Câu lạc bộ được thành lập vào năm 1998 ban đầu với tên gọi là Câu lạc bộ bóng đá nữ Than Việt Nam và tham dự Giải bóng đá nữ vô địch quốc gia vào năm đó.[3] Vào năm 2003, đội bóng này đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá nữ Than Cửa Ông. Tuy nhiên từ năm 2007 đến nay, đội bóng nữ vùng Than lại đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá nữ Than Khoáng Sản Việt Nam.
Đội nữ Than Khoáng Sản Việt Nam tham gia tất cả các mùa giải bóng nữ vô địch Quốc gia. Họ cũng gặt hái được thành công với hai chức vô địch quốc gia vào năm 2007 và năm 2012.