Ngày 2 tháng 10 năm 2020, Công an tỉnh Đắk Lắk đã ra quyết định khởi tố bị can và lệnh bắt tạm giam tiến sĩ Phạm Đình Quý để điều tra về hành vi vu khống theo điều 156 Bộ luật Hình sự.<ref>{{chú thích web | url = https://nld.com.vn/phap-luat/khoi-to-tien-si-pham-dinh-quy-giang-vien-dh-ton-duc-thang-20201002131700223.htm | tiêu đề = Khởi tố tiến sĩ Phạm Đình Quý, Giảng viên ĐH Tôn Đức Thắng | author = | ngày = 2 tháng 10 năm 2020 | ngày truy cập = 3 tháng 10 năm 2020 | nơi xuất bản = [[Người lao động (báo)|Người Lao Động]] | ngôn ngữ = }}</ref>
Theo công văn số 897/ĐHHHVN phúc đáp Ban tổ chức TW ngày 10 tháng 07 năm 2020 (hơn 1 tháng trước khi TS. Quý đăng bài tố cáo trên báo) về đơn thư tố cáo ông Cường đạo văn trước đó, đại học hàng hải kết luận :"''Vì vậy,'' ''khẳng định không có chuyện đạo văn, hay ăn cắp 70% số trang của công trình khác. Mà các nội dung của Tiểu luận tổng quan, 03 chuyên đề tiến sĩ của NCS. Bùi Văn Cường, sách chuyên khảo: “Ứng dụng CFD trong khoa học bảng hải”, (NCS. Bùi Văn Cường là tác giả chính biên soạn, viết nội dung chương 4 và chương 7), đề tài KHCN cắp Bộ: “Nghiên cứu thiết kế và chế tạo thử nghiệm hệ thống đánh giá tác động của tổ hợp chân vịt - bánh lái đến đặc tính điều khiển hướng chuyển động tàu thủy”, mã số: DT 174003, (NCS. Bùi Văn Cường là thành viên chính thực hiện các nội dung của để tài KHCN), luận án tiến sĩ: “Nghiên cửu tác động của tổ hợp chân vịt - bánh lái đến điều khiển hướng đi tàu thủy trên tuyến luồng Hải Phòng”, là của NCS. Bùi Văn Cường."''<ref name=":1">{{Chú thích web|url=|tựa đề=Công văn số 897/ĐHHHVN gửi Ban tổ chức TW ngày 10 tháng 07 năm 2020, trang 8, 9|tác giả=|họ=|tên=|ngày=|website=|url lưu trữ=|ngày lưu trữ=|url hỏng=|ngày truy cập=}}</ref> Công văn này cũng cho rằng :"''Việc NCS. Bùi Văn Cường vắng mặt một buổi nghiên cựu thực nghiệm tại thực địa tuyến luồng Hải Phòng ngày 15/7/2017 không ảnh hưởng tới kết quả nghiên cứu của luận án. Vấn đề này được thể hiện rõ trong bản “Làm rõ thông tin luận án tiền sĩ của NCS. Bùi Văn Cường''”.<ref name=":1" />
