ÔngGiám mục Huỳnh Văn Nghi qua đời lúc 15 giờ 15 phút ngày [[6 tháng 5]] năm [[2015]] tại Phan Thiết với 62 năm linh mục và 41 năm giám mục.<ref>{{Chú thích web|url=http://tgpsaigon.net/baiviet-tintuc/20150506/30488 |tiêu đề=Cáo Phó: Giám mục Nicôla Huỳnh Văn Nghi|nhà xuất bản=Tổng giáo phận Sài Gòn|ngày truy cập=Ngày 12 tháng 52 năm 20162019|ngày lưu trữ=Ngày 12 tháng 2 năm 2019|url lưu trữ=https://web.archive.org/web/20190212142936/http://tgpsaigon.net/baiviet-tintuc/20150506/30488}}</ref> Ngày [[11 tháng 5]], tại Nhà thờ chính tòa Giáo phận Phan Thiết, lễ an táng Giám mục Nicôla Huỳnh Văn Nghi, được cử hành lúc 9 giờ sáng do Hồng y [[Phêrô Nguyễn Văn Nhơn]], Tổng Giám mục [[Tổng giáo phận Hà Nội]] chủ tế. Ðồng tế với Hồng y Nhơn còn có 21 Giám mục của cả ba giáo tỉnh và gần 300 linh mục, tu sĩ nam nữ, người thân và hàng ngàn giáo dân.<ref name=nghiz>{{Chú thích web|url=http://baoconggiaowww.simonhoadalat.com/vi/news/GiaoTIN-Hoi-Viet-NamGHVN/Thanh-Le-an-tang-Duc-Giam-muc-Nicola-Huynh-Van-Nghi-5799Nam2015/Thang05/02LeAnTangDCNicola.htm|tiêu đề=Thánh Lễ an táng Đức Giám mục Nicôla Huỳnh Văn Nghi, nguyên Giám mục giáo phận Phan Thiết|ngày truy cập=Ngày 1612 tháng 42 năm 20162019|nhà xuất bản=BáoGiáo Côngphận giáoĐà Lạt|ngày lưu trữ=Ngày 12 tháng 2 năm 2019|url lưu trữ=https://web.archive.org/web/20190212143105/http://www.simonhoadalat.com/TIN-GHVN/Nam2015/Thang05/02LeAnTangDCNicola.htm}}</ref>
