Wikipedia

Danh sách bộ gen lạp thể đã giải trình tự

bài viết danh sách Wikimedia
(Đổi hướng từ Danh sách những bộ gen lạp thể đã giải trình tự)

Bộ gen lạp thể, hệ gen lạp thể hay plastome là bộ gen của lạp thể, nhóm bào quan hiện diện trong thực vật và đa dạng chủng loại nguyên sinh vật. Số lượng trình tự bộ gen lạp thể được giải mã tăng nhanh từ thập kỷ đầu tiên của thế kỷ 21. Ví dụ, có 25 bộ gen lục lạp đã được giải trình tự trong một nghiên cứu về phát sinh chủng loại phân tử.[1]

Bản đồ gen plastome mang 156 kb loài Nicotiana tabacum (thuốc lá).
Bản đồ bộ gen lạp thể 154 kb của một loài thực vật có hoa mô hình (Arabidopsis thaliana: Brassicaceae)
Bản đồ plastome 27 kb bị thoái hóa mạnh của thực vật ký sinh Hydnora visseri.

Thực vật có hoa đặc biệt xuất hiện nhiều ở những bộ gen lục lạp được giải mã. Tháng 1 năm 2017, tất cả những bộ của chúng đều đã giải mã plastome, chỉ trừ Commelinales (Bộ Thài lài), Picramniales, Huerteales, Escalloniales (Bộ Gạc nai), Bruniales, và Paracryphiales.

Một bộ sưu tập dữ liệu tất cả bộ gen lạp thể đã giải mã hoàn chỉnh đang được NCBI duy trì trong một kho tư liệu công cộng.[2]

Thực vật sửa

Rêu (theo nghĩa rộng) sửa

Plastome đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích Ghi chú
Aneura mirabilis 108.007 [3][4] rêu tản ký sinh; plastome chứa nhiều gen giả
Anthoceros formosae 161.162 122 [5] rêu sừng; plastome bị RNA chỉnh sửa mạnh
Marchantia polymorpha 121.024 [6] rêu tản
Nothoceros aenigmaticus 153.208 124 [7] rêu sừng
Pellia endiviifolia 120.546 123 [8] rêu tản
Physcomitrella patens 122.890 118 [9] rêu
Ptilidium pulcherrimum 119.007 122 [10] rêu tản
Tortula ruralis 122.630 [11] rêu

Dương xỉ và Thạch tùng sửa

Plastome đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích Họ Ghi chú
Adiantum capillus-veneris 150.568 [12] Pteridaceae
Alsophila spinulosa 156.661 117 [13] Cyatheaceae
Angiopteris evecta 153.901 [14] Marattiaceae
Equisetum arvense 133.309 Equisetaceae
Huperzia lucidula 154.373 [15] Lycopodiaceae
Isoetes flaccida 145.303 Isoetaceae
Psilotum nudum 138.829 117 [16] Psilotaceae
Selaginella uncinata 138.829 [17] Selaginellaceae
Plastome dương xỉ và thạch tùng đã giải trình tự không bao gồm thông tin về kích cỡ, số lượng gen và/hoặc chú thích.
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích Họ Ghi chú
Equisetum hyemale Equisetaceae
Lygodium japonicum Lygodiaceae
Marsilea crenata Marsileaceae
Ophioglossum californicum Ophioglossaceae
Selaginella moellendorffii Selaginellaceae

Thực vật hạt trần sửa

Plastome đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích Họ Ghi chú
Cryptomeria japonica 131.810 114 [18] Cupressaceae
Cycas micronesica [19] Cycadaceae
Cycas taitungensis 163.403 133 [20] Cycadaceae
Ephedra equisetina Ephedraceae
Ginkgo biloba 156.945 134 [21] Ginkgoaceae
Gnetum parvifolium Gnetaceae
Pinus koraiensis 116.866 Pinaceae
Pinus thunbergii 119.707 [22] Pinaceae
Podocarpus macrophyllus Podocarpaceae
Welwitschia mirabilis 119.726 101 [23] Welwitschiaceae

Thực vật có hoa sửa

Bảng phân loại dưới đây dự kiến sẽ sưu tập những bộ gen lạp thể hoàn chỉnh đại diện cho một phạm vi rộng nhất về kích cỡ, số lượng gen và các họ thực vật có hoa.

Plastome đã giải trình tự với thông tin hoàn chỉnh về kích cỡ bộ gen, số lượng gen duy nhất, chú thích và năm công bố.
Loài Cỡ (cặp base) Gen Chú thích Năm Họ Ghi chú
Acorus americanus 153.819 [19] 2007 Acoraceae
Agrostis stolonifera 135.584 110 [24] 2010 Poaceae
Alniphyllum eberhardtii 155.384 113 [25] 2017 Styracaceae
Alstroemeria aurea 155.510 112 [26] 2013 Alstroemeriaceae
Amborella trichopoda 162.686 [27] 2003 Amborellaceae
Anethum graveolens 153.356 [19] 2007 Apiaceae
Arabidopsis thaliana 154.478 [28] 1999 Brassicaceae
Atropa belladonna 156.687 [29] 2002 Solanaceae
Brachypodium distachyon 135.199 110 [24] 2010 Poaceae
Buxus microphylla 159.010 113 [30] 2007 Buxaceae
Calycanthus floridus var. glaucus 153.337 115 [31] 2003 Calycanthaceae
Carpinus tientaiensis 160.104 114 [32] 2017 Betulaceae
Chloranthus spicatus 157.772 113 [30] 2007 Chloranthaceae
Citrus sinensis var. 'Ridge Pineapple' 155.189 [33] 2006 Rutaceae
Cocos nucifera 154.731 130 [34] 2013 Arecaceae
Coffea arabica 155.189 [35] 2007 Rubiaceae
Coix lacryma-jobi 140.745 [36] 2009 Poaceae
Conopholis americana 45.673 42 [37] 2013 Orobanchaceae Thực vật ký sinh không quang hợp
Cucumis sativus 155.293 [38] 2007 Cucurbitaceae
Cuscuta exaltata 125.373 [39] 2007 Convolvulaceae
Cuscuta gronovii 86.744 86 [40] 2007 Convolvulaceae
Cuscuta reflexa 121.521 98 [40] 2007 Convolvulaceae
Cypripedium formosanum 178.131 [41] 2015 Orchidaceae
Cytinus hypocistis 19.400 23 [42] 2016 Cytinaceae Thực vật toàn ký sinh
Daucus carota 155.911 [43] 2006 Apiaceae
Dioscores elephantipes 152.609 112 [30] 2007 Dioscoreaceae
Drimys granadensis 160.604 113 [44] 2006 Winteraceae
Epifagus virginiana 70.028 42 [45] 1992 Orobanchaceae
Epipogium aphyllum 30.650 27 [46] 2015 Orchidaceae Thực vật dị dưỡng phụ thuộc nấm
Epipogium roseum 19.047 29 [46] 2015 Orchidaceae Thực vật dị dưỡng phụ thuộc nấm
Erodium carvifolium 116.935 107 [47] 2016 Geraniaceae
Erodium chrysanthum 168.946 96 [47] 2016 Geraniaceae
Erodium texanum 130.812 106 [48] 2011 Geraniaceae
Eucalyptus globulus subsp. globulus 160.286 [49] 2005 Myrtaceae
Fagopyrum esculentum ssp. ancestrale 159.599 [50] 2008 Polygonaceae
Geranium palmatum 155.794 105 [48] 2011 Geraniaceae
Glycine max 152.218 [51] 2005 Fabaceae
Gossypium barbadense 160.317 114 [52] 2006 Malvaceae
Gossypium hirsutum 160.301 [53] 2006 Malvaceae
Helianthus annuus 151.104 [54] 2007 Asteraceae
Hordeum vulgare subsp. vulgare 136.482 110 [24] 2010 Poaceae
Hydnora visseri 27.233 24 [55] 2016 Aristolochiaceae Thực vật toàn ký sinh không quang hợp
Illicium oligandrum 148.552 113 [30] 2007 Schisandraceae (sensu APG III)
Ipomoea purpurea 162.046 [39] 2007 Convolvulaceae
Jasminum nudiflorum 165.121 [56] 2007 Oleaceae
Juglans regia 160.367 129 [57] 2017 Juglandaceae
Lactuca sativa 152.765 [54] 2007 Asteraceae
Lemna minor 165.955 [58] 2008 Araliaceae
Licania alba 162.467 112 [59] 2014 Chrysobalanaceae
Lilium longiflorum 152.793 114 [26] 2013 Liliaceae
Liriodendron tulipifera 159.866 [44][60] 2006 Magnoliaceae
Lolium perenne 135.282 110 [24] 2010 Poaceae
Lonicera japonica 155.078 [1] 2010 Caprifoliaceae
Lotus japonicus 150.519 [61] 2000 Fabaceae
Manihot esculenta 161.453 [62] 2008 Euphorbiaceae
Monotropa hypopitys 35.336 45 [63] 2016 Ericaceae Thực vật dị dưỡng phụ thuộc nấm
Monsonia speciosa 128.787 106 [48] 2011 Geraniaceae
Morus indica 156.599 [64] 2006 Moraceae
Musa balbisiana 169.503 113 [65] 2016 Musaceae
Nandina domestica 156.599 [66] 2006 Berberidaceae
Neottia nidus-avis 92.060 56 [67] 2011 Orchidaceae Thực vật dị dưỡng phụ thuộc nấm
Nelumbo nucifera 163.330 [1] 2010 Nelumbonaceae
Nicotiana tabacum 155.943 113 [68] 1986 Solanaceae
Nuphar advena 160.866 117 [69] 2007 Nymphaeaceae
Nymphaea alba 159.930 [70] 2004 Nymphaeaceae
Oenothera argillicola strain douthat 1 165.055 113 [71] 2008 Onagraceae
Oenothera biennis strain suaveolens Grado 164.807 113 [71] 2008 Onagraceae
Oenothera elata subsp. hookeri strain johansen 165.728 113 [71] 2008 Onagraceae
Oenothera glazioviana strain rr-lamarckiana Sweden 165.225 113 [71] 2008 Onagraceae
Oenothera parviflora strain atrovirens Standard 163.365 113 [71] 2008 Onagraceae
Oryza sativa indica 93-11 134.496 [72] 2005 Poaceae
Oryza sativa japonica Nipponbare 134.551 110 [24][73] 1989 Poaceae
Oryza sativa japonica PA64S 134.551 [72] 2005 Poaceae
Osyris alba 147.253 101 [74] 2015 Santalaceae Thực vật bán ký sinh
Panax ginseng 156.318 [75] 2004 Araliaceae
Pelargonium × hortorum 217.942 [76] 2006 Geraniaceae
Petrosavia stellaris 103.835 58 [77] 2014 Petrosaviaceae Thực vật dị dưỡng phụ thuộc nấm
Phalaenopsis aphrodite subsp. formosana 148.964 [78] 2006 Orchidaceae
Phaseolus vulgaris 'Negro Jamapa' 150.285 [79] 2007 Fabaceae
Pilostyles aethiopica 11.348 5 [80] 2016 Apodanthaceae Thực vật nội toàn ký sinh
Pilostyles hamiltonii 15.167 5 [80] 2016 Apodanthaceae Thực vật nội toàn ký sinh
Piper cenocladum 160.624 113 [44] 2006 Piperaceae
Platanus occidentalis 161.791 [66] 2006 Platanaceae
Populus alba 156.505 [81] 2006 Salicaceae
Ranunculus macranthus 155.158 117 [69] 2007 Ranunculaceae
Rhizanthella gardneri 59.190 33 [82] 2011 Orchidaceae Thực vật dị dưỡng phụ thuộc nấm ngầm đất
Saccharum officinarum 141.182 110 [24] 2010 Poaceae
Sciaphila densiflora 21.485 28 [83] 2015 Triuridaceae Thực vật dị dưỡng phụ thuộc nấm
Solanum tuberosum 155.298 [84] 2006 Solanaceae
Sorghum bicolor 140.754 110 [24] 2010 Poaceae
Spinacia oleracea 150.725 [85] 2001 Amaranthaceae
Trachelium caeruleum 162.321 [86] 2008 Campanulaceae
Trifolium subterraneum 144.763 111 [87] 2008 Fabaceae
Triticum aestivum cv. Chinese Spring 134.545 110 [24][88][89] 2000 Poaceae
Typha latifolia 165.572 113 [24] 2010 Typhaceae
Vaccinium macrocarpon 176.045 147 [90] 2013 Ericaceae
Viscum album 128.921 96 [74] 2015 Viscaceae Thực vật bán ký sinh
Viscum minimum 131.016 99 [74] 2015 Viscaceae Thực vật bán ký sinh
Vitis vinifera 160.928 [91] 2006 Vitaceae
Yucca schidigera 156.158 [21] 2005 Asparagaceae (sensu APG III)
Zea mays 140.384 110 [24][92] 2010 Poaceae
Plastome đã giải trình tự không bao gồm thông tin về kích cỡ, số lượng gen và/hoặc chú thích.
Loài Cỡ (cặp base) Gen Chú thích Năm Họ Ghi chú
Acorus calamus 153.821 Acoraceae
Aethionema cordifolium Brassicaceae
Aethionema grandiflorum Brassicaceae
Antirrhinum majus [1] 2010 Plantaginaceae
Arabis hirsuta Brassicaceae
Aucuba japonica [1] 2010 Garryaceae
Bambusa oldhamii 139.350 Poaceae
Barbarea verna Brassicaceae
Berberidopsis corallina [1] 2010 Berberidopsidaceae
Brassica rapa Brassicaceae
Bulnesia arborea [1] 2010 Zygophyllaceae
Capsella bursa-pastoris Brassicaceae
Carica papaya Caricaceae
Ceratophyllum demersum [93] 2007 Ceratophyllaceae
Cornus florida [1] 2010 Cornaceae
Crucihimalya wallichii Brassicaceae
Cuscuta obtusiflora Convolvulaceae
Cuscuta reflexa Convolvulaceae
Dendrocalamus latiflorus 139.365 Poaceae
Dillenia indica [1] 2010 Dilleniaceae
Draba nemorosa Brassicaceae
Ehretia acuminata [1] 2010 Boraginaceae
Elaeis oleifera [19] 2007 Arecaceae
Euonymus americanus [1] 2010 Celastraceae
Festuca arundinacea Poaceae
Ficus sp. [1] 2010 Moraceae
Guizotia abyssinica Asteraceae
Gunnera manicata [1] 2010 Gunneraceae
Hedyosmum chưa công bố Chloranthaceae
Heuchera sanguinea [1] 2010 Saxifragaceae
Ilex cornuta [1] 2010 Aquifoliaceae
Lepidium virginicum Brassicaceae
Liquidambar styraciflua (syn. Altingia styraciflua) [1] 2010 Altingiaceae
Lobularia maritima Brassicaceae
Lotus corniculatus Fabaceae
Medicago truncatulata 124.033 Fabaceae
Megaleranthis saniculifolia 159.924 Ranunculaceae
Meliosma cuneifolia [1] 2010 Sabiaceae
Nasturtium officinale Brassicaceae
Olimarabidopsis pumila Brassicaceae
Phoenix dactylifera Arecaceae
Nerium oleander 154.903 Apocynaceae
Nicotiana sylvestris 155.941 Solanaceae
Nicotiana tomentosiformis 155.745 Solanaceae
Oryza nivara 134.494 Poaceae
Oxalis latifolia [1] 2010 Oxalidaceae
Passiflora biflora [19] 2007 Passifloraceae
Phoradendron leucarpum [1] 2010 Viscaceae
Plumbago auriculata [1] 2010 Plumbaginaceae
Populus trichocarpa [94] 2006 Salicaceae
Quercus nigra [1] 2010 Fagaceae
Rhododendron simsii [1] 2010 Ericaceae
Scaevola aemula [19] 2007 Goodeniaceae
Solanum bulbocastanum 155.371 Solanaceae
Solanum lycopersicum 155.460 Solanaceae
Staphylea colchica [1] 2010 Staphyleaceae
Trithuria (syn. Hydatella) chưa công bố Hydatellaceae
Trochodendron aralioides [1] 2010 Trochodendraceae
Ximenia americana 2010 Ximeniaceae [95]

Tảo lục sửa

Plastome đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích
Bryopsis plumosa 106.859 115 [96]
Chaetosphaeridium globosum 131.183 124 [97]
Chara vulgaris
Chlamydomonas reinhardtii 203.395 99
Chlorella vulgaris 150.613 209 [98]
Chlorokybus atmophyticus 201.763 70 [99]
Dunaliella salina CCAP 19/18 269.044 102 [100]
Emiliania huxleyi 105.309 150
Helicosporidium 37.454 54 [101]
Leptosira terrestris 195.081 117 [102]
Mesostigma viride 42.424
Monomastix 114.528 94 [103]
Nephroselmis olivacea 200.799 127 [104]
Oedogonium cardiacum 196.547 103 [105]
Oltmannsiellopsis viridis 151.933 105 [106]
Ostreococcus tauri 71.666 86 [107]
Pseudendoclonium akinetum 195.867 105 [108]
Pycnococcus provasolii 80.211 98 [103]
Pyramimonas parkeae 101.605 110 [103]
Scenedesmus obliquus 161.452 96 [109]
Staurastrum punctulatum [110]
Stigeoclonium helveticum 223.902 97 [111]
Tydemania expeditionis 105.200 125 [96]
Ulva sp. UNA00071828 99.983 102 [112]
Volvox carteri 420.650 91 [113]
Zygnema circumcarinatum

Tảo đỏ sửa

Plastome đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích Ghi chú
Cyanidioschyzon merolae 149.987 243 [114]
Cyanidium caldarium RK1 [115]
Gracilaria tenuistipitata var. liui 183.883 238 [116]
Porphyra purpurea
Porphyra yezoensis

Tảo lục lam sửa

Plastome đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích
Cyanophora paradoxa

Siêu tảo và Apicomplexa sửa

Siêu tảo là những sinh vật mang những bào quan quang hợp nguồn gốc từ sự kiện nội cộng sinh bậc hai hoặc bậc ba, cùng dạng gần không quang hợp, tựa lạp thể, hay thân thích. Apicomplexa là một ngành gồm những loài ký sinh đơn bào không quang hợp thuộc siêu nhóm nhân thực Chromalveolata, mang một bào quan lạp thể cấp hai thoái hóa.

Chromalveolata quang hợp sửa

Bộ gen lạp thể Dinoflagellata không được tổ chức thành một phân tử DNA vòng đơn giống như những bộ gen lạp thể khác, mà lại trở thành một dàn gồm những vòng nhỏ.

Plastome đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích Ghi chú
Chromera velia
Guillardia theta 121.524 167 [117]
Heterosigma akashiwo
Odontella sinensis 119,7 kb 175
Phaeodactylum tricornutum
Thalassiosira pseudonana 129 kb [118]
Rhodomonas salina

Chlorarachniophyta sửa

Plastome đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích
Bigelowiella natans 69.166 87 [119]

Euglenophyceae sửa

Plastome đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích
Astasia longa 73,2 kb 84
Euglena gracilis 143,2 kb 128 [120]

Apicomplexa sửa

Plastome đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích
Eimeria tenella Penn State 34,8 kb 65 [121]
Plasmodium falciparum 34,7 kb 68
Theileria parva Mugaga 39,6 kb 71
Toxoplasma gondii RH 35,0 kb 65

Bộ gen nucleomorph sửa

Ở một vài sinh vật quang hợp khả năng bị tập nhiễm khi nội cộng sinh với tảo lục (Chlorophyta) hoặc tảo đỏ (Rhodophyta) đơn bào. Trong một số trường hợp này, không chỉ lục lạp từ tế bào tảo đơn bào trước đó giữ lại bộ gen của nó, mà còn kèm theo những cấu trúc tàn tích của tảo. Khi tàn dư đó bao gồm một nhân tế bào và một hệ gen nhân thì được gọi với thuật ngữ nucleomorph.

Bộ gen nucleomorph đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích
Bigelowiella natans
Cryptomonas paramecium
Guillardia theta 551.264
Hemiselmis andersenii

Bộ gen cyanelle sửa

Loài nhân thực đơn bào Paulinella chromatophora sở hữu một bào quan (cyanelle), đại diện cho một trường hợp độc lập về việc chiếm hữu khả năng quang hợp từ sự kiện nội cộng sinh vi khuẩn lam. (Ghi chú: thuật ngữ cyanelle cũng dùng để chỉ lạp thể tảo lục lam.)

Bộ gen cyanelle đã giải trình tự
Loài Thứ Cặp base Gen Chú thích
Paulinella chromatophora 1,02 Mb 867 [122]

Xem thêm sửa

Chú thích sửa

  1. ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x Moore MJ, Soltis PS, Bell CD, Burleigh JG, Soltis DE (2010). “Phylogenetic analysis of 83 plastid genes further resolves the early diversification of eudicots”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 107 (10): 4623–8. Bibcode:2010PNAS..107.4623M. doi:10.1073/pnas.0907801107. PMC 2842043. PMID 20176954.
  2. ^ “Index of /refseq/release/plastid”. ftp.ncbi.nlm.nih.gov. Truy cập ngày 8 tháng 1 năm 2017.
  3. ^ Wickett NJ, Zhang Y, Hansen SK, Roper JM, Kuehl JV, Plock SA, Wolf PG, DePamphilis CW, Boore JL, Goffinet B (tháng 2 năm 2008). “Functional gene losses occur with minimal size reduction in the plastid genome of the parasitic liverwort Aneura mirabilis”. Mol. Biol. Evol. 25 (2): 393–401. doi:10.1093/molbev/msm267. PMID 18056074.
  4. ^ Plastid genome evolution of the non-photosynthetic liverwort Aneura mirabilis (Malmb.) Wickett & Goffinet (Aneuraceae)
  5. ^ Masanori Kugita; Akira Kaneko, Yuhei Yamamoto, Yuko Takeya, Tohoru Matsumoto and Koichi Yoshinaga (1986). “The complete nucleotide sequence of the hornwort (Anthoceros formosae) chloroplast genome: insight into the earliest land plants”. Nucleic Acids Research. 31 (2): 572–4. doi:10.1093/nar/gkg155.Quản lý CS1: nhiều tên: danh sách tác giả (liên kết)
  6. ^ K Ohyama, Fukuzawa, H., Kohchi, T., Shirai, H., Sano, T., Chang Z, Aota S, Inokuchi H, Ozeki H (2003). “Chloroplast gene organization deduced from complete sequence of liverwort Marchantia polymorpha chloroplast DNA”. Nature. 322 (6079): 716–721. Bibcode:1986Natur.322..572O. doi:10.1038/322572a0.
  7. ^ Juan Carlos Villarreal; Laura Lowe Forrest, Norman Wickett and Bernard Goffinet (2013). “The plastid genome of the hornwort Nothoceros aenigmaticus (Dendrocerotaceae): Phylogenetic signal in inverted repeat expansion, pseudogenization, and intron gain” (PDF). Am.J.Bot. 103 (3): 467–477. doi:10.3732/ajb.1200429.
  8. ^ Christopher Grosche; Helena T. Funk, Uwe G. Maier and Stefan Zauner (2012). “The Chloroplast Genome of Pellia endiviifolia: Gene Content, RNA-Editing Pattern, and the Origin of Chloroplast Editing” (PDF). Genome Biology and Evolution. 4 (12): 1349–1357. doi:10.1093/gbe/evs114.
  9. ^ Sugiura C, Kobayashi Y, Aoki S, Sugita C, Sugita M (2003). “Complete chloroplast DNA sequence of the moss Physcomitrella patens: evidence for the loss and relocation of rpoA from the chloroplast to the nucleus”. Nucleic Acids Res. 31 (18): 5324–31. doi:10.1093/nar/gkg726. PMC 203311. PMID 12954768.
  10. ^ Laura L. Forrest; Norman J. Wickett, Cymon J. Cox & Bernard Goffinet (2011). “Deep sequencing of Ptilidium (Ptilidiaceae) suggests evolutionary stasis in liverwort plastid genome structure” (PDF). Plant Ecology and Evolution. 144 (1): 29–43.
  11. ^ Melvin J Olive; Andrew G Murdock, Brent D Mishler, Jennifer V Kuehl, Jeffrey L Boore, Dina F Mandoli, Karin DE Everett, Paul G Wolf, Aaron M Duffy and Kenneth G Karol (2010). “Chloroplast genome sequence of the moss Tortula ruralis: Gene content, polymorphism, and structural arrangement relative to other green plant chloroplast genomes”. BMC Genomics. 11: 143. doi:10.1186/1471-2164-11-143.Quản lý CS1: nhiều tên: danh sách tác giả (liên kết)
  12. ^ Wolf PG, Rowe CA, Sinclair RB, Hasebe M (2003). “Complete nucleotide sequence of the chloroplast genome from a leptosporangiate fern, Adiantum capillus-veneris L”. DNA Res. 10 (2): 59–65. doi:10.1093/dnares/10.2.59. PMID 12755170.
  13. ^ Gao L, Yi X, Yang YX, Su YJ, Wang T (2009). “Complete chloroplast genome sequence of a tree fern Alsophila spinulosa: insights into evolutionary changes in fern chloroplast genomes”. BMC Evolutionary Biology. 9: 130. doi:10.1186/1471-2148-9-130.
  14. ^ Roper, Jessie M.; Kellon Hansen, S.; Wolf, Paul G.; Karol, Kenneth G.; Mandoli, Dina F.; Everett, Karin D. E.; Kuehl, Jennifer; Boore, Jeffrey L. (2007). “The Complete Plastid Genome Sequence of Angiopteris evecta (G. Forst.) Hoffm. (Marattiaceae)”. American Fern Journal. 97 (2): 95–106. doi:10.1640/0002-8444(2007)97[95:TCPGSO]2.0.CO;2.
  15. ^ Wolf PG, Karol KG, Mandoli DF, Kuehl J, Arumuganathan K, Ellis MW, Mishler BD, Kelch DG, Olmstead RG, Boore JL (2005). “The first complete chloroplast genome sequence of a lycophyte, Huperzia lucidula (Lycopodiaceae)”. Gene. 350 (2): 117–28. doi:10.1016/j.gene.2005.01.018. PMID 15788152.
  16. ^ Tatsuya Wakasugi, A. Nishikawa, Kyoji Yamada, and Masahiro Sugiura. 1998. "Complete nucleotide sequence of the plastid genome from a fern, Psilotum nudum". Endocytobiology and Cell Research 13(supplement):147. see External links below.
  17. ^ Tsuji S, Ueda K, Nishiyama T, Hasebe M, Yoshikawa S, Konagaya A, Nishiuchi T, Yamaguchi K (2007). “The chloroplast genome from a lycophyte (microphyllophyte), Selaginella uncinata, has a unique inversion, transpositions and many gene losses”. J. Plant Res. 120 (2): 281–90. doi:10.1007/s10265-006-0055-y. PMID 17297557.
  18. ^ Hirao T, Watanabe A, Kurita M, Kondo T, Takata K (2008). “Complete nucleotide sequence of the Cryptomeria japonica D. Don. chloroplast genome and comparative chloroplast genomics: diversified genomic structure of coniferous species”. BMC Plant Biol. 8: 70. doi:10.1186/1471-2229-8-70. PMC 2443145. PMID 18570682.
  19. ^ a b c d e f Jansen RK, Cai Z, Raubeson LA, Daniell H, Depamphilis CW, Leebens-Mack J, Müller KF, Guisinger-Bellian M, Haberle RC, Hansen AK, Chumley TW, Lee SB, Peery R, McNeal JR, Kuehl JV, Boore JL (2007). “Analysis of 81 genes from 64 plastid genomes resolves relationships in angiosperms and identifies genome-scale evolutionary patterns”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (49): 19369–74. Bibcode:2007PNAS..10419369J. doi:10.1073/pnas.0709121104. PMC 2148296. PMID 18048330.
  20. ^ Wu CS, Wang YN, Liu SM, Chaw SM (2007). “Chloroplast genome (cpDNA) of Cycas taitungensis and 56 cp protein-coding genes of Gnetum parvifolium: insights into cpDNA evolution and phylogeny of extant seed plants”. Mol. Biol. Evol. 24 (6): 1366–79. doi:10.1093/molbev/msm059. PMID 17383970.
  21. ^ a b Leebens-Mack J, Raubeson LA, Cui L, Kuehl JV, Fourcade MH, Chumley TW, Boore JL, Jansen RK, depamphilis CW (2005). “Identifying the basal angiosperm node in chloroplast genome phylogenies: sampling one's way out of the Felsenstein zone”. Mol. Biol. Evol. 22 (10): 1948–63. doi:10.1093/molbev/msi191. PMID 15944438.
  22. ^ Wakasugi T, Tsudzuki J, Ito S, Nakashima K, Tsudzuki T, Sugiura M (1994). “Loss of all ndh genes as determined by sequencing the entire chloroplast genome of the black pine Pinus thunbergii”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91 (21): 9794–8. Bibcode:1994PNAS...91.9794W. doi:10.1073/pnas.91.21.9794. PMC 44903. PMID 7937893.
  23. ^ McCoy SR, Kuehl JV, Boore JL, Raubeson LA (2008). “The complete plastid genome sequence of Welwitschia mirabilis: an unusually compact plastome with accelerated divergence rates”. BMC Evol. Biol. 8: 130. doi:10.1186/1471-2148-8-130. PMC 2386820. PMID 18452621.
  24. ^ a b c d e f g h i j Guisinger et al, Implications of the Plastid Genome Sequence of Typha (Typhaceae, Poales) for Understanding Genome Evolution in Poaceae, J Mol Evol 70: 149–166 (2010)
  25. ^ Yan, Minghui; Moore, Michael J.; Meng, Aiping; Yao, Xiaohong; Wang, Hengchang (ngày 21 tháng 9 năm 2016). “The first complete plastome sequence of the basal asterid family Styracaceae (Ericales) reveals a large inversion”. Plant Systematics and Evolution (bằng tiếng Anh). 303 (1): 61–70. doi:10.1007/s00606-016-1352-0. ISSN 0378-2697.
  26. ^ a b Kim, Jung Sung; Kim, Joo-Hwan (ngày 18 tháng 6 năm 2013). “Comparative Genome Analysis and Phylogenetic Relationship of Order Liliales Insight from the Complete Plastid Genome Sequences of Two Lilies (Lilium longiflorum and Alstroemeria aurea)”. PLOS ONE. 8 (6): e68180. doi:10.1371/journal.pone.0068180. ISSN 1932-6203. PMC 3688979. PMID 23950788.
  27. ^ W Goremykin; Hirsch-Ernst KI; Wolfl S; Hellwig FH (2003). “Analysis of the Amborella trichopoda chloroplast genome sequence suggests that Amborella is not a basal angiosperm”. Mol Bio Evol. 20: 1445–1454.
  28. ^ Sato S, Nakamura Y, Kaneko T, Asamizu E, Tabata S (1999). “Complete structure of the chloroplast genome of Arabidopsis thaliana”. DNA Res. 6 (5): 283–90. doi:10.1093/dnares/6.5.283. PMID 10574454.
  29. ^ Schmitz-Linneweber C, Regel R, Du TG, Hupfer H, Herrmann RG, Maier RM (2002). “The plastid chromosome of Atropa belladonna and its comparison with that of Nicotiana tabacum: the role of RNA editing in generating divergence in the process of plant speciation”. Mol. Biol. Evol. 19 (9): 1602–12. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a004222. PMID 12200487.
  30. ^ a b c d Hansen DR, Dastidar SG, Cai Z, Penaflor C, Kuehl JV, Boore JL, Jansen RK (2007). “Phylogenetic and evolutionary implications of complete chloroplast genome sequences of four early-diverging angiosperms: Buxus (Buxaceae), Chloranthus (Chloranthaceae), Dioscorea (Dioscoreaceae), and Illicium (Schisandraceae)”. Mol. Phylogenet. Evol. 45 (2): 547–63. doi:10.1016/j.ympev.2007.06.004. PMID 17644003.
  31. ^ Goremykin, V.; Hirsch-Ernst, K. I.; Lfl, S.; Hellwig, F. H. (2003). “The chloroplast genome of the basal angiosperm Calycanthus fertilis – structural and phylogenetic analyses”. Plant Systematics and Evolution. 242 (1–4): 119–135. doi:10.1007/s00606-003-0056-4.
  32. ^ Yang, Yongzhi; Wang, Mingcheng; Lu, Zhiqiang; Xie, Xiuyue; Feng, Shuo (ngày 4 tháng 1 năm 2017). “Characterization of the complete chloroplast genome of Carpinus tientaiensis”. Conservation Genetics Resources (bằng tiếng Anh): 1–3. doi:10.1007/s12686-016-0668-y. ISSN 1877-7252.
  33. ^ Bausher MG, Singh ND, Lee SB, Jansen RK, Daniell H (2006). “The complete chloroplast genome sequence of Citrus sinensis (L.) Osbeck var 'Ridge Pineapple': organization and phylogenetic relationships to other angiosperms”. BMC Plant Biol. 6: 21. doi:10.1186/1471-2229-6-21. PMC 1599732. PMID 17010212.
  34. ^ Huang, Ya-Yi; Matzke, Antonius J. M.; Matzke, Marjori (ngày 30 tháng 8 năm 2013). “Complete Sequence and Comparative Analysis of the Chloroplast Genome of Coconut Palm (Cocos nucifera)”. PLoS ONE. 8 (8): e74736. Bibcode:2013PLoSO...874736H. doi:10.1371/journal.pone.0074736. ISSN 1932-6203. PMC 3758300. PMID 24023703.
  35. ^ Samson N, Bausher MG, Lee SB, Jansen RK, Daniell H (2007). “The complete nucleotide sequence of the coffee (Coffea arabica L.) chloroplast genome: organization and implications for biotechnology and phylogenetic relationships amongst angiosperms”. Plant Biotechnol. J. 5 (2): 339–53. doi:10.1111/j.1467-7652.2007.00245.x. PMC 3473179. PMID 17309688.
  36. ^ Leseberg CH, Duvall MR (2009). “The complete chloroplast genome of Coix lacryma-jobi and a comparative molecular evolutionary analysis of plastomes in cereals”. J. Mol. Evol. 69 (4): 311–8. doi:10.1007/s00239-009-9275-9. PMID 19777151.
  37. ^ Wicke, Susann; Müller, Kai F.; Pamphilis, Claude W. de; Quandt, Dietmar; Wickett, Norman J.; Zhang, Yan; Renner, Susanne S.; Schneeweiss, Gerald M. (ngày 1 tháng 10 năm 2013). “Mechanisms of Functional and Physical Genome Reduction in Photosynthetic and Nonphotosynthetic Parasitic Plants of the Broomrape Family”. The Plant Cell (bằng tiếng Anh). 25 (10): 3711–3725. doi:10.1105/tpc.113.113373. ISSN 1532-298X. PMC 3877813. PMID 24143802.
  38. ^ Plader W, Yukawa Y, Sugiura M, Malepszy S (2007). “The complete structure of the cucumber (Cucumis sativus L.) chloroplast genome: its composition and comparative analysis”. Cell. Mol. Biol. Lett. 12 (4): 584–94. doi:10.2478/s11658-007-0029-7. PMID 17607527.
  39. ^ a b McNeal JR, Kuehl JV, Boore JL, de Pamphilis CW (2007). “Complete plastid genome sequences suggest strong selection for retention of photosynthetic genes in the parasitic plant genus Cuscuta”. BMC Plant Biol. 7: 57. doi:10.1186/1471-2229-7-57. PMC 2216012. PMID 17956636.
  40. ^ a b Funk HT, Berg S, Krupinska K, Maier UG, Krause K (2007). “Complete DNA sequences of the plastid genomes of two parasitic flowering plant species, Cuscuta reflexa and Cuscuta gronovii”. BMC Plant Biol. 7: 45. doi:10.1186/1471-2229-7-45. PMC 2089061. PMID 17714582.
  41. ^ Lin, Choun-Sea; Chen, Jeremy J. W.; Huang, Yao-Ting; Chan, Ming-Tsair; Daniell, Henry; Chang, Wan-Jung; Hsu, Chen-Tran; Liao, De-Chih; Wu, Fu-Huei (ngày 12 tháng 3 năm 2015). “The location and translocation of ndh genes of chloroplast origin in the Orchidaceae family”. Scientific Reports (bằng tiếng Anh). 5: 9040. Bibcode:2015NatSR...5E9040L. doi:10.1038/srep09040. ISSN 2045-2322. PMC 4356964. PMID 25761566.
  42. ^ Roquet, Cristina; Coissac, Éric; Cruaud, Corinne; Boleda, Martí; Boyer, Frédéric; Alberti, Adriana; Gielly, Ludovic; Taberlet, Pierre; Thuiller, Wilfried (ngày 1 tháng 10 năm 2016). “Understanding the evolution of holoparasitic plants: the complete plastid genome of the holoparasite Cytinus hypocistis (Cytinaceae)”. Annals of Botany (bằng tiếng Anh). 118 (5): 885–896. doi:10.1093/aob/mcw135. ISSN 0305-7364. PMC 5055816. PMID 27443299.
  43. ^ Ruhlman T, Lee SB, Jansen RK, Hostetler JB, Tallon LJ, Town CD, Daniell H (2006). “Complete plastid genome sequence of Daucus carota: implications for biotechnology and phylogeny of angiosperms”. BMC Genomics. 7: 222. doi:10.1186/1471-2164-7-222. PMC 1579219. PMID 16945140.
  44. ^ a b c Cai Z, Penaflor C, Kuehl JV, Leebens-Mack J, Carlson JE, dePamphilis CW, Boore JL, Jansen RK (2006). “Complete plastid genome sequences of Drimys, Liriodendron, and Piper: implications for the phylogenetic relationships of magnoliids”. BMC Evol. Biol. 6: 77. doi:10.1186/1471-2148-6-77. PMC 1626487. PMID 17020608.
  45. ^ Wolfe KH, Morden CW, Palmer JD (tháng 11 năm 1992). “Function and evolution of a minimal plastid genome from a nonphotosynthetic parasitic plant”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89 (22): 10648–52. Bibcode:1992PNAS...8910648W. doi:10.1073/pnas.89.22.10648. PMC 50398. PMID 1332054.
  46. ^ a b Schelkunov, Mikhail I.; Shtratnikova, Viktoria Yu; Nuraliev, Maxim S.; Selosse, Marc-Andre; Penin, Aleksey A.; Logacheva, Maria D. (ngày 1 tháng 4 năm 2015). “Exploring the Limits for Reduction of Plastid Genomes: A Case Study of the Mycoheterotrophic Orchids Epipogium aphyllum and Epipogium roseum”. Genome Biology and Evolution (bằng tiếng Anh). 7 (4): 1179–1191. doi:10.1093/gbe/evv019. ISSN 1759-6653. PMC 4419786. PMID 25635040.
  47. ^ a b Blazier, John C.; Jansen, Robert K.; Mower, Jeffrey P.; Govindu, Madhu; Zhang, Jin; Weng, Mao-Lun; Ruhlman, Tracey A. (ngày 1 tháng 6 năm 2016). “Variable presence of the inverted repeat and plastome stability in Erodium”. Annals of Botany. 117 (7): 1209–1220. doi:10.1093/aob/mcw065. ISSN 0305-7364. PMC 4904181. PMID 27192713.
  48. ^ a b c Guisinger, Mary M.; Kuehl, Jennifer V.; Boore, Jeffrey L.; Jansen, Robert K. (ngày 1 tháng 1 năm 2011). “Extreme Reconfiguration of Plastid Genomes in the Angiosperm Family Geraniaceae: Rearrangements, Repeats, and Codon Usage”. Molecular Biology and Evolution (bằng tiếng Anh). 28 (1): 583–600. doi:10.1093/molbev/msq229. ISSN 0737-4038. PMID 20805190.
  49. ^ Steane DA (2005). “Complete nucleotide sequence of the chloroplast genome from the Tasmanian blue gum, Eucalyptus globulus (Myrtaceae)”. DNA Res. 12 (3): 215–20. doi:10.1093/dnares/dsi006. PMID 16303753.
  50. ^ Logacheva MD, Samigullin TH, Dhingra A, Penin AA (2008). “Comparative chloroplast genomics and phylogenetics of Fagopyrum esculentum ssp. ancestrale -a wild ancestor of cultivated buckwheat”. BMC Plant Biol. 8: 59. doi:10.1186/1471-2229-8-59. PMC 2430205. PMID 18492277.
  51. ^ Saski C, Lee SB, Daniell H, Wood TC, Tomkins J, Kim HG, Jansen RK (2005). “Complete chloroplast genome sequence of Gycine max and comparative analyses with other legume genomes”. Plant Mol. Biol. 59 (2): 309–22. doi:10.1007/s11103-005-8882-0. PMID 16247559.
  52. ^ Rashid Ismael Hag Ibrahim; Jun-Ichi Azuma and Masahiro Sakamoto (2006). “Complete Nucleotide Sequence of the Cotton (Gossypium barbadense L.) Chloroplast Genome with a Comparative Analysis of Sequences among 9 Dicot Plants”. Genes & Genetic Systems. 81 (5): 311–321. doi:10.1266/ggs.81.311.[liên kết hỏng]
  53. ^ Lee SB, Kaittanis C, Jansen RK, Hostetler JB, Tallon LJ, Town CD, Daniell H (2006). “The complete chloroplast genome sequence of Gossypium hirsutum: organization and phylogenetic relationships to other angiosperms”. BMC Genomics. 7: 61. doi:10.1186/1471-2164-7-61. PMC 1513215. PMID 16553962.
  54. ^ a b Timme RE, Kuehl JV, Boore JL, Jansen RK (2007). “A comparative analysis of the Lactuca and Helianthus (Asteraceae) plastid genomes: identification of divergent regions and categorization of shared repeats”. Am. J. Bot. 94 (3): 302–12. doi:10.3732/ajb.94.3.302. PMID 21636403.
  55. ^ Naumann, Julia; Der, Joshua P.; Wafula, Eric K.; Jones, Samuel S.; Wagner, Sarah T.; Honaas, Loren A.; Ralph, Paula E.; Bolin, Jay F.; Maass, Erika; Neinhuis, Christoph; Wanke, Stefan; dePamphilis, Claude W. (ngày 1 tháng 2 năm 2016). “Detecting and Characterizing the Highly Divergent Plastid Genome of the Nonphotosynthetic Parasitic Plant Hydnora visseri (Hydnoraceae)”. Genome Biology and Evolution (bằng tiếng Anh). 8 (2): 345–363. doi:10.1093/gbe/evv256. ISSN 1759-6653. PMC 4779604. PMID 26739167.Quản lý CS1: ngày tháng và năm (liên kết)
  56. ^ Lee HL, Jansen RK, Chumley TW, Kim KJ (2007). “Gene relocations within chloroplast genomes of Jasminum and Menodora (Oleaceae) are due to multiple, overlapping inversions”. Mol. Biol. Evol. 24 (5): 1161–80. doi:10.1093/molbev/msm036. PMID 17329229.
  57. ^ Hu, Yiheng; Woeste, Keith E.; Zhao, Peng (ngày 1 tháng 1 năm 2017). “Completion of the Chloroplast Genomes of Five Chinese Juglans and Their Contribution to Chloroplast Phylogeny”. Plant Evolution and Development: 1955. doi:10.3389/fpls.2016.01955. PMC 5216037.
  58. ^ Mardanov AV, Ravin NV, Kuznetsov BB, Samigullin TH, Antonov AS, Kolganova TV, Skyabin KG (2008). “Complete sequence of the duckweed (Lemna minor) chloroplast genome: structural organization and phylogenetic relationships to other angiosperms”. J. Mol. Evol. 66 (6): 555–64. doi:10.1007/s00239-008-9091-7. PMID 18463914.
  59. ^ Malé, Pierre-Jean G.; Bardon, Léa; Besnard, Guillaume; Coissac, Eric; Delsuc, Frédéric; Engel, Julien; Lhuillier, Emeline; Scotti-Saintagne, Caroline; Tinaut, Alexandra (ngày 1 tháng 9 năm 2014). “Genome skimming by shotgun sequencing helps resolve the phylogeny of a pantropical tree family”. Molecular Ecology Resources (bằng tiếng Anh). 14 (5): 966–975. doi:10.1111/1755-0998.12246. ISSN 1755-0998.
  60. ^ Liang H, Carlson JE, Leebens-Mack JH, Wall PK, Mueller LA, Buzgo M, Landherr LL, Hu Y, DiLoreto DS, Ilut DC, Field D, Tanksley SD, Ma H, Claude (2008). “An EST database for Liriodendron tulipifera L. floral buds: the first EST resource for functional and comparative genomics in Liriodendron”. Tree Genetics and Genomes. 4 (3): 419–433. doi:10.1007/s11295-007-0120-2.
  61. ^ Kato T, Kaneko T, Sato S, Nakamura Y, Tabata S (2000). “Complete structure of the chloroplast genome of a legume, Lotus japonicus”. DNA Res. 7 (6): 323–30. doi:10.1093/dnares/7.6.323. PMID 11214967.
  62. ^ Daniell H, Wurdack KJ, Kanagaraj A, Lee SB, Saski C, Jansen RK (2008). “The complete nucleotide sequence of the cassava (Manihot esculenta) chloroplast genome and the evolution of atpF in Malpighiales: RNA editing and multiple losses of a group II intron”. Theor. Appl. Genet. 116 (5): 723–37. doi:10.1007/s00122-007-0706-y. PMC 2587239. PMID 18214421.
  63. ^ Ravin, Nikolai V.; Gruzdev, Eugeny V.; Beletsky, Alexey V.; Mazur, Alexander M.; Prokhortchouk, Egor B.; Filyushin, Mikhail A.; Kochieva, Elena Z.; Kadnikov, Vitaly V.; Mardanov, Andrey V. (ngày 1 tháng 1 năm 2016). “The loss of photosynthetic pathways in the plastid and nuclear genomes of the non-photosynthetic mycoheterotrophic eudicot Monotropa hypopitys”. BMC Plant Biology. 16 (Suppl 3): 153–161. doi:10.1186/s12870-016-0929-7. ISSN 1471-2229. PMC 5123295.
  64. ^ Ravi, V.; Khurana, Jitendra P.; Tyagi, Akhilesh K.; Khurana, Paramjit (2006). “The chloroplast genome of mulberry: complete nucleotide sequence, gene organization and comparative analysis”. Tree Genetics and Genomes. 3 (1): 49–59. doi:10.1007/s11295-006-0051-3.
  65. ^ Shetty, Santoshkumar M.; Shah, Maria Ulfa Md; Makale, Kavyashree; Mohd-Yusuf, Yusmin; Khalid, Norzulaani; Othman, Rofina Yasmin (ngày 1 tháng 7 năm 2016). “Complete Chloroplast Genome Sequence of Corroborates Structural Heterogeneity of Inverted Repeats in Wild Progenitors of Cultivated Bananas and Plantains”. The Plant Genome (bằng tiếng Anh). 9 (2). doi:10.3835/plantgenome2015.09.0089. ISSN 1940-3372. Bản gốc lưu trữ ngày 18 tháng 1 năm 2017. Truy cập ngày 22 tháng 2 năm 2017.
  66. ^ a b Moore MJ, Dhingra A, Soltis PS, Shaw R, Farmerie WG, Folta KM, Soltis DE (2006). “Rapid and accurate pyrosequencing of angiosperm plastid genomes”. BMC Plant Biol. 6: 17. doi:10.1186/1471-2229-6-17. PMC 1564139. PMID 16934154.
  67. ^ Logacheva, Maria D.; Schelkunov, Mikhail I.; Penin, Aleksey A. (ngày 1 tháng 1 năm 2011). “Sequencing and Analysis of Plastid Genome in Mycoheterotrophic Orchid Neottia nidus-avis”. Genome Biology and Evolution (bằng tiếng Anh). 3: 1296–1303. doi:10.1093/gbe/evr102. ISSN 1759-6653. PMC 3228488. PMID 21971517.
  68. ^ Shinozaki K, Ohme M, Tanaka M, Wakasugi T, Hayashida N, Matsubayashi T, Zaita N, Chunwongse J, Obokata J, Yamaguchi-Shinozaki K, Ohto C, Torazawa K, Meng BY, Sugita M, Deno H, Kamogashira T, Yamada K, Kusuda J, Takaiwa F, Kato A, Tohdoh N, Shimada H, Sugiura M (1986). “The complete nucleotide sequence of the tobacco chloroplast genome: its gene organization and expression”. EMBO J. 5 (9): 2043–2049. PMC 1167080. PMID 16453699.
  69. ^ a b Raubeson LA, Peery R, Chumley TW, Dziubek C, Fourcade HM, Boore JL, Jansen RK (2007). “Comparative chloroplast genomics: analyses including new sequences from the angiosperms Nuphar advena and Ranunculus macranthus”. BMC Genomics. 8: 174. doi:10.1186/1471-2164-8-174. PMC 1925096. PMID 17573971.
  70. ^ Goremykin VV, Hirsch-Ernst KI, Wölfl S, Hellwig FH (2004). “The chloroplast genome of Nymphaea alba: whole-genome analyses and the problem of identifying the most basal angiosperm”. Mol. Biol. Evol. 21 (7): 1445–54. doi:10.1093/molbev/msh147. PMID 15084683.
  71. ^ a b c d e Greiner S, Wang X, Rauwolf U, Silber MV, Mayer K, Meurer J, Haberer G, Herrmann RG (2008). “The complete nucleotide sequences of the five genetically distinct plastid genomes of Oenothera, subsection Oenothera: I. sequence evaluation and plastome evolution”. Nucleic Acids Res. 36 (7): 2366–78. doi:10.1093/nar/gkn081. PMC 2367718. PMID 18299283.
  72. ^ a b Jun Yu et alii (117 authors). 2005. "The Genomes of Oryza sativa: a history of duplications". PLoS Biology 3(2):e38. Epub 2005 Feb 1.
  73. ^ Hiratsuka J, Shimada H, Whittier R, Ishibashi T, Sakamoto M, Mori M, Kondo C, Honji Y, Sun CR, Meng BY (1989). “The complete sequence of the rice (Oryza sativa) chloroplast genome: intermolecular recombination between distinct tRNA genes accounts for a major plastid DNA inversion during the evolution of the cereals”. Mol. Gen. Genet. 217 (2–3): 185–94. doi:10.1007/BF02464880. PMID 2770692.
  74. ^ a b c Petersen, Gitte; Cuenca, Argelia; Seberg, Ole (ngày 1 tháng 9 năm 2015). “Plastome Evolution in Hemiparasitic Mistletoes”. Genome Biology and Evolution (bằng tiếng Anh). 7 (9): 2520–2532. doi:10.1093/gbe/evv165. ISSN 1759-6653. PMC 4607522. PMID 26319577.
  75. ^ Kim KJ, Lee HL (2004). “Complete chloroplast genome sequences from Korean ginseng (Panax schinseng Nees) and comparative analysis of sequence evolution among 17 vascular plants”. DNA Res. 11 (4): 247–61. doi:10.1093/dnares/11.4.247. PMID 15500250.
  76. ^ Chumley TW, Palmer JD, Mower JP, Fourcade HM, Calie PJ, Boore JL, Jansen RK (2006). “The complete chloroplast genome sequence of Pelargonium x hortorum: organization and evolution of the largest and most highly rearranged chloroplast genome of land plants”. Mol. Biol. Evol. 23 (11): 2175–90. doi:10.1093/molbev/msl089. PMID 16916942.
  77. ^ Logacheva, Maria D.; Schelkunov, Mikhail I.; Nuraliev, Maxim S.; Samigullin, Tagir H.; Penin, Aleksey A. (ngày 1 tháng 1 năm 2014). “The Plastid Genome of Mycoheterotrophic Monocot Petrosavia stellaris Exhibits Both Gene Losses and Multiple Rearrangements”. Genome Biology and Evolution (bằng tiếng Anh). 6 (1): 238–246. doi:10.1093/gbe/evu001. ISSN 1759-6653. PMC 3914687. PMID 24398375.
  78. ^ Chang CC, Lin HC, Lin IP, Chow TY, Chen HH, Chen WH, Cheng CH, Lin CY, Liu SM, Chang CC, Chaw SM (2006). “The chloroplast genome of Phalaenopsis aphrodite (Orchidaceae): comparative analysis of evolutionary rate with that of grasses and its phylogenetic implications”. Mol. Biol. Evol. 23 (2): 279–91. doi:10.1093/molbev/msj029. PMID 16207935.
  79. ^ Guo X, Castillo-Ramírez S, González V, Bustos P, Fernández-Vázquez JL, Santamaría RI, Arellano J, Cevallos MA, Dávila G (2007). “Rapid evolutionary change of common bean (Phaseolus vulgaris L) plastome, and the genomic diversification of legume chloroplasts”. BMC Genomics. 8: 228. doi:10.1186/1471-2164-8-228. PMC 1940014. PMID 17623083.
  80. ^ a b Bellot, Sidonie; Renner, Susanne S. (ngày 1 tháng 1 năm 2016). “The Plastomes of Two Species in the Endoparasite Genus Pilostyles (Apodanthaceae) Each Retain Just Five or Six Possibly Functional Genes”. Genome Biology and Evolution (bằng tiếng Anh). 8 (1): 189–201. doi:10.1093/gbe/evv251. ISSN 1759-6653. PMC 4758247. PMID 26660355.
  81. ^ Okumura S, Sawada M, Park YW, Hayashi T, Shimamura M, Takase H, Tomizawa K (2006). “Transformation of poplar (Populus alba) plastids and expression of foreign proteins in tree chloroplasts”. Transgenic Res. 15 (5): 637–46. doi:10.1007/s11248-006-9009-3. PMID 16952016.
  82. ^ Delannoy, Etienne; Fujii, Sota; Francs-Small, Catherine Colas des; Brundrett, Mark; Small, Ian (ngày 1 tháng 7 năm 2011). “Rampant Gene Loss in the Underground Orchid Rhizanthella gardneri Highlights Evolutionary Constraints on Plastid Genomes”. Molecular Biology and Evolution (bằng tiếng Anh). 28 (7): 2077–2086. doi:10.1093/molbev/msr028. ISSN 0737-4038. PMC 3112369. PMID 21289370.
  83. ^ Lam, Vivienne K. Y.; Gomez, Marybel Soto; Graham, Sean W. (ngày 1 tháng 8 năm 2015). “The Highly Reduced Plastome of Mycoheterotrophic Sciaphila (Triuridaceae) Is Colinear with Its Green Relatives and Is under Strong Purifying Selection”. Genome Biology and Evolution (bằng tiếng Anh). 7 (8): 2220–2236. doi:10.1093/gbe/evv134. ISSN 1759-6653. PMC 4558852. PMID 26170229.
  84. ^ Chung HJ, Jung JD, Park HW, Kim JH, Cha HW, Min SR, Jeong WJ, Liu JR (2006). “The complete chloroplast genome sequences of Solanum tuberosum and comparative analysis with Solanaceae species identified the presence of a 241-bp deletion in cultivated potato chloroplast DNA sequence”. Plant Cell Rep. 25 (12): 1369–79. doi:10.1007/s00299-006-0196-4. PMID 16835751.
  85. ^ Schmitz-Linneweber C, Maier RM, Alcaraz JP, Cottet A, Herrmann RG, Mache R (2001). “The plastid chromosome of spinach (Spinacia oleracea): complete nucleotide sequence and gene organization”. Plant Mol. Biol. 45 (3): 307–15. doi:10.1023/A:1006478403810. PMID 11292076.
  86. ^ Haberle RC, Fourcade HM, Boore JL, Jansen RK (2008). “Extensive Rearrangements in the Chloroplast Genome of Trachelium caeruleum Are Associated with Repeats and tRNA Genes”. Journal of Molecular Evolution. 66 (4): 350–361. doi:10.1007/s00239-008-9086-4.
  87. ^ Zhengqiu Cai et al, Extensive Reorganization of the Plastid Genome of Trifolium subterraneum (Fabaceae) Is Associated with Numerous Repeated Sequences and Novel DNA Insertions, J Mol Evol 67: 696–704 (2008)doi:10.1007/s00239-008-9180-7
  88. ^ Ogihara, Yasunari; Isono, Kazuriho; Kojima, Toshio; Endo, Akira; Hanaoka, Mitsumasa; Shiina, Takashi; Terachi, Toru; Utsugi, Shigeko; và đồng nghiệp (2000). “Chinese Spring Wheat (Triticum aestivum L.) Chloroplast Genome: Complete Sequence and Contig Clones”. Plant Molecular Biology Reporter. 18 (3): 243–253. doi:10.1007/BF02823995.
  89. ^ Ogihara Y, Isono K, Kojima T, Endo A, Hanaoka M, Shiina T, Terachi T, Utsugi S, Murata M, Mori N, Takumi S, Ikeo K, Gojobori T, Murai R, Murai K, Matsuoka Y, Ohnishi Y, Tajiri H, Tsunewaki K (2002). “Structural features of a wheat plastome as revealed by complete sequencing of chloroplast DNA”. Mol. Genet. Genomics. 266 (5): 740–6. doi:10.1007/s00438-001-0606-9. PMID 11810247.
  90. ^ Fajardo D, Senalik D, Ames M, Zhu H, Steffan SA, Harbut R, Polashock J, Vorsa N, Gillespie E, Kron K, Zalapa JE (2013). “Complete plastid genome sequence of Vaccinium macrocarpon: structure, gene content, and rearrangements revealed by next generation sequencing”. Tree Genetics & Genomes. 9 (2): 489–498. doi:10.1007/s11295-012-0573-9.
  91. ^ Jansen RK, Kaittanis C, Saski C, Lee SB, Tomkins J, Alverson AJ, Daniell H (2006). “Phylogenetic analyses of Vitis (Vitaceae) based on complete chloroplast genome sequences: effects of taxon sampling and phylogenetic methods on resolving relationships among rosids”. BMC Evol. Biol. 6: 32. doi:10.1186/1471-2148-6-32. PMC 1479384. PMID 16603088.
  92. ^ Maier RM, Neckermann K, Igloi GL, Kössel H (1995). “Complete sequence of the maize chloroplast genome: gene content, hotspots of divergence and fine tuning of genetic information by transcript editing”. J. Mol. Biol. 251 (5): 614–28. doi:10.1006/jmbi.1995.0460. PMID 7666415.
  93. ^ Moore MJ, Bell CD, Soltis PS, Soltis DE (2007). “Using plastid genome-scale data to resolve enigmatic relationships among basal angiosperms”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (49): 19363–8. Bibcode:2007PNAS..10419363M. doi:10.1073/pnas.0708072104. PMC 2148295. PMID 18048334.
  94. ^ Gerald A. Tuskan, et alii (110 authors). 2006. "The genome of Black Cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)". Science 313 (5793):1596-1604.
  95. ^ “A revised classification of Santalales”. Taxon. 59 (2): 538–558. 2010.
  96. ^ a b Leliaert, Frederik; Lopez-Bautista, Juan M (2015). “The chloroplast genomes of Bryopsis plumosa and Tydemania expeditionis (Bryopsidales, Chlorophyta): compact genomes and genes of bacterial origin”. BMC Genomics. 16 (1): 204. doi:10.1186/s12864-015-1418-3. ISSN 1471-2164.
  97. ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (tháng 8 năm 2002). “The chloroplast and mitochondrial genome sequences of the charophyte Chaetosphaeridium globosum: insights into the timing of the events that restructured organelle DNAs within the green algal lineage that led to land plants”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (17): 11275–80. Bibcode:2002PNAS...9911275T. doi:10.1073/pnas.162203299. PMC 123247. PMID 12161560.
  98. ^ Wakasugi T, Nagai T, Kapoor M, Sugita M, Ito M, Ito S, Tsudzuki J, Nakashima K, Tsudzuki T, Suzuki Y, Hamada A, Ohta T, Inamura A, Yoshinaga K, Sugiura M (tháng 5 năm 1997). “Complete nucleotide sequence of the chloroplast genome from the green alga Chlorella vulgaris: the existence of genes possibly involved in chloroplast division”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94 (11): 5967–72. Bibcode:1997PNAS...94.5967W. doi:10.1073/pnas.94.11.5967. PMC 20890. PMID 9159184.
  99. ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (2007). “An unexpectedly large and loosely packed mitochondrial genome in the charophycean green alga Chlorokybus atmophyticus”. BMC Genomics. 8: 137. doi:10.1186/1471-2164-8-137. PMC 1894977. PMID 17537252.
  100. ^ Smith DR, và đồng nghiệp (2010). “The Dunaliella salina organelle genomes: large sequences, inflated with intronic and intergenic DNA”. BMC Plant Biol. 10: 83. doi:10.1186/1471-2229-10-83. PMC 3017802. PMID 20459666.
  101. ^ de Koning AP, Keeling PJ (2006). “The complete plastid genome sequence of the parasitic green alga Helicosporidium sp. is highly reduced and structured”. BMC Biol. 4: 12. doi:10.1186/1741-7007-4-12. PMC 1463013. PMID 16630350.
  102. ^ de Cambiaire JC, Otis C, Turmel M, Lemieux C (2007). “The chloroplast genome sequence of the green alga Leptosira terrestris: multiple losses of the inverted repeat and extensive genome rearrangements within the Trebouxiophyceae”. BMC Genomics. 8: 213. doi:10.1186/1471-2164-8-213. PMC 1931444. PMID 17610731.
  103. ^ a b c Turmel M, Gagnon MC, O'Kelly CJ, Otis C, Lemieux C (tháng 3 năm 2009). “The chloroplast genomes of the green algae Pyramimonas, Monomastix, and Pycnococcus shed new light on the evolutionary history of prasinophytes and the origin of the secondary chloroplasts of euglenids”. Mol. Biol. Evol. 26 (3): 631–48. doi:10.1093/molbev/msn285. PMID 19074760.
  104. ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (tháng 8 năm 1999). “The complete chloroplast DNA sequence of the green alga Nephroselmis olivacea: insights into the architecture of ancestral chloroplast genomes”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (18): 10248–53. Bibcode:1999PNAS...9610248T. doi:10.1073/pnas.96.18.10248. PMC 17874. PMID 10468594.
  105. ^ Brouard JS, Otis C, Lemieux C, Turmel M (2008). “Chloroplast DNA sequence of the green alga Oedogonium cardiacum (Chlorophyceae): unique genome architecture, derived characters shared with the Chaetophorales and novel genes acquired through horizontal transfer”. BMC Genomics. 9: 290. doi:10.1186/1471-2164-9-290. PMC 2442088. PMID 18558012.
  106. ^ Pombert JF, Lemieux C, Turmel M (2006). “The complete chloroplast DNA sequence of the green alga Oltmannsiellopsis viridis reveals a distinctive quadripartite architecture in the chloroplast genome of early diverging ulvophytes”. BMC Biol. 4: 3. doi:10.1186/1741-7007-4-3. PMC 1402334. PMID 16472375.
  107. ^ Robbens S, Derelle E, Ferraz C, Wuyts J, Moreau H, Van de Peer Y (tháng 4 năm 2007). “The complete chloroplast and mitochondrial DNA sequence of Ostreococcus tauri: organelle genomes of the smallest eukaryote are examples of compaction”. Mol. Biol. Evol. 24 (4): 956–68. doi:10.1093/molbev/msm012. PMID 17251180.
  108. ^ Pombert JF, Otis C, Lemieux C, Turmel M (tháng 9 năm 2005). “The chloroplast genome sequence of the green alga Pseudendoclonium akinetum (Ulvophyceae) reveals unusual structural features and new insights into the branching order of chlorophyte lineages”. Mol. Biol. Evol. 22 (9): 1903–18. doi:10.1093/molbev/msi182. PMID 15930151.
  109. ^ de Cambiaire JC, Otis C, Lemieux C, Turmel M (2006). “The complete chloroplast genome sequence of the chlorophycean green alga Scenedesmus obliquus reveals a compact gene organization and a biased distribution of genes on the two DNA strands”. BMC Evol. Biol. 6: 37. doi:10.1186/1471-2148-6-37. PMC 1513399. PMID 16638149.
  110. ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (2005). “The complete chloroplast DNA sequences of the charophycean green algae Staurastrum and Zygnema reveal that the chloroplast genome underwent extensive changes during the evolution of the Zygnematales”. BMC Biol. 3: 22. doi:10.1186/1741-7007-3-22. PMC 1277820. PMID 16236178.
  111. ^ Bélanger AS, Brouard JS, Charlebois P, Otis C, Lemieux C, Turmel M (tháng 11 năm 2006). “Distinctive architecture of the chloroplast genome in the chlorophycean green alga Stigeoclonium helveticum”. Mol. Genet. Genomics. 276 (5): 464–77. doi:10.1007/s00438-006-0156-2. PMID 16944205.[liên kết hỏng]
  112. ^ Melton, James T.; Leliaert, Frederik; Tronholm, Ana; Lopez-Bautista, Juan M. (2015). “The Complete Chloroplast and Mitochondrial Genomes of the Green Macroalga Ulva sp. UNA00071828 (Ulvophyceae, Chlorophyta)”. PLoS ONE. 10 (4): e0121020. Bibcode:2015PLoSO..1021020M. doi:10.1371/journal.pone.0121020. ISSN 1932-6203. PMC 4388391. PMID 25849557.
  113. ^ Smith DR, Lee RW (tháng 3 năm 2009). “The mitochondrial and plastid genomes of Volvox carteri: bloated molecules rich in repetitive DNA”. BMC Genomics. 10 (132): 132. doi:10.1186/1471-2164-10-132. PMC 2670323. PMID 19323823.
  114. ^ Ohta N, Matsuzaki M, Misumi O, Miyagishima SY, Nozaki H, Tanaka K, Shin-I T, Kohara Y, Kuroiwa T (2003). “Complete sequence and analysis of the plastid genome of the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae”. DNA Res. 10 (2): 67–77. doi:10.1093/dnares/10.2.67. PMID 12755171.
  115. ^ Glöckner G, Rosenthal A, Valentin K (2000). “The structure and gene repertoire of an ancient red algal plastid genome”. J. Mol. Evol. 51 (4): 382–90. doi:10.1007/s002390010101. PMID 11040290.[liên kết hỏng]
  116. ^ Hagopian JC, Reis M, Kitajima JP, Bhattacharya D, de Oliveira MC (2004). “Comparative analysis of the complete plastid genome sequence of the red alga Gracilaria tenuistipitata var. liui provides insights into the evolution of rhodoplasts and their relationship to other plastids”. J. Mol. Evol. 59 (4): 464–77. doi:10.1007/s00239-004-2638-3. PMID 15638458.
  117. ^ Douglas SE, Penny SL (1999). “The plastid genome of the cryptophyte alga, Guillardia theta: complete sequence and conserved synteny groups confirm its common ancestry with red algae”. J. Mol. Evol. 48 (2): 236–44. doi:10.1007/PL00006462. PMID 9929392.[liên kết hỏng]
  118. ^ E. Virginia Armbrust, et alii (42 authors). 2004. "The Genome of the Diatom Thalassiosira pseudonana: Ecology, Evolution, and Metabolism". Science 306(5693):79-86.
  119. ^ Rogers MB, Gilson PR, Su V, McFadden GI, Keeling PJ (2007). “The complete chloroplast genome of the chlorarachniophyte Bigelowiella natans: evidence for independent origins of chlorarachniophyte and euglenid secondary endosymbionts”. Mol. Biol. Evol. 24 (1): 54–62. doi:10.1093/molbev/msl129. PMID 16990439.
  120. ^ Hallick RB, Hong L, Drager RG, Favreau MR, Monfort A, Orsat B, Spielmann A, Stutz E (1993). “Complete sequence of Euglena gracilis chloroplast DNA”. Nucleic Acids Res. 21 (15): 3537–44. doi:10.1093/nar/21.15.3537. PMC 331456. PMID 8346031.
  121. ^ Cai X, Fuller AL, McDougald LR, Zhu G (2003). “Apicoplast genome of the coccidian Eimeria tenella”. Gene. 321: 39–46. doi:10.1016/j.gene.2003.08.008. PMID 14636990.
  122. ^ Nowack EC, Melkonian M, Glöckner G (2008). “Chromatophore genome sequence of Paulinella sheds light on acquisition of photosynthesis by eukaryotes”. Curr. Biol. 18 (6): 410–8. doi:10.1016/j.cub.2008.02.051. PMID 18356055.

Liên kết ngoài sửa

Lấy từ “https://vi.wikipedia.org/w/index.php?title=Danh_sách_bộ_gen_lạp_thể_đã_giải_trình_tự&oldid=70687733”