 và chỉ chịu thua trước câu lạc bộ Inter Milan tại trận chung kết với tỉ số 2-0. Vào ngày 8 tháng 5 năm 2010, Bayern vô địch Bundesliga 2009-10 sau khi thắng 3-1 trước [[Hertha BSC Berlin]].
Mùa giải 2010-2011 là mùa giải không thật sự thành công đối với Hùm Xám. Tại Bundesliga họ bị Dortmund đánh bại ở cả lượt đi lẫn lượt về. Ở trận lượt đi tại Signal Iduna Park, Bayern đã để các cầu thủ Dortmund đánh bại với tỷ số 2-0, còn ở trận lượt về, Hùm Xám thảm bại 1-3 ngay trên sân nhà Allianz Arena. Với kết quả đó kèm theo chuỗi thành tích nghèo nàn, Bayern đã trao luôn chức vô địch cho đội bóng vàng đen và chính thức trở thành cựu vương.
Còn tại [[UEFA Champions League]] năm 2011, họ gặp lại đối thủ của Inter Milan ngay tại vòng 1/16. Những tưởng Bayern sẽ trả được món nợ tại trận thua 0-2 cách đây 1 năm sau khi đánh bại được đội bóng đến từ Ý ngay trên sân khách với tỷ số 1-0, thì bất ngờ đã xảy ra tại trận lượt về, Bayern München thúc thủ 2-3 trên sân nhà, và cay đắng bị loại bởi luật bàn thắng trên sân khách, đứng nhìn đối thủ lọt vào vòng 1/8. Với kết quả này đồng nghĩa với việc Bayern München trắng tay trên tất cả các đấu trường, và điều gì đến cũng phải đến, huấn luyện viên Louis van Gaal phải ra đi ngay sau đó.
=== Jupp Heynckes và mùa giải ăn ba lịch sử ===
| 