50 đội bóng được chia vào 10 bảng (mỗi bảng có 5 đội). Các đội trong bảng thi đấu hai lượt trận sân nhà và sân khách với nhau. Đội nhất bảng sẽ giành quyền tham dự UEFA Euro 2004, các đội nhì bảng sẽ được chia cặp đá play-off hai lượt trận sân nhà và sân khách để chọn ra đội thắng cuộc tham dự UEFA Euro 2004.[1]
Nếu có từ 2 đội trở lên bằng điểm khi hoàn thành các trận đấu vòng bảng, các tiêu chí sau sẽ được áp dụng để xác định thứ hạng:
Số điểm đạt được cao hơn trong các trận đấu vòng bảng giữa các đội được đề cập.
Hiệu số bàn thắng bại vượt trội so với các trận đấu vòng bảng giữa các đội được đề cập.
Số bàn thắng ghi được cao hơn trong các trận đấu vòng bảng giữa các đội được đề cập.
Số bàn thắng được ghi trên sân khách cao hơn trong các trận đấu vòng bảng giữa các đội được đề cập.
Nếu vẫn có từ hai đội trở lên đồng hạng, tiêu chí 1 đến tiêu chí 4 sẽ được xét lại. Nếu vẫn đồng hạng thì áp dụng tiêu chí 6 và tiêu chí 7.
Kết quả tất cả trận đấu vòng bảng: (1) Hiệu số bàn thắng bại cao hơn; (2) Số bàn thắng ghi được nhiều hơn; (3) Số bàn thắng ghi được trên sân khách cao hơn; (4) Điểm fair-play
Pháp (hạng 11) được xếp hạt giống số 1 với tư cách là đương kim vô địch (người giữ danh hiệu). Do đó, tất cả các đội xếp trên họ từ 1 đến 10 sẽ bị tụt xuống một vị trí hạt giống thấp hơn thứ hạng của họ.
Bồ Đào Nha (hạng 4) không được xếp hạt giống do tự động vượt qua vòng loại với tư cách là nước chủ nhà. Do đó, tất cả các đội xếp dưới họ đều được xếp lên một vị trí hạt giống cao hơn vị trí xếp hạng của họ..
10 bảng đấu được thành lập bằng cách bốc thăm một đội từ mỗi nhóm hạt giống (trong tổng số 5 nhóm)[2][3].
Chú thích:Hệ số UEFA đã tự động được tính đến khi tính toán xếp hạng, rằng một số đội chỉ thi đấu một trong hai giải đấu vòng loại trước đó. Vì Bỉ và Hà Lan tự động đủ điều kiện tham dự UEFA Euro 2000 với tư cách là đồng chủ nhà nên hệ số này chỉ tính đến thành tích tại vòng loại FIFA World Cup 2002 của họ. Pháp cũng đã tự động vượt qua vòng loại FIFA World Cup 2002 với tư cách là nhà vô địch FIFA World Cup 1998, nghĩa là hệ số chỉ sử dụng kết quả tại vòng loại UEFA Euro 2000 của Pháp.